RockyLinux9.1がリリースされた(NOVEMBER 26, 2022)

kernel

構築

各領域は下記のようにしていて、swapは目的により819MB(8GB)とかにしている. それ以上必要な場合はファイルを拵えてswaponしてます

ほぼほぼ最小構成でOSを作って、必要なものを追加インストールしている
追加物

dnf install pciutuls nfs-utils epel-release yum-utils
dnf groupinstall "Development Tools"
dnf install dkms

NVIDIAカード

すっごく古いGeForce710(GK208,Kepler)が2枚刺さっている. 利用可能なNVIDIA driverは 470.161.03(リリース 2022.11.22)である

vi /etc/default/grub
  GRUB_CMDLINE_LINUX="crashkernel=1G-4G:192M,4G-64G:256M,64G-:512M resume=UUID=1ba27c4b-0894-4c6f-a049-374242c5f3be"
  ↓
  GRUB_CMDLINE_LINUX="crashkernel=1G-4G:192M,4G-64G:256M,64G-:512M resume=UUID=1ba27c4b-0894-4c6f-a049-374242c5f3be nouveau.modeset=0 modprobe.blacklist=nouveau"
reboot
bash /Public/cuda/NVIDIA-Linux-x86_64-470.161.03.run --disable-nouveau --no-opengl-files --no-libglx-indirect --dkms

とインストールを行って下記のようになった. あとはCUDA 11.4を入れて終わりかな

[root@s ~]# cat /etc/redhat-release
Rocky Linux release 9.1 (Blue Onyx)
 
[root@s ~]# nvidia-smi
Sun Dec  4 17:22:05 2022
+-----------------------------------------------------------------------------+
| NVIDIA-SMI 470.161.03   Driver Version: 470.161.03   CUDA Version: 11.4     |
|-------------------------------+----------------------+----------------------+
(略
 
[root@s ~]# nvidia-smi -L
GPU 0: NVIDIA GeForce GT 710 (UUID: GPU-f0753e20-06f7-695a-f325-b5b6342393ba)
GPU 1: NVIDIA GeForce GT 710 (UUID: GPU-34c49ab7-b79d-e341-93e2-1659e9bd9e57)
 
[root@s ~]#

CUDA 11.4のインストール

CUDA-11.4はRHEL8系まで対応で、RHEL9系に対応するCUDAは 11.7.1 からリリースされている.

なので未対応ながら CUDA-11.4 を適用するしかない. rpmではなく「cuda_11.4.4_470.82.01_linux.run」にて実施
あと

[root@s ~]# vi /etc/profile.d/cuda.sh
export PATH=/usr/local/cuda/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
 
[root@s ~]# vi /etc/profile.d/cuda.csh
setenv PATH /usr/local/cuda/bin:${PATH}
setenv LD_LIBRARY_PATH /usr/local/cuda/lib64:${LD_LIBRARY_PATH}
 
[root@s ~]#

OSインストール直後にrootでリモートアクセスができない

従来型に戻すにはPermitRootLoginを「yes」にしてsshdを再起動

40c40
< #PermitRootLogin prohibit-password
---
> PermitRootLogin yes

cryo-EM関係

relion

dnf groupinstall "Development Tools"
dnf install cmake openmpi-devel libX11-devel fftw-devel libtiff-devel texlive-latex-bin texlive-cm texlive-dvips ghostscript evince python3-tkinter
dnf --enablerepo=devel install fltk-fluid
mkdir -p /apps/src && cd /apps/src
git clone https://github.com/3dem/relion
cd relion
git checkout ver4.0 && mkdir v40 && cd v40
module load mpi/openmpi-x86_64
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/apps/relion-4.0.0 -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-11.4  -DCUDA_ARCH=35
make && make install

っがエラー. CUDAのライブラリとGCCが合わない模様. RockyLinux9のGCCは11.3.1、CUDA11.4の許容GCCは11まで.

php

httpdとの連携は php-fpm で行います. 従来のmod_phpが未サポートへ

nic

REHL7まではethXと割り振られていたが以降は別名称になっている.

[root@gate ~]# ip link show
1: lo: <LOOPBACK,UP,LOWER_UP> mtu 65536 qdisc noqueue state UNKNOWN mode DEFAULT group default qlen 1000
    link/loopback 00:00:00:00:00:00 brd 00:00:00:00:00:00
2: ens192: <BROADCAST,MULTICAST,UP,LOWER_UP> mtu 1500 qdisc fq_codel state UP mode DEFAULT group default qlen 1000
    link/ether 00:0c:29:70:ef:c7 brd ff:ff:ff:ff:ff:ff
    altname enp11s0
3: ens224: <BROADCAST,MULTICAST,UP,LOWER_UP> mtu 1500 qdisc fq_codel state UP mode DEFAULT group default qlen 1000
    link/ether 00:0c:29:70:ef:d1 brd ff:ff:ff:ff:ff:ff
    altname enp19s0
[root@gate ~]#

どうしてもってなら「/etc/default/grub」の「GRUB_CMDLINE_LINUX」に「net.ifnames=0 biosdevname=0」を追記ってあるが、まぁこれは非推奨

