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過去記事 version0.86 SPRING-v0-86-1661
本家様 https://spring.fz-juelich.de/index.html
versionが0.87になりました.
これまでのインストール方法からがらりと変わってeman2.91のconda環境を使ってインストールするようになっています。
そしてSPRINGのプログラムは eman2.91 のbinに入る感じですね.
インストール手順書がhttps://spring.fz-juelich.de/install.htmlに記載されてますが、eman2.91がまだインストールされていないことを前提にしている.
確かにこのスクリプトを取得して自分のアカウントで走らせればSPRINGは即利用できます
だが、ここはrootがプログラムを設置して各ユーザがプログラムを共有的に使えるようにしているので、この方法は採用しずらい.
っで手順書を参考にしてすでにeman2.91があって、それと統合させるようにインストールを試みた
すでにEMAN2にてeman2.91がインストール済みとします
追加のpythonパッケージは
の４つ. 手順書には取得先が明記されているようで、そのまま利用します
[root@centos7 ~]# cd /apps/
[root@centos7 apps]# PKGEXT=package-extend.txt
[root@centos7 apps]# echo https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64/mpi4py-3.0.1-py37hd955b32_0.tar.bz2#a8d6d7bbfc42b60c93055265d4df15a1 > $PKGEXT
[root@centos7 apps]# echo https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/tabulate-0.8.9-py37h06a4308_0.conda#c32cab843dc3438861fc2a57dec9504f >> $PKGEXT
[root@centos7 apps]# echo https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/sqlalchemy-1.3.23-py37h27cfd23_0.conda#2735db8ef0248df3e21603ae90840a43 >> $PKGEXT
[root@centos7 apps]# echo https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/vispy-0.5.3-py37hee6b756_0.conda#b59cd485c209f6de0a64b2c415cb7bd9 >> $PKGEXTとして「package-extend.txt」を得る。中身は
[root@centos7 apps]# cat package-extend.txt
https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64/mpi4py-3.0.1-py37hd955b32_0.tar.bz2#a8d6d7bbfc42b60c93055265d4df15a1
https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/tabulate-0.8.9-py37h06a4308_0.conda#c32cab843dc3438861fc2a57dec9504f
https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/sqlalchemy-1.3.23-py37h27cfd23_0.conda#2735db8ef0248df3e21603ae90840a43
https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/vispy-0.5.3-py37hee6b756_0.conda#b59cd485c209f6de0a64b2c415cb7bd9
[root@centos7 apps]#っで、これをeman2.91のconda環境に組み込む. ここでは/apps/pyenv に pyenv/anaconda のpython実行環境を用意しているが、これとは関係なくeman2.91のconda環境に組み込むことなります
なので
[root@centos7 apps]# module load eman2/2.91
[root@centos7 apps]# echo $PATH
/apps/eman2.91/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin
[root@centos7 apps]# which python
/apps/eman2.91/bin/python
[root@centos7 apps]# which conda
/apps/eman2.91/bin/conda
[root@centos7 apps]#と環境をロードして一応確認。その後に
[root@centos7 apps]# conda install --file package-extend.txt
:
:
The following NEW packages will be INSTALLED:
mpi4py conda-forge/linux-64::mpi4py-3.0.1-py37hd955b32_0
sqlalchemy pkgs/main/linux-64::sqlalchemy-1.3.23-py37h27cfd23_0
tabulate pkgs/main/linux-64::tabulate-0.8.9-py37h06a4308_0
vispy pkgs/main/linux-64::vispy-0.5.3-py37hee6b756_0
Proceed ([y]/n)? y
:
[root@centos7 apps]#
[root@centos7 apps]# rm package-extend.txt手順書に従います
[root@centos7 apps]# wget https://spring.fz-juelich.de/_download/ctffind-binaries-linux.tar.gz
[root@centos7 apps]# cd /apps/eman2.91/bin/..
