「empiar-10204」を解析してみた

データ取得

Asperaを使って取得した. フォルダ構成はこんな感じで

~/empiar-10204/10204/10204.xml
                   ./data

撮影された画像ファイルは「~/empiar-10204/10204/data」に存在して

20170629_00001_frameImage.tif
20170629_00002_frameImage.tif
 :

各画像ファイルは 約250MB で1,338枚でした
1枚のtiffファイルはeman2の「e2iminfo.py」を使ってみると「e2iminfo.py 20170629_00001_frameImage.tif」と実行して

20170629_00001_frameImage.tif    49 images in TIFF format       3710 x 3838
49 total images
representing 0 particles

1枚のtiffファイルに49枚のイメージが収まったマルチページファイルとなる.

解析場所は「~/empiar-10204/Process」とした. あんまり意味はないけど「~/empiar-10204/Process/Micrographs」に連番ファイルを置いてみた

mkdir -p ~/empiar-10204/Process/Micrographs
cd ~/empiar-10204/Process/Micrographs
 
tif=$(ls ../../10204/data/*.tif)
i=1
for f in $tif;do ln -s $f empiar-10204-$(printf %04d $i)_movie.tif;i=$(expr $i + 1);done

relion起動

「~/empiar-10204/Process」にてrelionを起動します

Import

2021y01m10d_200636952.png
「Pixel size(Angstrom)」はempierに付属の 10204.xmlの「pixelWidth」から

MotionCorrection

2021y01m10d_202725941.png 2021y01m10d_200824062.png
「Dose per frame(e/A2)」はEMD-6840で「Electron dose (e/A**2):70」とあるので 70/49(frame)=1.43
Motionタグの「Gain-reference image」はlinkファイルだとこける?実態で指定したほうがいいみたい
*「Submit to queue」がNoでジョブ実行後、relionを閉じても大丈夫みたい

CTFestimation

2021y01m10d_201251895.png 2021y01m10d_201427751.png


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Last-modified: 2021-01-10 (日) 20:42:28 (46d)