本家様 https://github.com/aniketkt/TomoTwin
本家様より
TomoTwin is a simple digital twin for synchrotron tomography that provides an API to generate realistic grayscale
tomography datasets from ground-truth (labeled) volumes as training data for denoising and segmentation models.
The grayscale data mimics imaging artifacts such as noise and in-line phase contrast with a dependence on the instrument
parameters such as detector configuration and beam energy.
とある.
以下DeepL様翻訳(https://www.deepl.com/ja/translator)
TomoTwinは放射光トモグラフィーのためのシンプルなデジタルツインで、ノイズ除去およびセグメンテーションモデルの
トレーニングデータとして、グラウンドトゥルース（ラベル付き）ボリュームからリアルな
グレースケールトモグラフィーデータセットを生成するためのAPIを提供します。
グレースケール・データは、ノイズやインライン位相コントラストなどの画像アーチファクトを模倣し、
検出器構成やビームエネルギーなどの装置パラメータに依存しています。
インストール †
gitで提供されていて、そこに「install.sh」ファイルがある. 中身は
conda create --name tomoenv python=3.7
conda activate tomoenv
conda install -c conda-forge tomopy
pip install .
とあるのでtopazやcrYOLOのように pyenv/anaconda3(or miniconda3) で作ったconda環境で作ればいいみたい
(pyenv/anaconda3環境が用意されていないなら)
git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
pyenv install anaconda3-2022.10
pyenv global anaconda3-2022.10
export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-2022.10/bin/:$PATH
(既にpyenv/anaconda3環境があるなら)
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-2022.10/bin/:$PATH
と環境を整えて
[root@centos7 ~]# cat /etc/redhat-release
CentOS Linux release 7.9.2009 (Core)
[root@centos7 ~]# cd /apps
[root@centos7 apps]# git clone https://github.com/aniketkt/TomoTwin
[root@centos7 apps]# cd TomoTwin
[root@centos7 TomoTwin]# conda create --name tomoenv python=3.7 -y
[root@centos7 TomoTwin]# source activate tomoenv
(tomoenv) [root@centos7 TomoTwin]#
(tomoenv) [root@centos7 TomoTwin]# conda install -c conda-forge tomopy
(tomoenv) [root@centos7 TomoTwin]# which pip
/apps/pyenv/versions/anaconda3-2022.10/envs/tomoenv/bin/pip
(tomoenv) [root@centos7 TomoTwin]# pip install .
(tomoenv) [root@centos7 TomoTwin]# conda deactivate
[root@centos7 TomoTwin]#
[root@centos7 TomoTwin]# chmod +x tomo_twin/gt_generators.py
[root@centos7 TomoTwin]# chmod +x tomo_twin/recon.py
CentOS7でのpyenv/anaconda3環境はちょいとAnacondaのようにconda,conda-envを修正しないとsource activateで出来ないみたい
memo †
なんかこんな感じがするが、、
| --- TomoTwin/tomo_twin/pg_filter.py.orig 2023-02-09 02:01:28.332859533 +0900
+++ TomoTwin/tomo_twin/pg_filter.py 2023-02-09 02:01:34.676913143 +0900
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python2
+#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-
"""
This code is adapted from Tomopy's phase-retrieval module. The code inverts the Paganin filter to synthesize phase-contrast with a high-pass filter.
|
EnvironmentModules †
[root@centos7 ~]# vi /apps/modulefiles/TomoTwin
#%Module
set root /apps/pyenv/versions/anaconda3-2022.10/envs/tomoenv
prepend-path PATH $root/bin:/apps/TomoTwin/tomo_twin
[root@centos7 ~]#
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