Scipionの中で使用可能なプラグインの一覧は「scipion installp --help」で表示される。
「--checkUpdates」を付けると新しいプラグインのチェックも行うみたい

[root@c7 scipion]# ./scipion installp --help
 :
 :
Example: ./scipion installp -p scipion-em-grigoriefflab 1.0.1 -p scipion-em-relion -p scipion-em-eman2
 
Available plugins: ([ ] not installed, [X] seems already installed)
 
scipion-em-appion            [ ]
scipion-em-atomstructutils            [ ]
scipion-em-atsas            [ ]
scipion-em-bamfordlab            [ ]
scipion-em-bionotes            [ ]
scipion-em-bsoft            [ ]
 scipion-em-ccp4            [ ]
scipion-em-chimera            [ ]
scipion-em-continuousflex            [ ]
scipion-em-cryoef            [ ]
scipion-em-cryomethods            [ ]
scipion-em-cryosparc2            [ ]
scipion-em-eman2            [ ]
scipion-em-empiar            [ ]
scipion-em-emxlib            [ ]
 scipion-em-esrf            [ ]
scipion-em-gautomatch            [ ]
 scipion-em-gctf            [ ]
scipion-em-grigoriefflab            [ ]
scipion-em-imagic            [ ]
scipion-em-ispyb            [ ]
scipion-em-localrec            [ ]
scipion-em-locscale            [ ]
scipion-em-motioncorr            [ ]
scipion-em-nysbc            [ ]
scipion-em-phenix            [ ]
scipion-em-powerfit            [ ]
scipion-em-relion            [ ]
scipion-em-resmap            [ ]
scipion-em-simple            [ ]
scipion-em-sphire            [ ]
scipion-em-spider            [ ]
scipion-em-topaz            [ ]
scipion-em-xmipp     19.4.3 [X]
[root@c7 scipion]#

既に前段で最低限必要な xmipp のプラグインを入れたので「scipion-em-xmipp」は有効になっている

scipion-em-relion

Scipionからrelionを使いたいのなら「./scipion installp -p scipion-em-relion」と実行してrelionを組み込む
すると https://github.com/scipion-em/scipion-em-relion のリリース版かな?が読み込まれ、scipion/configに既定したMPIライブラリを使って自動でrelionをコンパイルしてくれる。

[root@c7 scipion]# ./scipion installp -p scipion-em-relion
 
Scipion v2.0 (2019-04-23) Diocletian
 
>>>>> python  /apps/scipion/pyworkflow/install/install-plugin.py ./scipion installp -p scipion-em-relion
Building scipion-em-relion ...
/apps/scipion/software/bin/python /apps/scipion/software/lib/python2.7/site-packages/pip install scipion-em-relion==1.0.7
  :
Building relion-3.0 ...
wget -nv -c -O /apps/scipion/software/em/relion-3.0.tgz.part https://github.com/3dem/relion/archive/3.0.tar.gz
2019-12-30 13:13:34 URL:https://codeload.github.com/3dem/relion/tar.gz/3.0 [2147292] -> "/apps/scipion/software/em/relion-3.0.tgz.part" [1]
mv -v /apps/scipion/software/em/relion-3.0.tgz.part /apps/scipion/software/em/relion-3.0.tgz
‘/apps/scipion/software/em/relion-3.0.tgz.part’ -> ‘/apps/scipion/software/em/relion-3.0.tgz’
cd /apps/scipion/software/em
tar -xzf relion-3.0.tgz
cd /apps/scipion/software/em/relion-3.0
cmake -DGUI=OFF -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=./ .
 :
[root@c7 scipion]#

その後、確認のため「./scipion installp --help」を実行すると

[root@c7 scipion]# ./scipion installp --help
 :
scipion-em-powerfit            [ ]
scipion-em-relion      1.0.7 [X]
scipion-em-resmap            [ ]
 :
[root@c7 scipion]#

