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OpenSourceな化合物構造式検索エンジン。ここから得られる http://ggasoftware.com/opensource
この構造式検索エンジンのBingoのほかにも分子描画ツールKetcher、分子画像作成ツールindigo-depictらが利用可能みたい。
ここでは、MSSQLServerにこのbingoを入れてみた。
インストール
データ登録 (構造式登録,記述子登録)
構造式検索
他にもORACLE版やPostgres版がある。Postgres版も作ってみた SciTouch/PostgreSQL
■インストール
Oracle,MSSQL,Postgresのうち、無償なSQLServer2008R2ExpressEdition(x64)を選択。
SQLServerのインストールはsambaADなadministratorで行い、実際のMSSQLの稼働には同じくsambaADからsql(cerius\sql)を採用。
っで、bingoはここより取得した
バイナリ―を c:\bingoに展開させ下図な感じで。
*assemblyフォルダ内bingo-sqlserver.dllファイルをMSSQLは参照しますので、以後フォルダ変更には要注意
MSSQLは、SQL Server Management Studioでサーバー認証を「SQL Server認証とWindows認証モード」に変更します。
そして、Management Studioのオブジェクトエクスプローラから[セキュリティー]->[ログイン]にて、右クリック[新しいログイン..]を選択して
[ログイン - 新規作成]画面からSQL Server認証可能なDBAユーザ[dba]を別途作成します。
*この際、[パスワードポリシーを適用する]は外した方がいいかも
次に、同じ[ログイン - 新規作成]画面にて、[ページの選択]から[サーバーロール]を選択して、sysadminを有効にして、
右下の[OK]ボタンを押します。これでインストール用のDBAユーザ[dba]が作成されました。
次にBingoを使うデータベースを作成します。
Management Studioのオブジェクトエクスプローラから[データベース]で右クリック[新しいデータベース..]から
データベース[ChEMBL_13]を作成します。ChEMBLさんのデータを入れてみることを想定。*既存のデータベースでも構いません。
*注意：このデータベースの所有者は非sambaADユーザの方がいいのかもしれない
次にコマンドプロンプトを立ち上げて、
cd c:\bingo
bingo-sqlserver-install.bat -server ホスト名かlocalhost -database bingoを使用するdatabase名 -dbaname DBAユーザ名 -dbapass DBAユーザのパスワード -bingoname Bingoカートリッジのユーザ名 -bingopass Bingoカートリッジのパスワード
*SQLServerがExpress Editionの場合、名前付きインスタンスがSQLEXPRESSと付けられているかもしれません。その時のホスト名はホスト名\SQLEXPRESSとしてください。
例
bingo-sqlserver-install.bat -server localhost\SQLEXPRESS -database ChEMBL_13 -dbaname dba -dbapass dba
これを実行するとプロシージャが実行され関数の登録などが行われます。
ちなみにSQLServer2008R2 express editionの制約
・物理プロセッサ：１基(coreは無視？)
・メモリ制限：1GBまで(これ制約が大きい...)
・データベースサイズ：10GBまで
■使い方
SciTouch/使い方
■uninstall
コマンドプロンプトを立ち上げて、
cd c:\bingo
bingo-sqlserver-uninstall.bat -fulldelete
とします。
