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centos7でrelion-5.0.1を作ってみた
まずはレポジトリを修正します
CentOS/repo
そしてsclを入れます
CentOS/devtoolset
あとcmakeも古いので3.27以上のcmakeを入れる
cmake
っでcondaは miniforge3 で作って relionの environment.yml は下記のように修正してみた
@@ -5,6 +5,14 @@ dependencies:
- pip
- python=3.10
- setuptools=59.5.0
+ - cmake>=3.26
+ - compilers
+ - sysroot_linux-64
+ - arrow-cpp
+ - pyarrow
+ - numpy=1.26
+ - scipy
+ - scikit-learn
- pip:
- torch==2.0.1
- torchvision==0.15.2
@@ -12,7 +20,6 @@ dependencies:
- mrcfile==1.4.3
- starfile>=0.5.6
- loguru==0.7.0
- - scikit-learn==1.3.0
- umap-learn==0.5.3
- matplotlib==3.7.2
- morphosamplers==0.0.13
@@ -26,8 +33,6 @@ dependencies:
- fastcluster==1.2.6
- seaborn==0.12.2
- dill==0.3.7
- - numpy==1.26.1
- - scipy==1.11.2
- git+https://github.com/3dem/relion-classranker
- git+https://github.com/3dem/relion-blush
- git+https://github.com/3dem/DynaMightcondaでは遅かったので mambaを使った
mamba env create -f environment.yml
