本家様 https://github.com/StructuralBiology-ICLMedicine/SIDESPLITTER

まず入手

[root@c ~]# cd /apps
[root@c apps]# git clone https://github.com/StructuralBiology-ICLMedicine/SIDESPLITTER
Cloning into 'SIDESPLITTER'...
remote: Enumerating objects: 26, done.
remote: Counting objects: 100% (26/26), done.
remote: Compressing objects: 100% (25/25), done.
remote: Total 26 (delta 8), reused 0 (delta 0), pack-reused 0
Unpacking objects: 100% (26/26), done.
[root@c apps]#

コンパイルとインストール

[root@c apps]# yum -y install fftw-devel
 
[root@c apps]# cd SIDESPLITTER/
[root@c SIDESPLITTER]# bash ./compile.sh
 
[root@c SIDESPLITTER]# chmod +x sidesplitter_wrapper.sh           <-- 必須みたい
 
[root@c SIDESPLITTER]# ls -l
 :
-rwxr-xr-x 1 root root 55352 Mar 15 16:16 sidesplitter
-rwxr-xr-x 1 root root  8451 Mar 15 16:14 sidesplitter_wrapper.sh
 :
[root@c SIDESPLITTER]#

実行

/apps/SIDESPLITTER/sidesplitter

で使い方が表示されます。
久々に巨大なAAに何?っておもった

Ubuntu18.04

どうやら同封されている「compile.sh」を実行したらエラーになる。
っで、

gcc -O3     -lm -lpthread -lfftw3 -lfftw3_threads -std=c99 -o sidesplitter *.c
 ↓
gcc -O3 *.c -lm -lpthread -lfftw3 -lfftw3_threads -std=c99 -o sidesplitter

とすればコンパイルできた

注意

relionからコールさせるには環境変数「RELION_EXTERNAL_RECONSTRUCT_EXECUTABLE」が必要みたい
ここでは「/apps/SIDESPLITTER/sidesplitter_wrapper.sh」がそれに該当するが、その中から別の環境変数「SIDESPLITTER」も必要みたい
っで、

export RELION_EXTERNAL_RECONSTRUCT_EXECUTABLE=/apps/SIDESPLITTER/sidesplitter_wrapper.sh
export SIDESPLITTER=/apps/SIDESPLITTER/sidesplitter

が必要になる。
加えて「/apps/SIDESPLITTER/sidesplitter_wrapper.sh」に実行権が必要みたい

chmod +x /apps/SIDESPLITTER/sidesplitter_wrapper.sh

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Last-modified: 2021-03-15 (月) 18:34:11 (27d)