Relion/icc

Relion3からCPUの拡張命令を活用したCPU-acceleration版が作れるみたい。
拡張命令を活用できるのは relion_refine のみですが、他のプログラム(relion_run_ctffind, relion_run_motioncorrら)も使えます。

GNU gcc(4.9以上)でも作れるようだが、市販品の インテルコンパイラーならもっと早く演算するバイナリーを作れるとの事。
ここでは intel コンパイラー の「インテル(R) Parallel Studio XE 2019 Update 4 Cluster Edition for Linux」で作ってみた

relionのドキュメントにはintel CPUの拡張命令AVX2とAVX512向けのコンパイル例が掲載されている。
AVX2は、Haswell世代、第4世代Intel Coreプロセッサに装備されている(Pentium, Celeronを除く)
AVX512は、Skylake世代、第6世代Intel CoreプロセッサのCore i9(7900Xとか)から装備されている。

表にするとこんな感じ

準備 †

インテルコンパイラーの導入方法は省略
インストール項目は

    インテル(R) C++ コンパイラー 19.0 Update 4
        インテル(R) C++ コンパイラー
 
    インテル(R) Fortran コンパイラー 19.0 Update 4
        インテル(R) Fortran コンパイラー
 
    インテル(R) MKL 2019 Update 4 (C/C++)
        インテル(R) MKL コア・ライブラリー (C/C++)
        クラスターサポート (C/C++)
        インテル(R) TBB スレッド化サポート
        GNU* C/C++ コンパイラー・サポート
 
    インテル(R) TBB 2019 Update 6
        インテル(R) TBB
 
    インテル(R) MPI ライブラリー 2019 Update 4
        インテル(R) MPI ライブラリー、インテル(R) 64

以前Relion/icc/191110は openmpi をインテルコンパイラーでコンパイルして、そのmpiccでrelionをコンパイルしていました。
今回は intel謹製の mpi で整備します。

コンパイル †

インストール先を「/apps/relion-3.0.8.icc」とします。

[root@c ~]# cd /apps/src
 
[root@c src]# git clone https://github.com/3dem/relion
[root@c src]# cd relion
[root@c relion]# git checkout -b v3.0.8 refs/tags/3.0.8
[root@c relion]# git branch
  master
* v3.0.8
 
[root@c relion]# 
[root@c relion]# source /opt/intel/compilers_and_libraries/linux/bin/compilervars.sh intel64
[root@c relion]#
 
[root@c relion]# mkdir b && cd b
 
[root@c b]# CC=mpiicc CXX=mpiicpc F90C=mpiifort cmake -DCUDA=OFF -DCudaTexture=OFF -DALTCPU=ON -DMKLFFT=ON \
            -DGUI=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/apps/relion-3.0.8.icc ..
 
[root@c b]# make ; make install

実行 †

source /opt/intel/compilers_and_libraries/linux/bin/compilervars.sh intel64

と環境を整えて

relion

と実行する。

確かに早くなるが、、GPU版でいいかなあ.
だが、relion謹製MotionCorrはicc版がgcc版より早い。

メモ †

• modulefiles

  #%Module1.0
  set RELION /Appl/relion-3.0.8.icc
  set intel  /opt/intel/compilers_and_libraries/linux
   
  set intelmpi=$intel/mpi/intel64/libfabric/lib:$intel/mpi/intel64/lib/release
  set intelkml=$intel/mkl/lib/intel64
  set inteltbb=$intel/tbb/lib/intel64/gcc4.7
   
  prepend-path PATH            $RELION/bin:$intel/mpi/intel64/bin
  prepend-path LD_LIBRARY_PATH $intel/lib/intel64:$intelmpi:$intelkml:$inteltbb
   
  setenv RELION_QSUB_TEMPLATE  $RELION/bin/qsub.sh
  setenv RELION_QUEUE_NAME     s3
  setenv RELION_QUEUE_USE      false
  setenv RELION_RUN_VERSION    3.0.8.icc
   
  setenv RELION_CTFFIND_EXECUTABLE     /Appl/ctf/ctffind-4.1.13-linux64-compat/ctffind
  setenv RELION_MOTIONCOR2_EXECUTABLE  /Appl/MotionCor2/MotionCor2_1.3.0-Cuda101
  setenv RELION_GCTF_EXECUTABLE        /Appl/Gctf/bin/Gctf-v1.06_sm_30_cu8.0_x86_64
  setenv RELION_RESMAP_EXECUTABLE      /Appl/ResMap/ResMap-1.1.4-linux64