本家様 http://scipion.cnb.csic.es/m/home/

Step 1: Download

CentOS7でソースコードから作ります
バイナリー版で作ってみたが、一部のパッケージが作れなかった...

ファイル名は「scipion_v1.2_2018-04-02_source.tgz
それを展開すると、「scipion」というディレクトリが作られる

[root@c ~]# cd /Appl/
[root@c Appl]# gzip -cd scipion_v1.2_2018-04-02_source.tgz | tar xf -

Step 2: Dependencies

CentOS7なら
https://github.com/I2PC/scipion/wiki/Installing-Dependenciesに書かれているような追加パッケージが必要

[root@c ~]# yum install wget gcc-c++ glibc-headers gcc gcc-g++ cmake java-1.8.0-openjdk-devel.x86_64 \
 libXft-devel.x86_64  openssl-devel.x86_64 libXext-devel.x86_64  libxml++.x86_64 \
 libquadmath-devel.x86_64 libxslt.x86_64 openmpi-devel.x86_64  gsl-devel.x86_64  libX11.x86_64  \
 gcc-gfortran.x86_64

Step3: Configure

[root@c ~]# chown -R root:root /Appl/scipion
[root@c ~]# cd /Appl/scipion/
 
[root@c scipion]# ./scipion config
 
Scipion v1.2 (2018-04-02) Caligula
 
>>>>> python  /Appl/scipion/pyworkflow/apps/pw_config.py 
All the expected sections and options found in /Appl/scipion/config/scipion.conf
All the expected sections and options found in /Appl/scipion/config/protocols.conf
All the expected sections and options found in /Appl/scipion/config/hosts.conf
* Creating configuration file: /root/.config/scipion/scipion.conf
Please edit it to reflect the configuration of your system.
 
-----------------------------------------------------------------
-----------------------------------------------------------------
It would be very helpful if you allow Scipion
to send anonymous usage data. This information will help Scipion's 
team to identify the more demanded protocols and prioritize 
support for them.
 
The collected usage information is COMPLETELY ANONYMOUS and does NOT
include protocol parameters, file names or any data that can be used 
to identify you or your data. In the URL
https://github.com/I2PC/scipion/wiki/Collecting-Usage-Statistics-for-Scipion
you may see examples of the transmitted data as well as the
statistics created with it. You can always deactivate/activate 
this option by editing the file $HOME/.config/scipion/scipion.conf 
and setting the variable SCIPION_NOTIFY to False/True respectively.
 
We understand, of course, that you may not wish to have any 
information collected from you and we respect your privacy.
 
Press <enter> if you don't mind to send USAGE data, otherwise press any key followed by <enter>:   <-- リターン
Statistics Collection has been set to: True
-----------------------------------------------------------------
-----------------------------------------------------------------
Checking paths in /Appl/scipion/config/scipion.conf ...
  Path to MPI_LIBDIR (/usr/lib64/mpi/gcc/openmpi/lib) should exist but it doesn't.
  Path to MPI_INCLUDE (/usr/lib64/mpi/gcc/openmpi/include) should exist but it doesn't.
  Path to MPI_BINDIR (/usr/lib64/mpi/gcc/openmpi/bin) should exist but it doesn't.
  Cannot find file: /usr/lib64/mpi/gcc/openmpi/bin/mpicc
  Cannot find file: /usr/lib64/mpi/gcc/openmpi/bin/mpiCC
  Cannot find file: /usr/lib64/mpi/gcc/openmpi/bin/mpiCC
  Cannot find file: /usr/lib64/mpi/gcc/openmpi/include/mpi.h
Errors found.
Please edit /Appl/scipion/config/scipion.conf and check again.
To regenerate the config files trying to guess the paths, you can run: scipion config --overwrite
[root@c scipion]#

途中、情報提供するかを問われますが、しないのならそのまま<リターンキー>を押下します。
そして、scipionの実行に必要な設定項目の不備が指摘され、それを修正します。

