本家様http://www.sachse.embl.de/emspring/index.html

single-particle based helical reconstruction package

インストール

事前に下記パッケージが必要

yum install gcc gcc-c++ freetype-devel libpng-devel
 
個別指定されているが、
yum groupinstall "Development Tools"
で宜しいかと

既にコンパイルされているバージョンは、展開したディレクトリに実行ファイルが含まれている。
なので、元のファイルは /Appl/src に配置するが、展開先は /Appl とします。
また、インストールの完遂にはroot以外での実行が必要みたい。ここではsoftユーザが代わりに実行しています

[root@c ~]# cd /Appl/src
[root@c src]# curl -O http://www.sachse.embl.de/emspring/_download/spring-latest-linux.tar.gz
 
[root@c src]# cd /Appl
 
[root@c Appl]# gzip -cd src/spring-latest-linux.tar.gz |tar xf -
[root@c Appl]# chown -R soft:soft ./spring_v0-86-1661/
 
(soft:softユーザに変更して作業を継続)
[root@c Appl]# su - soft
 
[soft@c ~]$ cd /Appl/spring_v0-86-1661/
[soft@c spring_v0-86-1661]$
 
[soft@c spring_v0-86-1661]$ ls -CFl
合計 68
-rw-r--r--  1 soft soft  2429 12月 14  2017 README.rst
drwxrwxr-x  2 soft soft  4096 12月 14  2017 bin/
-rw-r--r--  1 soft soft 10107 12月 14  2017 bootstrap.py
-rwxr-xr-x  1 soft soft 16831 12月 14  2017 buildout.cfg*
-rwxr-xr-x  1 soft soft 16831 12月 14  2017 buildout_linux.cfg*
drwxrwxr-x  2 soft soft    22 12月 14  2017 include/
drwxrwxr-x  3 soft soft    22 12月 14  2017 lib/
drwxrwxr-x 10 soft soft   101 12月 14  2017 parts/
drwxrwxr-x  2 soft soft  4096  4月 16  2018 patches/
-rw-rw-r--  1 soft soft    60 12月 14  2017 pip-selfcheck.json
 
[soft@c spring_v0-86-1661]$ unset PYTHONPATH; unset LD_LIBRARY_PATH; unset EMSPRING_DIR
 
[soft@c spring_v0-86-1661]$ sh ./patches/binary_install_linux.sh
 :
 :
Overwriting ./bin/activate.csh with new content
Download error on https://pypi.python.org/simple/zc.buildout/: [Errno 1] _ssl.c:503: error:1407742E:SSL (略
Download error on https://pypi.python.org/simple/: [Errno 1] _ssl.c:503: error:1407742E:SSL routines:SSL(略
/Appl/spring_v0-86-1661/lib/python2.7/site-packages/pkg_resources/__init__.py:193: RuntimeWarning: You have (略
  stacklevel=1,
Creating directory '/Appl/spring_v0-86-1661/develop-eggs'.
 :
----------------------------------------------------------------------
Ran 4 tests in 29.862s
 
OK
==================================================================================
Testing done. If 4 quick tests ran OK Spring was correctly installed.
Install done. Please type to add the following line to your .cshrc:
echo setenv PATH:/Appl/spring_v0-86-1661/bin:$PATH >> ~/.cshrc
or your favorite Bourne shell rc file (e.g. .bashrc, .zshrc):
echo export PATH:/Appl/spring_v0-86-1661/bin:$PATH >> ~/.bashrc
==================================================================================
[soft@c spring_v0-86-1661]$

実行者のディレクトリに幾つかフォルダが作られる(~/.config ~/.eman ~/.python-eggs ~/.visvis)
こうゆうのは、、あまり好きではない...

実行

単純に「/Appl/spring_v0-86-1661/bin」をPATH環境変数に加えれればいいみたい

vi ~/.bashrc
export PATH=/Appl/spring_v0-86-1661/bin:$PATH
 
(.cshrc/.tcshrc)
setenv PATH /Appl/spring_v0-86-1661/bin:$PATH

EnvironmentModulesであれば指定のmodule file配置場所「/etc/modulefiles」にでも
*ここでは /home/Common/module/配下にしています

[root@c ~]# vi /home/Common/modules/SPRING
#%Module1.0
#
set SPRING /Appl/spring_v0-86-1661/bin
set-alias spring "LANG=C spring"
prepend-path PATH  $SPRING
 
[root@c ~]#

*LANG環境変数で英語環境にしないとparファイルに余分なスペースが入って実行できなくなります
そして

[saber@c ~]$ module load SPRING
 
[saber@c ~]$ spring

*上記でmoduleを使ってないなら、「LANG=C spring」として実行します

とすると、下記画面が表示される
2019y08m21d_002831970.png

メモ

spring実行時にターミナルに

QGtkStyle was unable to detect the current GTK+ theme.

と表記されたら、「libgnomeui-devel」を追加インストールする必要がある


トップ   編集 添付 複製 名前変更     ヘルプ   最終更新のRSS
Last-modified: 2019-08-21 (水) 01:36:21 (33d)