ftpが使えないのでclass_ranker_0.1.3_torch_1.0.1.ptを用意できない... †
ftpが使える場所から取得するしかないかも. っで取得したら
/apps/src/relion/external/torch_models/class_ranker_0.1.3_torch_1.0.1.pt.tar.gz
に置いて.
mkdir /apps/src/relion/external/torch_models/class_ranker
と掘って、その中に「class_ranker_0.1.3_torch_1.0.1.pt.tar.gz」の展開物を置く
cd /apps/src/relion/external/torch_models/class_ranker
tar xf ../class_ranker_0.1.3_torch_1.0.1.pt.tar.gz
これでftpが有効でない計算機ネットワーク環境でもrelionをコンパイルできる.
Subset selectionでのtopaz. †
relion内部でpytorchを使う局面がある.
ドキュメントだと topaz のpythonにはこのpytorchパッケージが含まれているのでそれを流用って感じなのですが、
最近buildしたtopazに含まれるpytorchは新しいようで、relionで使うとコケるご様子.
っでrelion向けのものを作成
conda create --name relion_torch python=3.9
conda activate relion_torch
conda install pytorch=1.10.0 numpy -c pytorch
このrelion_torch実行環境で用意されるpythonのフルパスを「Python executable」欄に差し込みます
参照先https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/wa-jisc.exe?A2=ind2207&L=CCPEM&O=D&P=78056
PSM3 can't open nic unit †
run.errに下記のようなメッセージが表示されて
roclylinux:rank2: PSM3 can't open nic unit: 1 (err=23)
run.outでも下記のようなメッセージが表示された.
roclylinux:rank2.relion_refine_mpi: Unable to create UDP socket for enp2s0: Address family not supported by protocol
roclylinux:rank2.relion_refine_mpi: Unable to initialize sockets NIC /sys/class/net/enp2s0 (unit 1:0)
原因は libfabric(ofi) でPSM3(Performance Scaled Messaging 3)プロバイダーが有効なのにopenmpiのmtl(matching transport layer)ではサポートされていないからっぽい.
ってかlibfabric(ofi)は使わないとしてbtlから外してもだめみたいで、mtlもpsm2に指定したら文句を言わなくなった.
btlは「Byte Transfer Layer」
[root@roclylinux ~]# ompi_info |grep mtl
MCA mtl: ofi (MCA v2.1.0, API v2.0.0, Component v4.1.1)
MCA mtl: psm2 (MCA v2.1.0, API v2.0.0, Component v4.1.1)
[root@roclylinux ~]#
なのでrelionのmodulefilesを下記のように修正してみた
:
setenv RELION_MPIRUN "mpirun --mca mtl psm2 --mca btl ^ofi"
:
「^ofi」は「ofi」を使わないとの意です.「^ofi,openib」になると「ofiとopenibを使わない」との意
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