本家様http://sphire.mpg.de/wiki/doku.php?id=downloads:transphire_1
GitHubhttps://github.com/MPI-Dortmund/transphire

「Cryo-EM on the fly processing pipeline.」とある。

電顕で撮影しながら裏で処理を回して、撮影が終わったころには次の次なステップへ進めれる状態にするものの一つ
Relion/relion_it.pyと同様かな。
Leginon Gwatch Focus siloも同等かな

下準備

https://github.com/MPI-Dortmund/transphire/wiki/Installationによれば、

らが必要のようである。
またpython3.6実行環境が必要なようで、ここではcrYOLOを構築する際に作り上げた pyenv 環境を利用します

インストール

pyenv環境を利用できるようにして、

[root@c ~]# export PYENV_ROOT=/Appl/pyenv
[root@c ~]# export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
[root@c ~]# eval "$(pyenv init -)"
[root@c ~]# export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-5.3.1/bin/:$PATH

「TranSPHIRE」環境を作ります

[root@c ~]# conda create -n transphire python=3.6 pyqt=5
 
(crYOLOの時は下記を使ってました)
[root@c ~]# conda create -n cryolo -c anaconda python=3.6 pyqt=5 cudnn=7.1.2
 
 
[root@c ~]# conda env list
# conda environments:
#
                         /Appl/eman2.3
base                  *  /Appl/pyenv/versions/anaconda3-5.3.1
cryolo                   /Appl/pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/envs/cryolo
transphire               /Appl/pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/envs/transphire
[root@c ~]#
 
[root@c  ~]# source activate transphire
(transphire) [root@c  ~]# pip install transphire
Collecting transphire
  Downloading ....
 :
 :
Building wheels for collected packages: telepot, idna-ssl
  Building wheel for telepot (setup.py) ... done
  Stored in directory: /root/.cache/pip/wheels/65/17/50/983034e27e6b5d8dfc497a51b5b13d970d8018a83f47e6513a
  Building wheel for idna-ssl (setup.py) ... done
  Stored in directory: /root/.cache/pip/wheels/d3/00/b3/32d613e19e08a739751dd6bf998cfed277728f8b2127ad4eb7
Successfully built telepot idna-ssl
Installing collected packages: pillow, numpy, imageio, urllib3, idna, idna-ssl, multidict, yarl, (略
Successfully installed aiohttp-3.5.4 async-timeout-3.0.1 attrs-19.1.0 chardet-3.0.4 cycler-0.10.0 (略
 
(transphire) [root@c  ~]#

使ってみる

一般ユーザで起動するには

[saber@c ~]$ export PYENV_ROOT=/Appl/pyenv
[saber@c ~]$ export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
[saber@c ~]$ eval "$(pyenv init - --no-rehash)"
[saber@c ~]$ export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-5.3.1/bin/:$PATH
 
[saber@c ~]$ source activate transphire
(transphire) [saber@c ~]$

と環境に移行してからプログラムを実行します

(transphire) [saber@c ~]$ transphire --edit_settings
 
あるいは
(transphire) [saber@c ~]$ transphire

として、まず

  • 連携アプリの設定
    2019y06m25d_003932145.png
  • TranSPHIREの設定
    2019y06m25d_003948407.png

を行います。その設定が終わると
2019y06m25d_010647393.png
な画面が表示される。

使い方はこちらを参照かな
https://github.com/MPI-Dortmund/transphire/wiki/run-transphire


トップ   編集 添付 複製 名前変更     ヘルプ   最終更新のRSS
Last-modified: 2019-06-25 (火) 02:13:42 (59d)