本家様 https://github.com/StructuralBiology-ICLMedicine/SIDESPLITTER

まず入手

[root@c ~]# cd /apps
[root@c apps]# git clone https://github.com/StructuralBiology-ICLMedicine/SIDESPLITTER
Cloning into 'SIDESPLITTER'...
remote: Enumerating objects: 26, done.
remote: Counting objects: 100% (26/26), done.
remote: Compressing objects: 100% (25/25), done.
remote: Total 26 (delta 8), reused 0 (delta 0), pack-reused 0
Unpacking objects: 100% (26/26), done.
[root@c apps]#

コンパイルとインストール

[root@c apps]# yum -y install fftw-devel
 
[root@c apps]# cd SIDESPLITTER/
[root@c SIDESPLITTER]# bash ./compile.sh
 
[root@c SIDESPLITTER]# chmod +x sidesplitter_wrapper.sh           <-- 必須みたい
 
[root@c SIDESPLITTER]# ls -l
 :
-rwxr-xr-x 1 root root 55352 Mar 15 16:16 sidesplitter
-rwxr-xr-x 1 root root  8451 Mar 15 16:14 sidesplitter_wrapper.sh
 :
[root@c SIDESPLITTER]#

実行

/apps/SIDESPLITTER/sidesplitter

で使い方が表示されます。
久々に巨大なAAに何?っておもった

Ubuntu18.04

どうやら同封されている「compile.sh」を実行したらエラーになる。
っで、

gcc -O3     -lm -lpthread -lfftw3 -lfftw3_threads -std=c99 -o sidesplitter *.c
 ↓
gcc -O3 *.c -lm -lpthread -lfftw3 -lfftw3_threads -std=c99 -o sidesplitter

とすればコンパイルできた

注意

relionからコールさせるには環境変数「RELION_EXTERNAL_RECONSTRUCT_EXECUTABLE」が必要みたい
ここでは「/apps/SIDESPLITTER/sidesplitter_wrapper.sh」がそれに該当するが、その中から別の環境変数「SIDESPLITTER」も必要みたい
っで、

export RELION_EXTERNAL_RECONSTRUCT_EXECUTABLE=/apps/SIDESPLITTER/sidesplitter_wrapper.sh
export SIDESPLITTER=/apps/SIDESPLITTER/sidesplitter

が必要になる。
加えて「/apps/SIDESPLITTER/sidesplitter_wrapper.sh」に実行権が必要みたい

chmod +x /apps/SIDESPLITTER/sidesplitter_wrapper.sh
最新の60件
2024-02-23 2024-02-22 2024-02-21 2024-02-20 2024-02-19 2024-02-18 2024-02-17 2024-02-16 2024-02-13 2024-02-12 2024-02-09 2024-02-04 2024-02-03 2024-01-31 2024-01-30 2024-01-29 2024-01-28 2024-01-22 2024-01-16 2024-01-15 2024-01-13 2024-01-12 2024-01-09 2024-01-08 2024-01-07 2024-01-03 2023-12-22 2023-12-17 2023-12-16 2023-12-11 2023-12-09 2023-12-06 2023-11-30 2023-11-27 2023-11-21 2023-11-19 2023-11-18 2023-11-14 2023-11-10 2023-11-09 2023-11-05 2023-11-03 2023-10-30 2023-10-26

edit


トップ   編集 差分 履歴 添付 複製 名前変更 リロード   新規 一覧 検索 最終更新   ヘルプ   最終更新のRSS
Last-modified: 2021-03-15 (月) 18:34:11