過去記事 version0.86 SPRING-v0-86-1661

本家様 https://spring.fz-juelich.de/index.html
versionが0.87になりました.

これまでのインストール方法からがらりと変わってeman2.91のconda環境を使ってインストールするようになっています。
そしてSPRINGのプログラムは eman2.91 のbinに入る感じですね.

インストール手順書がhttps://spring.fz-juelich.de/install.htmlに記載されてますが、eman2.91がまだインストールされていないことを前提にしている.
確かにこのスクリプトを取得して自分のアカウントで走らせればSPRINGは即利用できます
だが、ここはrootがプログラムを設置して各ユーザがプログラムを共有的に使えるようにしているので、この方法は採用しずらい.

っで手順書を参考にしてすでにeman2.91があって、それと統合させるようにインストールを試みた

eman2.91

すでにEMAN2にてeman2.91がインストール済みとします

eman2.91に追加のpythonパッケージをインストールする

追加のpythonパッケージは

  • mpi4py
  • tabulate
  • sqlalchemy
  • vispy

の4つ. 手順書には取得先が明記されているようで、そのまま利用します

[root@centos7 ~]# cd /apps/
[root@centos7 apps]# PKGEXT=package-extend.txt
[root@centos7 apps]# echo https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64/mpi4py-3.0.1-py37hd955b32_0.tar.bz2#a8d6d7bbfc42b60c93055265d4df15a1 > $PKGEXT
[root@centos7 apps]# echo https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/tabulate-0.8.9-py37h06a4308_0.conda#c32cab843dc3438861fc2a57dec9504f >> $PKGEXT
[root@centos7 apps]# echo https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/sqlalchemy-1.3.23-py37h27cfd23_0.conda#2735db8ef0248df3e21603ae90840a43 >> $PKGEXT
[root@centos7 apps]# echo https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/vispy-0.5.3-py37hee6b756_0.conda#b59cd485c209f6de0a64b2c415cb7bd9 >> $PKGEXT

として「package-extend.txt」を得る。中身は

[root@centos7 apps]# cat package-extend.txt
https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64/mpi4py-3.0.1-py37hd955b32_0.tar.bz2#a8d6d7bbfc42b60c93055265d4df15a1
https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/tabulate-0.8.9-py37h06a4308_0.conda#c32cab843dc3438861fc2a57dec9504f
https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/sqlalchemy-1.3.23-py37h27cfd23_0.conda#2735db8ef0248df3e21603ae90840a43
https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/vispy-0.5.3-py37hee6b756_0.conda#b59cd485c209f6de0a64b2c415cb7bd9
[root@centos7 apps]#

っで、これをeman2.91のconda環境に組み込む. ここでは/apps/pyenv に pyenv/anaconda のpython実行環境を用意しているが、これとは関係なくeman2.91のconda環境に組み込むことなります
なので

[root@centos7 apps]# module load eman2/2.91
[root@centos7 apps]# echo $PATH
/apps/eman2.91/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin
 
[root@centos7 apps]# which python
/apps/eman2.91/bin/python
 
[root@centos7 apps]# which conda
/apps/eman2.91/bin/conda
 
[root@centos7 apps]#

と環境をロードして一応確認。その後に

[root@centos7 apps]# conda install --file package-extend.txt
 :
 :
The following NEW packages will be INSTALLED:
 
  mpi4py             conda-forge/linux-64::mpi4py-3.0.1-py37hd955b32_0
  sqlalchemy         pkgs/main/linux-64::sqlalchemy-1.3.23-py37h27cfd23_0
  tabulate           pkgs/main/linux-64::tabulate-0.8.9-py37h06a4308_0
  vispy              pkgs/main/linux-64::vispy-0.5.3-py37hee6b756_0
 
 
Proceed ([y]/n)? y
 :
[root@centos7 apps]#
[root@centos7 apps]# rm package-extend.txt

eman2.91のbinにctffindをインストールする

手順書に従います

[root@centos7 apps]# wget https://spring.fz-juelich.de/_download/ctffind-binaries-linux.tar.gz
[root@centos7 apps]# cd /apps/eman2.91/bin/..
 
