Relion3からCPUの拡張命令を活用したCPU-accelerationが用意された。
使えるのは relion_refine のみです。
AVX2とAVX512向けに用意され
AVX2は、Haswell世代、第4世代Intel Coreプロセッサに装備されている(Pentium, Celeronを除く)
AVX512は、Skylake世代、第6世代Intel CoreプロセッサのCore i9(7900Xとか)から装備されている。
| 世代 | Haswell
第４世代Core | Broadwell
第5世代Core | Skylake
第6世代Core | Kaby Lake
第7世代Core | Coffee Lake
第8世代Core |
Core i7 Extreme
Core i7
Core i5
Core i3 | Xeon E3(v3)
E5(v3) | i7
i5
i3 | Xeon D
E3(v4)
E5(v4) | i7
i5
i3 | i9X(99xx)
i7X(98xx)
i9X(79xx)
i7X(78xx) | Xeon E3(v5) | Xeon Bronze
Silver
Gold
Platinum | i7
i5
i3 | Xeon E3(v6) | i9
i7
i5
i3 | Xeon E |
| AVX2 | ○ | ○ | ○ | ○ | ○ | ○ | ○ | ○ | ○ | ○ | ○ | ○ |
| AVX512 | x | x | x | x | x | ○ | x | ○ | x | x | x | x |
GNU gccでも作れるようだが、intelから市販品の インテルコンパイラーならgccより早く演算するバイナリーを作れるとの事。
ここでは intel コンパイラー の「インテル Parallel Studio XE 2018 Cluster Edition for Linux」で作ってみた
準備 †
インテルコンパイラーの導入方法は省略
コンパイル前に環境整備を行う
source /opt/intel/compilers_and_libraries_2018/linux/bin/compilervars.sh intel64
source /opt/intel/compilers_and_libraries_2018/linux/mkl/bin/mklvars.sh intel64
source /opt/intel/impi/2019/intel64/bin/mpivars.sh intel64
コンパイル †
インストール先を「/Appl/relion-3.0-beta-2-AVX2」とします。
*「-DGUI=OFF」としてますので、relion_mainguiは作られません
cd /Appl/src/relion3
cd relion-3.0_beta
mkdir b-180804.AVX2 && cd $_
CC=mpiicc CXX=mpiicpc cmake -DCUDA=OFF -DALTCPU=ON -DCudaTexture=OFF -DMKLFFT=ON \
-DCMAKE_C_FLAGS="-O3 -ip -g -debug inline-debug-info -xCORE-AVX2 -restrict " \
-DCMAKE_CXX_FLAGS="-O3 -ip -g -debug inline-debug-info -xCORE-AVX2 -restrict " \
-DGUI=OFF -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/Appl/relion-3.0-beta-2-AVX2 ..
その後「make && make install」として完了
「AVX2」の演算ユニットが入ったCPUで使えるバイナリーを得た。
同じ要領で「AVX512」版も作ってみた
rm -rf ./*
CC=mpiicc CXX=mpiicpc cmake -DCUDA=OFF -DALTCPU=ON -DCudaTexture=OFF -DMKLFFT=ON \
-DCMAKE_C_FLAGS="-O3 -ip -g -debug inline-debug-info -xCORE-AVX512 -qopt-zmm-usage=high -restrict " \
-DCMAKE_CXX_FLAGS="-O3 -ip -g -debug inline-debug-info -xCORE-AVX512 -qopt-zmm-usage=high -restrict " \
-DGUI=OFF -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/Appl/relion-3.0-beta-2-AVX512 ..
make && make install
実行 †
source /opt/intel/compilers_and_libraries_2018/linux/bin/compilervars.sh intel64
source /opt/intel/compilers_and_libraries_2018/linux/mkl/bin/mklvars.sh intel64
source /opt/intel/impi/2019/intel64/bin/mpivars.sh intel64
と環境を整えて、直接「relion_refine/relion_refine_mpi」を利用します。
確かに早くなるが、、GPU版でいいかなあ.
だが、relion謹製MotionCorrはicc版がgcc版より早い。
っで、gpuを使ったrelion_refine(_mpi)の計算はgcc版を使うけど、それ以外はicc版を使うようなqsub.shを作ってみた。
Relion/icc/qsub.sh
メモ †
cuda10は、icc2018にも対応している
っで、GPUを使える形でiccでコンパイルしてみた。
結果は確かにgpuを使ってrefineを行ってくれるのだが、、、cuda.gccほど早くは無く、遅い。。
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