撮影した画像をため込んだフォルダを Micrographs とします。別に Movies でも構いません
フォルダ構成を下記だとします。

  ProjectABC(ここでRelionを実行)
       +------- Micrographs/ (撮影したtiffファイルが入ってます)
       +------- Import/
       |              +----   job001/
       +------- MotionCorr/
       |              +----   job002/
       +------- CtfFind/
                      +----   job003/
  • プロジェクトフォルダを作成して
  • Micrographsフォルダを作って、そこに撮影した画像ファイル(sq6_100001.tif, sq6_100002.tif, ...)を設置します
  • プロジェクトフォルダで relion を起動させ
  • 左ペインのジョブタイプブラウザから「Import」を選択して、Micrographsフォルダにあるtifファイルをすべて集めたstarファイルを作る
  • 次にジョブタイプブラウザから「Motion correction」を選択してtiff動画の補正を行う
  • 次に「CTF estimation」を選択してctf推定を行う

ここらはチュートリアルで詳しく解説されてます。
っで、次のステップが「単粒子pick」なのですが、手動で行ってもいいし、RelionのLoG、crYOLO、Gautomatchで自動的に
pickしてもかまいません。
ここではGautomatchで自動pickを行って、それをどのようにRelionに反映させたらいいのかを示します。

Gautomatch実行場所をどこにするか

「Motion correction」の結果が入っている場所で行うのが簡単。上記のAAになぞれば

  ProjectABC(ここでRelionを実行)
       +------- Micrographs/ (撮影したtiffファイルが入ってます)
       +------- Import/job001/
       +------- MotionCorr/job002/Micrographs  <-- ここ
       +------- CtfFind/job003/Micrographs     <-- ここでもいい

「MotionCorr/job002/Micrographs」の中にGautomatchの結果ファイルができるようにすればいい。
コマンド的には

cd MotionCorr/job002/Micrographs
Gautomatch  --apixM 1.58  --diameter 300  sq6_1000??.mrc

とかで。すると

  • sq6_100001_automatch.box
  • sq6_100001_automatch.star
  • sq6_100001_rejected.box
  • sq6_100001_rejected.star
  • sq6_100001_nonunique.box

とかが得られる。
*「MotionCorr/job002」の後の「CtfFind/job003」の「CtfFind/job003/Micrographs」でも構わない

Gautomatchでpickした状態を見たいなら

「Manual picking」を利用します。
「IO」タグの「Input micrographs」にはMotionCorrでできた「MotionCorr/job002/corrected_micrographs.star」をあてて
「Display」タグの「Particle diameter」を適当な大きさにします。そして「Run」ボタンを押下。
2019y08m05d_022150099.png
「corrected_micrographs.star」に記載されている画像リストとpickされている件数が表示される。
2019y08m11d_000843693.png
もし「IO」タグの「Input micrographs」をCtfFindで得られた「CtfFind/job003/micrographs_ctf.star」にすると、CTFの値も表示される。
2019y08m11d_001005324.png

ここで特定の画像で「Pick」ボタンを押下します。

指定した画像が表示される。ここでマウス操作で右クリックから「load coordinate」を選択します。
2019y08m11d_001757359.png
ファイルセレクターが表示され、表示している画像に関連したGautomatchの結果ファイル「sq6_100002_automatch.star」を指定して読み込みます。
2019y08m11d_001717679.png
するとpickの具合が表示されます。
2019y08m11d_001845363.png

RelionGUIを経由せずコマンドで行いたいのなら

relion_manualpick \
--i MotionCorr/job002/corrected_micrographs.star \
--odir ./MotionCorr/job002/ \
--pickname automatch \
--scale 0.2 --sigma_contrast 3 --lowpass 20 --ctf_scale 1 --particle_diameter 200
 
 
(あるいは)
cd MotionCorr/job002/Micrographs
`which relion_manualpick` \
--i "sq6_1000??.mrc"  \
--odir ./ \
--pickname automatch \
--scale 0.2 --sigma_contrast 3 --lowpass 20 --ctf_scale 1 --particle_diameter 200