[root@centos7 eman2.91]# tar xfv ../ctffind-binaries-linux.tar.gz
bin/ctffind
bin/ctftilt_mp.exe
[root@centos7 eman2.91]# rm ../ctffind-binaries-linux.tar.gz

このインストールしたctffindなのだが

[root@centos7 eman2.91]# bin/ctffind
 
 
        **   Welcome to Ctffind   **
 
            Version : 4.1.9
           Compiled : Dec  2 2017
               Mode : Interactive
 
Input image file name [input.mrc]                  : ^C
[root@centos7 eman2.91]#
[root@centos7 eman2.91]# bin/ctftilt_mp.exe
 
 CTF TILT DETERMINATION, V1.7 (9-Jun-2014)
  Copyright 2013 Howard Hughes Medical Institute.
  All rights reserved.
  Use is subject to Janelia Farm Research Campus Software Copyright 1.1
  license terms ( http://license.janelia.org/license/jfrc_copyright_1_1.html )
 
 
 Parallel processing: NCPUS =          8
 
 Input image file name
^C
[root@centos7 eman2.91]#

と現行の4.1.14より古いみたい.

eman2.91のpythonを使ってemspringをインストールします

手順書に従って

[root@centos7 apps]# wget https://files.pythonhosted.org/packages/c7/c0/881d59f0aaa676142fedea7fb789fe35f22bae3746497db04663b95f7686/emspring-0.87.1724.tar.gz
[root@centos7 apps]# tar xf emspring-0.87.1724.tar.gz
[root@centos7 apps]# cd emspring-0.87.1724/
[root@centos7 emspring-0.87.1724]#
 
[root@centos7 emspring-0.87.1724]# which python
/apps/eman2.91/bin/python
 
[root@centos7 emspring-0.87.1724]# python setup.py install
 :
Installed /apps/eman2.91/lib/python3.7/site-packages/emspring-0.87.1724-py3.7.egg
Processing dependencies for emspring==0.87.1724
Finished processing dependencies for emspring==0.87.1724
 
[root@centos7 emspring-0.87.1724]#
[root@centos7 emspring-0.87.1724]# cd ..
[root@centos7 apps]# rm -rf emspring-0.87.1724 emspring-0.87.1724.tar.gz

これで終了.

起動

eman2.91の中に組み込んでいるので eman2.91 の実行環境をロードすれば使える.

[illya@centos7 ~]$ module load eman2/2.91
[illya@centos7 ~]$ spring
 
/apps/eman2.91/lib/python3.7/site-packages/vispy/visuals/line/line.py:395: FutureWarning: Passing (type, 1) or '1type' as a synonym of type is deprecated; in a future version of numpy, it will be understood as (type, (1,)) / '(1,)type'.
  ('color', np.float32, 4)])
/apps/eman2.91/lib/python3.7/site-packages/vispy/visuals/line/arrow.py:57: FutureWarning: Passing (type, 1) or '1type' as a synonym of type is deprecated; in a future version of numpy, it will be understood as (type, (1,)) / '(1,)type'.
  ('linewidth', np.float32, 1)
/apps/eman2.91/lib/python3.7/site-packages/vispy/visuals/isocurve.py:22: UserWarning: VisPy is not yet compatible with matplotlib 2.2+
  warnings.warn("VisPy is not yet compatible with matplotlib 2.2+")

2022y01m13d_223154097.png

waringが発生しますが、FutureWarningなので気にしない. 「将来のversionでこの書式はサポートされなくなるからね」ってな感じ.
「VisPy is not yet compatible with matplotlib 2.2+」の方は eman2.91で適用されているmatplotlibは 3.2.2 で不適合と判断されたのかと.
VisPyは「https://pypi.org/project/vispy/」を見るに最新 0.9.4、matplotlibの最新は「https://pypi.org/project/matplotlib/」から 3.5.1.
指示書で VisPyは 0.5.3 を採用されているのでいかんともしがたい.


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Last-modified: 2022-03-18 (金) 20:07:24 (100d)