TORQUE/job script

#!/bin/sh
#PBS -q chem                 <-- 使用するqueue名
#PBS -l nodes=3:ppn=2        <-- そのqueueのリソースの中で使用するノードの数と１ノード当たりで使用するcoreの数
#PBS -j oe                   <-- 結果を標準出力、標準エラーともに出力する場合oe
#PBS -N sample jobs          <-- qstat 時に「Name」欄に表示される名称。ただし先頭から空白まで
 
# start time
/usr/bin/date '+%y%m%d %H%M%S'
SECONDS=0
 
$PBS_O_WORKDIR              <-- 計算を実施する場所に移って
export LD_LIBRARY_PATH=/Appl/relion/lib:/Appl/local/openmpi-1.10_gcc-4.8/lib    <-- 環境変数を定義
 
mpirun -np 4   .....        <-- 実際の計算内容
 
# end time
/usr/bin/date '+%y%m%d %H%M%S'
echo $SECONDS Seconds       <-- このスクリプトの処理に掛かった時間を示します
printf "%02d:%02d:%02d\n" $(($SECONDS/3600)) $((($SECONDS%3600)/60)) $(($SECONDS%60))  <-- 経過時間を「HH:MM:SS」で表記

#!/bin/sh
#PBS -q chem
#PBS -l nodes=3:ppn=2
#PBS -j oe
# start time
/usr/bin/date '+%y%m%d %H%M%S'
 
$PBS_O_WORKDIR
export LD_LIBRARY_PATH=/Appl/relion/lib:/Appl/local/openmpi-1.10_gcc-4.8/lib
 
mpirun -np 4   .....   $PBS_ARRAYID
 
# end time
/usr/bin/date '+%y%m%d %H%M%S'

#!/bin/sh
#PBS -q chem
#PBS -l nodes=3:ppn=2
#PBS -j oe
# start time
/usr/bin/date '+%y%m%d %H%M%S'
 
$PBS_O_WORKDIR
export LD_LIBRARY_PATH=/Appl/relion/lib:/Appl/local/openmpi-1.10_gcc-4.8/lib
 
mpirun -np 4   .....   ${IN}  ${OUT}
 
# end time
/usr/bin/date '+%y%m%d %H%M%S'