本家様 https://spider.wadsworth.org/spider_doc/spider/docs/spider.html

ダウンロード

サイトにて必要事項を入力してダウンロードします
ここでは spiderweb.24.03.tar.gz を取得しました。
中身は

[root@c src]# gzip -cd spiderweb.24.03.tar.gz | tar tvf - |less
-rw-rw-r-- leith/dev      1803 2014-08-15 00:34 README
drwxrwxr-x leith/dev         0 2017-04-19 23:34 spider/
drwxrwxr-x leith/dev         0 2017-06-02 00:50 spider/bin/
-rwxrwxr-x leith/dev       450 2011-02-10 22:28 spider/bin/Nextresults
 :
drwxrwxr-x leith/dev         0 2017-01-26 01:36 web/jweb/
drwxrwxr-x leith/dev         0 2017-01-26 01:49 web/jweb/src/
-rwxrwxr-x leith/dev      2152 2008-06-13 01:26 web/jweb/src/HistogramFrame.java
 :
drwxrwxr-x leith/dev         0 2015-04-22 03:51 web/libs/
-rw-rw-r-- leith/dev         0 2011-10-08 02:23 web/libs/contains_32bit_elf_libraries_intel80386
 :
[root@c src]#

とspiderの他にも spiderweb も同封されている。

展開

spiderのアプリだけ欲しいので tar でその部分だけど抽出した

[root@c ~]# cd /Appl/
[root@c Appl]#
[root@c Appl]# gzip -cd src/spiderweb.24.03.tar.gz | tar xf - spider
[root@c Appl]# mv spider spider-24.03 && chown -R root:root spider-24.03 && ln -s spider-24.03 spider
[root@c Appl]# cd spider
[root@c spider]# ln -s spider_linux_mp_intel64   spider

*注意
CentOS6で「spider_linux_mp_intel64」を実行させようとすると

FATAL: kernel too old
Segmentation fault (core dumped)

と言われる。代わりに「spider_linux_mp_intel」なら問題は発生しない

環境変数

単純に
export PATH=${PATH}:/Appl/spider/bin
として、
実行は spider と打てば

[illya@c ~]$ spider
 
  \\__`O O'__/        SPIDER -- COPYRIGHT
  ,__xXXXx___        HEALTH RESEARCH INC., ALBANY, NY.
   __xXXXx__
  /  /xxx\\  \\        VERSION:  UNIX  24.03 Issued: 5/26/2017
    /     \\          DATE:     02-FEB-2018    AT  12:29:37
 
  If SPIDER is useful, please cite:
  Frank J, Radermacher M, Penczek P, Zhu J, Li Y, Ladjadj M,  Leith A.
  SPIDER and WEB: Processing and visualization of images in 3D electron
  microscopy and related fields.  J. Struct. Biol. 1996; 116: 190-199.
 
  Running:     spider
 
 .PROJECT/DATA EXTENSION:

と始まる
実際にはスクリプトを介して使われる機会が多いみたい


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Last-modified: 2018-02-02 (金) 12:30:45 (139d)