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本家様https://github.com/williamnwan/STOPGAP

MATLABでsubtomogram averaging処理を行うツール

MATLABソースも提供され、かつそのバイナリーもあるのでMATLAB runtimeで動かせるかも.

gitから拾うと2015bでコンパイルされたようなので、MATLAB runtimeも2015bにしてみた
https://jp.mathworks.com/products/compiler/matlab-runtime.htmlから linux版の2015b を取得. ファイル名は「MCR_R2015b_glnxa64_installer.zip」(777MB)

[root@centos7 ~]# mkdir -p /apps/src/MCR_R2015b
[root@centos7 ~]# cd /apps/src/MCR_R2015b
[root@centos7 MCR_R2015b]# unzip -q ~/MCR_R2015b_glnxa64_installer.zip
 
[root@centos7 MCR_R2015b]# ls -l
total 104
drwxr-xr-x. 12 root root 61440 Oct 10 02:56 archives
drwxr-xr-x.  3 root root    21 Oct 10 02:56 bin
-r-xr-xr-x.  1 root root 10483 Jul 31  2015 install
drwxr-xr-x.  5 root root    63 Oct 10 02:56 java
-r--r--r--.  1 root root  5199 Feb  4  2015 MCR_license.txt
drwxr-xr-x.  2 root root    73 Oct 10 02:56 productdata
drwxr-xr-x.  3 root root    18 Oct 10 02:56 sys
[root@centos7 MCR_R2015b]# ./install

GUIが立ち上がってruntimeのインストールが進みます。インストール先は「/apps/MATLAB/R2015b」として. 詳細はMATLABにて.
途中
LD_LIBRARY_PATHとして
「/apps/MATLAB/R2015b/v90/runtime/glnxa64:/apps/MATLAB/R2015b/v90/bin/glnxa64:/apps/MATLAB/R2015b/v90/sys/os/glnxa64」の定義が求められる

EnvironmentModules

[root@centos7 ~]# mkdir -p /apps/modulefiles/MATLABruntime
[root@centos7 ~]# vi /apps/modulefiles/MATLABruntime/R2015b
 
#%Module
set          M               /apps/MATLAB/R2015b/v90
prepend-path PATH            $M/bin
prepend-path LD_LIBRARY_PATH $M/runtime/glnxa64:$M/bin/glnxa64:$M/sys/os/glnxa64
 
[root@centos7 ~]# vi /apps/modulefiles/MATLABruntime/.version
#%Module1.0
set ModulesVersion R2015b
 
[root@centos7 ~]#

本体の STOPGAP

[root@centos7 ~]# cd /apps/
[root@centos7 apps]# gi clone https://github.com/williamnwan/STOPGAP
[root@centos7 apps]# cd STOPGAP/
[root@centos7 STOPGAP]#
 
[root@centos7 STOPGAP]# cp compiled_2015b/* exec/lib/      <--- コンパイル済みバイナリーをコピー
[root@centos7 STOPGAP]# chmod +x exec/lib/*                <--- 実行権を付与
 
[root@centos7 STOPGAP]# chmod +x exec/bin/*
 
[root@centos7 STOPGAP]# vi exec/lib/stopgap_config.sh      <-- matlabRootのPATHを指定
 :
matlabRoot="/apps/MATLAB/R2015b/v90"
 :
[root@centos7 STOPGAP]#

あとはEnvironmentModules

[root@centos7 ~]# vi /apps/modulefiles/STOPGAP
#%Module
 
module load MATLABruntime
 
prepend-path MATLABPATH    /apps/STOPGAP/sg_toolbox
prepend-path STOPGAPHOME   /apps/STOPGAP/exec
 
[root@centos7 ~]#

実行する際は「/apps/STOPGAP/bash」にあるファイルをコピーして修正して実行する

[root@centos7 ~]# ls /apps/STOPGAP/bash/
run_stopgap.sh               stopgap_initialize_folder.sh  stopgap_subtomo_parser.sh  stopgap_vmap_parser.sh
stopgap_extract_subtomos.sh  stopgap_pca_parser.sh         stopgap_tm_parser.sh
 
[root@centos7 ~]#

変更する場所は
「##### RUN OPTIONS #####」の「run_type」. ローカルで実行するなら「local」にする
「##### DIRECTORIES #####」の「rootdir」. subtomogram averaging directoryを示す. あとparamfilename.


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Last-modified: 2022-10-10 (月) 14:57:30 (48d)