OpenSourceな化合物構造式検索エンジン。ここから得られる http://ggasoftware.com/opensource
この構造式検索エンジンのBingoのほかにも分子描画ツールKetcher、分子画像作成ツールindigo-depictらが利用可能みたい。
ここでは、MSSQLServerにこのbingoを入れてみた。
 インストール
 データ登録 (構造式登録,記述子登録)
 構造式検索

他にもORACLE版やPostgres版がある。Postgres版も作ってみた SciTouch/PostgreSQL

Bingo: Chemistry search engine for Oracle, Microsoft SQL Server and PostgreSQL databases

■インストール
Oracle,MSSQL,Postgresのうち、無償なSQLServer2008R2ExpressEdition(x64)を選択。
SQLServerのインストールはsambaADなadministratorで行い、実際のMSSQLの稼働には同じくsambaADからsql(cerius\sql)を採用。

っで、bingoはここより取得した
バイナリ―を c:\bingoに展開させ下図な感じで。
2012y05m26d_100534972.png
  *assemblyフォルダ内bingo-sqlserver.dllファイルをMSSQLは参照しますので、以後フォルダ変更には要注意
MSSQLは、SQL Server Management Studioでサーバー認証を「SQL Server認証とWindows認証モード」に変更します。
そして、Management Studioのオブジェクトエクスプローラから[セキュリティー]->[ログイン]にて、右クリック[新しいログイン..]を選択して
[ログイン - 新規作成]画面からSQL Server認証可能なDBAユーザ[dba]を別途作成します。
2012y05m26d_101453014.png
  *この際、[パスワードポリシーを適用する]は外した方がいいかも
次に、同じ[ログイン - 新規作成]画面にて、[ページの選択]から[サーバーロール]を選択して、sysadminを有効にして、
2012y05m26d_101509244.png
右下の[OK]ボタンを押します。これでインストール用のDBAユーザ[dba]が作成されました。

次にBingoを使うデータベースを作成します。
Management Studioのオブジェクトエクスプローラから[データベース]で右クリック[新しいデータベース..]から
2012y06m24d_194843102.png
データベース[ChEMBL_13]を作成します。ChEMBLさんのデータを入れてみることを想定。*既存のデータベースでも構いません。
2012y06m24d_195007747.png
  *注意:このデータベースの所有者は非sambaADユーザの方がいいのかもしれない

次にコマンドプロンプトを立ち上げて、
   cd c:\bingo
   bingo-sqlserver-install.bat -server ホスト名かlocalhost -database bingoを使用するdatabase名 -dbaname DBAユーザ名 -dbapass DBAユーザのパスワード -bingoname Bingoカートリッジのユーザ名 -bingopass Bingoカートリッジのパスワード
  *SQLServerがExpress Editionの場合、名前付きインスタンスがSQLEXPRESSと付けられているかもしれません。その時のホスト名はホスト名\SQLEXPRESSとしてください。
   例

bingo-sqlserver-install.bat -server localhost\SQLEXPRESS -database ChEMBL_13 -dbaname dba -dbapass dba

これを実行するとプロシージャが実行され関数の登録などが行われます。

ちなみにSQLServer2008R2 express editionの制約
 ・物理プロセッサ:1基(coreは無視?)
 ・メモリ制限:1GBまで(これ制約が大きい...)
 ・データベースサイズ:10GBまで

■使い方
SciTouch/使い方
■uninstall
コマンドプロンプトを立ち上げて、
   cd c:\bingo
   bingo-sqlserver-uninstall.bat -fulldelete
とします。


トップ   編集 添付 複製 名前変更     ヘルプ   最終更新のRSS
Last-modified: 2012-09-22 (土) 23:51:13 (1791d)