修正対象は「/Appl/scipion/config/scipion.conf」です。

--- config/scipion.conf.orig    2018-04-02 15:26:37.868491800 +0900
+++ config/scipion.conf 2018-04-02 15:31:08.319331412 +0900
@@ -18,11 +18,11 @@
 MPI_CXX = mpiCC
 MPI_LINKERFORPROGRAMS = mpiCC
 MPI_LIB = mpi
-MPI_LIBDIR = /usr/lib64/mpi/gcc/openmpi/lib
-MPI_INCLUDE = /usr/lib64/mpi/gcc/openmpi/include
-MPI_BINDIR = /usr/lib64/mpi/gcc/openmpi/bin
-CUDA_LIB = /usr/local/cuda-7.5/lib64
-CUDA_BIN = /usr/local/cuda-7.5/bin
+MPI_LIBDIR = /usr/lib64/openmpi/lib
+MPI_INCLUDE = /usr/include/openmpi-x86_64
+MPI_BINDIR = /usr/lib64/openmpi/bin
+CUDA_LIB = /usr/local/cuda-8.0/lib64
+CUDA_BIN = /usr/local/cuda-8.0/bin
 MATLAB_DIR = /usr/local/MATLAB/R2011a
 JAVA_HOME = /usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.161-3.b14.el6_9.x86_64
 JAVA_BINDIR = %(JAVA_HOME)s/bin
@@ -30,9 +30,9 @@
 JAR = %(JAVA_BINDIR)s/jar
 JNI_CPPPATH = %(JAVA_HOME)s/include:%(JAVA_HOME)s/include/linux
 GTEST = False
-CUDA = False
+CUDA = True
 DEBUG = False
 MATLAB = False
-OPENCV = True
+OPENCV = False
 REMOTE_MESA_LIB = /services/guacamole/usr/mesa/lib/

その後に再度実施する

[root@c scipion]# ./scipion config
 
Scipion 1.2.beta (26-12-2017) Caligula
 
>>>>> python  /Appl/scipion/pyworkflow/apps/pw_config.py
All the expected sections and options found in /Appl/scipion/config/scipion.conf
All the expected sections and options found in /Appl/scipion/config/protocols.conf
All the expected sections and options found in /Appl/scipion/config/hosts.conf
All the expected sections and options found in /root/.config/scipion/scipion.conf
Checking paths in /Appl/scipion/config/scipion.conf ...
All seems fine with /Appl/scipion/config/scipion.conf
[root@c scipion]#

Step4: Scipion Compile

次に、scipionをコンパイルします。
「-j」は複数同時並列にコンパイルしたい場合に幾つ並列でコンパイルするかのパラメータ。
こちらは貧弱なマシンなので「-j 2」にしてます

[root@c scipion]# ./scipion install -j 2

Step5: Package Install

使いたいアプリをインストールします

使えるのは「./scipion install --help」で見れます。

[root@c scipion]# ./scipion install --help
 :
 :
Available packages: ([ ] not installed, [X] seems already installed)
     Gautomatch      0.53 [ ]
           Gctf      0.50 [ ]     1.06 [ ]
          bsoft     1.8.8 [ ]    1.9.0 [ ]
        chimera    1.10.1 [ ]
         cryoem       1.0 [ ]
        ctffind       3.6 [ ]
       ctffind4    4.0.15 [ ]    4.1.5 [ ]    4.1.8 [ ]   4.1.10 [ ]
      dogpicker     0.2.1 [ ]
           eman      2.11 [ ]     2.12 [ ]
          ethan       1.2 [ ]
       frealign      9.07 [ ]
      gEMpicker       1.1 [ ]
       localrec     1.1.0 [ ]    1.2.0 [ ]
 mag_distortion     1.0.1 [ ]
     motioncor2  17.01.30 [ ]    1.0.2 [ ]    1.0.5 [ ]
     motioncorr       2.1 [ ]
            nma           [ ]
         relion       1.4 [ ]     1.4f [ ]      2.0 [ ]      2.1 [ ]
         resmap   1.1.5s2 [ ]
         simple       2.1 [ ]
         spider     21.13 [ ]
       summovie     1.0.2 [ ]
         unblur    1.0.15 [ ]    1.0.2 [ ]
 
[root@c scipion]#

掲示されたアプリでScipion内で利用するには、
こんな感じでScipion内アプリをインストールする。
「./scipion install --no-xmipp bsoft ctffind ctffind4 eman-2.12 frealign」
*「--no-xmipp」はScipionの中にxmippが含まれているので不要との意味. 参照

relionを追加するには下記のようにする

[root@c scipion]# ./scipion install --no-xmipp relion
 :
 :
Linking CXX executable ../../bin/relion_tiltpair_plot
[100%] Built target tiltpair_plot
  Skipping command: Link 'relion-2.1 -> relion-2.1'
  All targets exist.
Done (2 m 51 s)
 