で行ける。こちらだと画像リストと共にGautomatchでpickさてた数も表示されます。
2019y08m11d_003614292.png

粒子の切り出し

まず「Import」でGautomatchの「*_automatch.star」を読み込み
「Input files」には「MotionCorr/job002/Micrographs/*_automatch.star」
「Node type」には「2D/3D particle coordinates」
を指定して、実行
2019y08m11d_004721655.png

その後に「Particle extraction」では、micrograph STAR filesにはCTF推定で得られたmicrographs_ctf.star
Input coordinatesには先ほど作った「Import」のjob番号と接尾語を入れます。「Import/job00X/_automatch.star」
2019y08m05d_031944559.png

Gautomatchの実行場所をより分かりやすくしたい

例えば、こんな感じのフォルダ構成にしたいなら

  ProjectABC(ここでRelionを実行)
       +------- Micrographs/
       +------- Import/    job001/
       +------- MotionCorr/job002/
       +------- CtfFind/   job003/
       +------- Gautomatch

単純に「Gautomatch/Micrographs」を作って、そこに「MotionCorr/job002/Micrographs/」のmrcファイルをリンクさせる

mkdir -p Gautomatch/Micrographs
cd Gautomatch/Micrographs
ln -s MotionCorr/job002/Micrographs/*.mrc .
 
Gautomatch  --apixM 1.58  --diameter 300  sq6_1000??.mrc

こんな感じに仕上げる。
pickの確認は

cd Gautomatch/Micrographs
`which relion_manualpick` \
--i "sq6_1000??.mrc"  \
--odir ./ \
--pickname automatch \
--scale 0.2 --sigma_contrast 3 --lowpass 20 --ctf_scale 1 --particle_diameter 200

にて。
粒子の切り出しは「Import」作業なしで
「Particle extraction」で
「micrograph STAR files」には同じようにCTF推定で得られたmicrographs_ctf.starを指定します。
そして、
「Input coordinates」には「Gautomatch/_automatch.star」
とします。

crYOLOなら

crYOLOで実行環境が用意されているとして、下記のような「crYOLO/Micrographs」フォルダを用意します

mkdir -p crYOLO/Micrographs
 
  ProjectABC(ここでRelionを実行)
       +------- Micrographs/ (撮影したtiffファイルが入ってます)
       +------- Import/job001/
       +------- MotionCorr/job002/Micrographs
       +------- crYOLO/Micrographs

作ったcrYOLOフォルダにて config.json ファイルを作成します。

    {
    "model" : {
        "architecture":         "PhosaurusNet",
        "input_size":           1024,
        "anchors":              [205,205],
        "max_box_per_image":    700,
        "num_patches":          1,
        "filter":               [0.1,"tmp_filtered"]
      }
    }

次に計算対象のファイルをリンクとして「crYOLO/Micrographs」に作ります

cd crYOLO/Micrographs
ln -s ../../CtfFind/job005/Micrographs/sq6_1000??.mrc .

その後、crYOLOフォルダで cryolo_predict.py を実行します

cd crYOLO
cryolo_predict.py -c config.json -w /Appl/crYOLO/gmodel_phosnet_20190314.h5 -i Micrographs/sq6_1000??.mrc -o ./

STARファイルは「crYOLO/STAR」フォルダに用意されるが、このファイル名は「sq6_100001.star」なって「_autopick」とかが
挿入されていない。だがこれではmanualpickによる確認ができないので、意図的に名称変更します

cd crYOLO/STAR/
for i in `ls *.star`;do ln -s $i ${i%.*}_crYOLO.star ;done
 
(crYOLO/MicrographsのmrcファイルもcrYOLO/STARにリンクさせる)
cd crYOLO/STAR/
for i in `ls ../Micrographs/*.mrc`;do ln -s $i . ;done

これで「sq6_100001.star」が「sq6_100001_crYOLO.star」にリンクされ、STARフィルダにはmrcファイルが置かれる。

これでpick具合を確認します。

cd crYOLO/STAR/
 
relion_manualpick \
--i "*.mrc" \
--odir ./ \
--pickname crYOLO \
--scale 0.2 --sigma_contrast 3 --lowpass 20 --ctf_scale 1 --particle_diameter 200

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Last-modified: 2019-08-11 (日) 14:45:06 (67d)