[root@centos7 eman2.91]# tar xfv ../ctffind-binaries-linux.tar.gz
bin/ctffind
bin/ctftilt_mp.exe
[root@centos7 eman2.91]# rm ../ctffind-binaries-linux.tar.gzこのインストールしたctffindなのだが
[root@centos7 eman2.91]# bin/ctffind
** Welcome to Ctffind **
Version : 4.1.9
Compiled : Dec 2 2017
Mode : Interactive
Input image file name [input.mrc] : ^C
[root@centos7 eman2.91]#
[root@centos7 eman2.91]# bin/ctftilt_mp.exe
CTF TILT DETERMINATION, V1.7 (9-Jun-2014)
Copyright 2013 Howard Hughes Medical Institute.
All rights reserved.
Use is subject to Janelia Farm Research Campus Software Copyright 1.1
license terms ( http://license.janelia.org/license/jfrc_copyright_1_1.html )
Parallel processing: NCPUS = 8
Input image file name
^C
[root@centos7 eman2.91]#と現行の4.1.14より古いみたい.
手順書に従って
[root@centos7 apps]# wget --inet4-only https://files.pythonhosted.org/packages/c7/c0/881d59f0aaa676142fedea7fb789fe35f22bae3746497db04663b95f7686/emspring-0.87.1724.tar.gz
[root@centos7 apps]# tar xf emspring-0.87.1724.tar.gz
[root@centos7 apps]# cd emspring-0.87.1724/
[root@centos7 emspring-0.87.1724]#
[root@centos7 emspring-0.87.1724]# which python
/apps/eman2.91/bin/python
[root@centos7 emspring-0.87.1724]# python setup.py install
:
Installed /apps/eman2.91/lib/python3.7/site-packages/emspring-0.87.1724-py3.7.egg
Processing dependencies for emspring==0.87.1724
Finished processing dependencies for emspring==0.87.1724
[root@centos7 emspring-0.87.1724]#
[root@centos7 emspring-0.87.1724]# cd ..
[root@centos7 apps]# rm -rf emspring-0.87.1724 emspring-0.87.1724.tar.gzこれで終了.
eman2.91の中に組み込んでいるので eman2.91 の実行環境をロードすれば使える.
[illya@centos7 ~]$ module load eman2/2.91
[illya@centos7 ~]$ spring
/apps/eman2.91/lib/python3.7/site-packages/vispy/visuals/line/line.py:395: FutureWarning: Passing (type, 1) or '1type' as a synonym of type is deprecated; in a future version of numpy, it will be understood as (type, (1,)) / '(1,)type'.
('color', np.float32, 4)])
/apps/eman2.91/lib/python3.7/site-packages/vispy/visuals/line/arrow.py:57: FutureWarning: Passing (type, 1) or '1type' as a synonym of type is deprecated; in a future version of numpy, it will be understood as (type, (1,)) / '(1,)type'.
('linewidth', np.float32, 1)
/apps/eman2.91/lib/python3.7/site-packages/vispy/visuals/isocurve.py:22: UserWarning: VisPy is not yet compatible with matplotlib 2.2+
warnings.warn("VisPy is not yet compatible with matplotlib 2.2+")
waringが発生しますが、FutureWarningなので気にしない. 「将来のversionでこの書式はサポートされなくなるからね」ってな感じ.
「VisPy is not yet compatible with matplotlib 2.2+」の方は eman2.91で適用されているmatplotlibは 3.2.2 で不適合と判断されたのかと.
VisPyは「https://pypi.org/project/vispy/」を見るに最新 0.9.4、matplotlibの最新は「https://pypi.org/project/matplotlib/」から 3.5.1.
指示書で VisPyは 0.5.3 を採用されているのでいかんともしがたい.
FutureWarningとかのメッセージですが、vispyを「0.6.0」にすれば回避できるみたい
[root@centos7 ~]# module use /apps/modulefiles
[root@centos7 ~]# module load eman2/2.91
[root@centos7 ~]# which conda
/apps/eman2.91/bin/conda
[root@centos7 ~]# conda install vispy==0.6 -c conda-forgeこれでエラーなく起動できました。