[root@gate ~]# cat /etc/default/grub
GRUB_TIMEOUT=5
GRUB_DISTRIBUTOR="$(sed 's, release .*$,,g' /etc/system-release)"
GRUB_DEFAULT=saved
GRUB_DISABLE_SUBMENU=true
GRUB_TERMINAL_OUTPUT="console"
GRUB_CMDLINE_LINUX="net.ifnames=0 biosdevname=0"
GRUB_DISABLE_RECOVERY="true"
GRUB_ENABLE_BLSCFG=true
 
[root@gate ~]# grub2-mkconfig -o /boot/efi/EFI/rocky/grub.cfg 
[root@gate ~]# reboot
 
[root@gate ~]# ip link show
1: lo: <LOOPBACK,UP,LOWER_UP> mtu 65536 qdisc noqueue state UNKNOWN mode DEFAULT group default qlen 1000
    link/loopback 00:00:00:00:00:00 brd 00:00:00:00:00:00
2: eth0: <BROADCAST,MULTICAST,UP,LOWER_UP> mtu 1500 qdisc fq_codel state UP mode DEFAULT group default qlen 1000
    link/ether 00:0c:29:70:ef:c7 brd ff:ff:ff:ff:ff:ff
    altname enp11s0
    altname ens192
3: eth1: <BROADCAST,MULTICAST,UP,LOWER_UP> mtu 1500 qdisc fq_codel state UP mode DEFAULT group default qlen 1000
    link/ether 00:0c:29:70:ef:d1 brd ff:ff:ff:ff:ff:ff
    altname enp19s0
    altname ens224
[root@gate ~]#

っで非推奨な方法を使わずにethXを作ってみる.
参照先:https://access.redhat.com/documentation/ja-jp/red_hat_enterprise_linux/8/html-single/configuring_and_managing_networking/index#configuring-user-defined-network-interface-names-by-using-udev-rules_consistent-network-interface-device-naming

[root@gate ~]# cat /sys/class/net/ens192/type
1
[root@gate ~]# cat /sys/class/net/ens224/type
1
[root@gate ~]# vi /etc/udev/rules.d/70-persistent-net.rules
SUBSYSTEM=="net",ACTION=="add",ATTR{address}=="00:0c:29:70:ef:c7",ATTR{type}=="1",NAME="eth0"
SUBSYSTEM=="net",ACTION=="add",ATTR{address}=="00:0c:29:70:ef:d1",ATTR{type}=="1",NAME="eth1"
 
[root@gate ~]# dracut -f
[root@gate ~]# reboot
 
[root@gate ~]# ip link show
1: lo: <LOOPBACK,UP,LOWER_UP> mtu 65536 qdisc noqueue state UNKNOWN mode DEFAULT group default qlen 1000
    link/loopback 00:00:00:00:00:00 brd 00:00:00:00:00:00
2: eth0: <BROADCAST,MULTICAST,UP,LOWER_UP> mtu 1500 qdisc fq_codel state UP mode DEFAULT group default qlen 1000
    link/ether 00:0c:29:70:ef:c7 brd ff:ff:ff:ff:ff:ff
    altname enp11s0
3: eth1: <BROADCAST,MULTICAST,UP,LOWER_UP> mtu 1500 qdisc fq_codel state UP mode DEFAULT group default qlen 1000
    link/ether 00:0c:29:70:ef:d1 brd ff:ff:ff:ff:ff:ff
    altname enp19s0
[root@gate ~]#

っな感じでethXが使えます. これはMACアドレスでeth0とeth1を定義してますので別のnicカードを追加しても不変かな.
そもそもnic名称がens(pciのスロットインデックス由来)やenp(ハードウエアのコネクタの物理的な場所由来)、eno(オンボードでのインデックス番号由来)によらず
macアドレスベースの名称も適用できるようで
参照先:https://access.redhat.com/documentation/ja-jp/red_hat_enterprise_linux/8/html-single/configuring_and_managing_networking/index#network-interface-naming-policies_consistent-network-interface-device-naming

[root@gate ~]# vi /usr/lib/systemd/network/99-default.link
NamePolicy=keep kernel database onboard slot path
 ↓
NamePolicy=mac
 
[root@gate ~]# reboot
[root@gate ~]# ip link show
1: lo: <LOOPBACK,UP,LOWER_UP> mtu 65536 qdisc noqueue state UNKNOWN mode DEFAULT group default qlen 1000
    link/loopback 00:00:00:00:00:00 brd 00:00:00:00:00:00
2: enx000c2970efc7: <BROADCAST,MULTICAST,UP,LOWER_UP> mtu 1500 qdisc fq_codel state UP mode DEFAULT group default qlen 1000
    link/ether 00:0c:29:70:ef:c7 brd ff:ff:ff:ff:ff:ff
    altname enp11s0
    altname ens192
3: enx000c2970efd1: <BROADCAST,MULTICAST,UP,LOWER_UP> mtu 1500 qdisc fq_codel state UP mode DEFAULT group default qlen 1000
    link/ether 00:0c:29:70:ef:d1 brd ff:ff:ff:ff:ff:ff
    altname enp19s0
    altname ens224
[root@gate ~]#

とnicの名称が mac ベースとなる.

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