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本家様https://github.com/williamnwan/STOPGAP
MATLABでsubtomogram averaging処理を行うツール
MATLABソースも提供され、かつそのバイナリーもあるのでMATLAB runtimeで動かせるかも.
gitから拾うと2015bでコンパイルされたようなので、MATLAB runtimeも2015bにしてみた
https://jp.mathworks.com/products/compiler/matlab-runtime.htmlから linux版の2015b を取得. ファイル名は「MCR_R2015b_glnxa64_installer.zip」(777MB)
[root@centos7 ~]# mkdir -p /apps/src/MCR_R2015b
[root@centos7 ~]# cd /apps/src/MCR_R2015b
[root@centos7 MCR_R2015b]# unzip -q ~/MCR_R2015b_glnxa64_installer.zip
[root@centos7 MCR_R2015b]# ls -l
total 104
drwxr-xr-x. 12 root root 61440 Oct 10 02:56 archives
drwxr-xr-x. 3 root root 21 Oct 10 02:56 bin
-r-xr-xr-x. 1 root root 10483 Jul 31 2015 install
drwxr-xr-x. 5 root root 63 Oct 10 02:56 java
-r--r--r--. 1 root root 5199 Feb 4 2015 MCR_license.txt
drwxr-xr-x. 2 root root 73 Oct 10 02:56 productdata
drwxr-xr-x. 3 root root 18 Oct 10 02:56 sys
[root@centos7 MCR_R2015b]# ./installGUIが立ち上がってruntimeのインストールが進みます。インストール先は「/apps/MATLAB/R2015b」として. 詳細はMATLABにて.
途中
LD_LIBRARY_PATHとして
「/apps/MATLAB/R2015b/v90/runtime/glnxa64:/apps/MATLAB/R2015b/v90/bin/glnxa64:/apps/MATLAB/R2015b/v90/sys/os/glnxa64」の定義が求められる
[root@centos7 ~]# mkdir -p /apps/modulefiles/MATLABruntime
[root@centos7 ~]# vi /apps/modulefiles/MATLABruntime/R2015b
#%Module
set M /apps/MATLAB/R2015b/v90
prepend-path PATH $M/bin
prepend-path LD_LIBRARY_PATH $M/runtime/glnxa64:$M/bin/glnxa64:$M/sys/os/glnxa64
[root@centos7 ~]# vi /apps/modulefiles/MATLABruntime/.version
#%Module1.0
set ModulesVersion R2015b
[root@centos7 ~]#本体の STOPGAP
[root@centos7 ~]# cd /apps/
[root@centos7 apps]# gi clone https://github.com/williamnwan/STOPGAP
[root@centos7 apps]# cd STOPGAP/
[root@centos7 STOPGAP]#
[root@centos7 STOPGAP]# cp compiled_2015b/* exec/lib/ <--- コンパイル済みバイナリーをコピー
[root@centos7 STOPGAP]# chmod +x exec/lib/* <--- 実行権を付与
[root@centos7 STOPGAP]# chmod +x exec/bin/*
[root@centos7 STOPGAP]# vi exec/lib/stopgap_config.sh <-- matlabRootのPATHを指定
:
matlabRoot="/apps/MATLAB/R2015b/v90"
:
[root@centos7 STOPGAP]#[root@centos7 ~]# vi /apps/modulefiles/STOPGAP
#%Module
module load MATLABruntime
prepend-path MATLABPATH /apps/STOPGAP/sg_toolbox
prepend-path STOPGAPHOME /apps/STOPGAP/exec
[root@centos7 ~]#実行する際は「/apps/STOPGAP/bash」にあるファイルをコピーして修正して実行する
[root@centos7 ~]# ls /apps/STOPGAP/bash/
run_stopgap.sh stopgap_initialize_folder.sh stopgap_subtomo_parser.sh stopgap_vmap_parser.sh
stopgap_extract_subtomos.sh stopgap_pca_parser.sh stopgap_tm_parser.sh
[root@centos7 ~]#変更する場所は
「##### RUN OPTIONS #####」の「run_type」. ローカルで実行するなら「local」にする
「##### DIRECTORIES #####」の「rootdir」. subtomogram averaging directoryを示す. あとparamfilename.
