本家様 https://github.com/StructuralBiology-ICLMedicine/SIDESPLITTER
まず入手
[root@c ~]# cd /apps
[root@c apps]# git clone https://github.com/StructuralBiology-ICLMedicine/SIDESPLITTER
Cloning into 'SIDESPLITTER'...
remote: Enumerating objects: 26, done.
remote: Counting objects: 100% (26/26), done.
remote: Compressing objects: 100% (25/25), done.
remote: Total 26 (delta 8), reused 0 (delta 0), pack-reused 0
Unpacking objects: 100% (26/26), done.
[root@c apps]#
コンパイルとインストール
[root@c apps]# yum -y install fftw-devel
[root@c apps]# cd SIDESPLITTER/
[root@c SIDESPLITTER]# bash ./compile.sh
[root@c SIDESPLITTER]# chmod +x sidesplitter_wrapper.sh <-- 必須みたい
[root@c SIDESPLITTER]# ls -l
:
-rwxr-xr-x 1 root root 55352 Mar 15 16:16 sidesplitter
-rwxr-xr-x 1 root root 8451 Mar 15 16:14 sidesplitter_wrapper.sh
:
[root@c SIDESPLITTER]#
実行 †
/apps/SIDESPLITTER/sidesplitter
で使い方が表示されます。
久々に巨大なAAに何？っておもった
Ubuntu18.04 †
どうやら同封されている「compile.sh」を実行したらエラーになる。
っで、
gcc -O3 -lm -lpthread -lfftw3 -lfftw3_threads -std=c99 -o sidesplitter *.c
↓
gcc -O3 *.c -lm -lpthread -lfftw3 -lfftw3_threads -std=c99 -o sidesplitter
とすればコンパイルできた
注意 †
relionからコールさせるには環境変数「RELION_EXTERNAL_RECONSTRUCT_EXECUTABLE」が必要みたい
ここでは「/apps/SIDESPLITTER/sidesplitter_wrapper.sh」がそれに該当するが、その中から別の環境変数「SIDESPLITTER」も必要みたい
っで、
export RELION_EXTERNAL_RECONSTRUCT_EXECUTABLE=/apps/SIDESPLITTER/sidesplitter_wrapper.sh
export SIDESPLITTER=/apps/SIDESPLITTER/sidesplitter
が必要になる。
加えて「/apps/SIDESPLITTER/sidesplitter_wrapper.sh」に実行権が必要みたい
chmod +x /apps/SIDESPLITTER/sidesplitter_wrapper.sh
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