  ************************************************************************
  *                                                                      *
  *         Congratulations, Scipion was installed successfully          *
  *                                                                      *
  ************************************************************************
Scipion

めも

  • cryoem
    インストールに使用するファイルが、バイナリーファイルだと CentOS6、CentOS7は共に駄目
    gitもしくはsourceファイルなら CentOS7 はOK. CentOS6はこれでも駄目
  • nma
    インストールは完了するが、「./scipion install --help」では未インストールと記載される.
  • eman
    各自のbashrcに「source /Appl/scipion/software/em/eman2.12.linux64/eman2.bashrc」の記載が求められる

起動

「.bashrc」とかに

alias scipion ='/Appl/scipion/scipion'

とかと定義して、

[saber@c ~]$ scipion

と起動する。
ただし初回のみ下記のようなメッセージが表示されるので、

Missing file /home/saber/.config/scipion/scipion.conf
Please run
  /Appl/scipion/scipion config
to fix your configuration

メッセージに従い、

[saber@c ~]$ /Appl/scipion/scipion config

を実行してから、「scipion」を起動します

メモ:

[saber@c ~]$ scipion 
 
Scipion v1.2 (2018-04-02) Caligula
 
>>>>> python  /Appl/scipion/pyworkflow/apps/pw_manager.py 
/Appl/scipion/software/lib/python2.7/site-packages/setuptools-5.4.1-py2.7.egg/pkg_resources.py:1049: 
UserWarning: /home/saber/.python-eggs is writable by group/others and vulnerable to attack 
when used with get_resource_filename. Consider a more secure location 
(set with .set_extraction_path or the PYTHON_EGG_CACHE environment variable).

のようなメッセージが出るなら、単に

[saber@c ~]$ chmod 755 /home/saber/.python-eggs

とすれば収まります。

queue

Scipionの中で実行されるジョブは PBS/Torque らのジョブ管理システムに渡すことが出来る。
設定は config/hosts.conf で行い、QUEUESで定義する。ここでは queue名「bio」と「chem」を
選択可能にしている。

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 20
 21
 22
 23
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 26
 27
 28
--- hosts.conf.orig     2018-04-03 03:48:38.823563712 +0900
+++ hosts.conf  2018-04-03 04:25:49.472759374 +0900
@@ -9,7 +9,7 @@
        ### Job name
        #PBS -N %_(JOB_NAME)s
        ### Queue name
-       ###PBS -q %_(JOB_QUEUE)s
+       #PBS -q %_(JOB_QUEUE)s
        ### Standard output and standard error messages
        #PBS -k eo
        ### Specify the number of nodes and thread (ppn) for your job.
@@ -40,5 +40,15 @@
        %_(JOB_COMMAND)s
 CANCEL_COMMAND = canceljob %_(JOB_ID)s
 CHECK_COMMAND = qstat %_(JOB_ID)s
-QUEUES = { "default": {} }
-
+QUEUES = {
+        "bio": [["JOB_QUEUE", "bio", "queue name", "Select queue name"],
+                ["JOB_NODES",   "1", "node", "Do not change"],
+                ["JOB_THREADS", "4", "core", "Number of cores par node to use."],
+                ["JOB_HOURS",  "24", "walltime", "Request time"]
+                ],
+        "chem": [["JOB_QUEUE","chem", "queue name", "Select queue name"],
+                ["JOB_NODES",    "1", "node", "Do not change"],
+                ["JOB_THREADS", "16", "core", "Number of cores par node."],
+                ["JOB_HOURS",   "12", "walltime", "Request time"]
+                ]
+        }

実際の画面では、計算設定画面で「Use queue?」で「Yes」を選ぶ
2018y04m03d_043020238.png
そして、画面下部の「Execute」を押下します。
すると新たな子画面が表示されます。
2018y04m03d_043250612.png
子画面の「Submit to queue」のプルダウンには定義した「bio」と「chem」が存在して、実行queueを選びます。
もし「bio」を選ぶと画面サイズが変更して、使用するノードの数、coreの数(ppn)、実行時間(walltime)が編集可能となる
2018y04m03d_043436860.png
*ここでqueue名も変更できてしまうのだが...
定義した値で宜しければ、そのまま「OK」ボタンを押下して、計算を開始させる。

ここで「Use queue?」で「No」を選ぶと Scipion を起動したマシンで計算が実施される


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Last-modified: 2018-04-12 (木) 13:00:14 (247d)