となる。またバイナリープログラムの方は「./scipion installb --help」を実行すると

[root@c7 scipion]# ./scipion installb --help
 :
                 relion       1.4 [ ]     1.4f [ ]      2.0 [ ]      2.1 [ ]      3.0 [X]
        xmippBin_Centos   3.19.04 [X]
 :
[root@c7 scipion]#

とrelion3.0のバイナリープログラムがインストールされたことが分かる。それ以外にも2.1とかも組み込めれるみたい。

scipion-em-eman2

https://github.com/scipion-em/scipion-em-eman2
次にeman2を入れてみる

[root@c7 scipion]# ./scipion installp -p scipion-em-eman2
 
Scipion v2.0 (2019-04-23) Diocletian
 
>>>>> python  /apps/scipion/pyworkflow/install/install-plugin.py ./scipion installp -p scipion-em-eman2
Building scipion-em-eman2 ...
/apps/scipion/software/bin/python /apps/scipion/software/lib/python2.7/site-packages/pip install scipion-em-eman2==1.0.5
 :
Building eman-2.3 ...
 :
mv -v /apps/scipion/software/em/eman2.3.linux64.tgz.part /apps/scipion/software/em/eman2.3.linux64.tgz
‘/apps/scipion/software/em/eman2.3.linux64.tgz.part’ -> ‘/apps/scipion/software/em/eman2.3.linux64.tgz’
cd /apps/scipion/software/em
tar -xzf eman2.3.linux64.tgz
cd /apps/scipion/software/em/eman2.3.linux64
/bin/bash ./eman2.3.linux64.sh -b -p "/apps/scipion/software/em/eman-2.3"
PREFIX=/apps/scipion/software/em/eman-2.3
 :
INSTALLATION IS NOW COMPLETE
 
Please, go to http://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN2/Install/BinaryInstallAnaconda
for detailed installation instructions, testing and troubleshooting information.
If this installation is on a Linux cluster,
you will require additional steps before installation is complete!
 
cat: /apps/scipion/software/em/eman-2.3/.messages.txt: No such file or directory
installation finished.
WARNING:
    You currently have a PYTHONPATH environment variable set. This may cause
    unexpected behavior when running the Python interpreter in EMAN2.
    For best results, please verify that your PYTHONPATH only points to
    directories of packages that are compatible with the Python interpreter
    in EMAN2: /apps/scipion/software/em/eman-2.3
  Skipping command: Link 'eman-2.3 -> eman2.3.linux64'
  All targets exist.
 :
[root@c7 scipion]#

ここでrelionとeman2がインストールされ、scipionの画面でも機能が同じようなのが列挙されるようになる
2019y12m30d_151655695.png

scipion-em-grigoriefflab(ctffind,summoviem,unblurなど) and scipion-em-gctf

プラグインは複数同時にインストール可能で下記のように「-p <プラグイン>」と繋げばいいみたい

[root@c7 scipion]# ./scipion installp -p scipion-em-grigoriefflab -p scipion-em-gctf

2019y12m30d_152508827.png

scipion-em-gautomatch and scipion-em-sphire

pickツールら
注意「scipion-em-sphire」はconda環境が必要です. Scipion#g0f35c2a参照

[root@c7 scipion]# export CONDA_ACTIVATION_CMD="source /apps/pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/etc/profile.d/conda.sh"
[root@c7 scipion]# ./scipion installp -p scipion-em-gautomatch -p scipion-em-sphire

「sphire - crylolo picking」「eman2 - boxer auto」「gautomatch - auto-picking」「relion - auto-picking LoG」とかが使えそう
2019y12m30d_170034317.png

Step 5: Cleaning up (Optional)

Package のインストール後に不要なファイルを削除します。

[root@c7 scipion]# rm -rf software/tmp/*
[root@c7 scipion]# rm -rf software/em/*.tgz

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Last-modified: 2019-12-30 (月) 17:02:56 (159d)