boltztools

This repository provides tools that enable users to add custom molecules to the CCD. This allows the user to specify atom names and leaving atom flags. Leaving atom flags are not supported for pdb inputs.
 
このリポジトリは、ユーザーがCCDにカスタム分子を追加するためのツールを提供します。これにより、ユーザーは原子名と離脱原子フラグを指定できます。ただし、離脱原子フラグはpdb入力ではサポートされていません。

Boltz 2 tokenizes residues at the residue level. This means Boltz 2 does not know about intramolecular bonds. 
As a result Boltz 2 relies on accurate atom naming of residues to infer bonding. 
This means any modified residue must conform to the atom naming of the base residue in the ccd. 
It also likely restricts the complexity of modified residues. 
Boltz 1 does not appear to have this limitation.
 
Boltz 2は残基レベルで残基をトークン化します。これはBoltz 2が分子内結合を認識しないことを意味します。
結果としてBoltz 2は結合を推測するために残基の正確な原子命名に依存します。これは、修飾された残基はすべてccd内の基本残基の原子命名に準拠しなければならないことを意味します。
また、修飾された残基の複雑さを制限する可能性もあります。
Boltz 1にはこの制限は存在しないようです。

numpy==1.23.5
pycifrw==5.0.1
rdkit==2024.3.6

[root@rockylinux9 ~]# source /apps/pyenv/versions/miniforge3-25.3.1-0/etc/profile.d/conda.sh
 
[root@rockylinux9 ~]# conda create -n boltztools numpy==1.23.5  rdkit==2024.3.6 python -c conda-forge
 
[root@rockylinux9 ~]# conda activate boltztools
 
(boltztools) [root@rockylinux9 ~]# pip install pycifrw==5.0.1
 
(boltztools) [root@rockylinux9 ~]# conda list |less
 :
numpy                     1.23.5          py311h7d28db0_0    conda-forge
 :
pycairo                   1.28.0          py311hc1a9592_1    conda-forge
pycifrw                   5.0.1                    pypi_0    pypi
pyparsing                 3.2.3              pyhe01879c_2    conda-forge
python                    3.11.13         h9e4cc4f_0_cpython    conda-forge
 :
rdkit                     2024.03.6       py311h75c149a_1    conda-forge
 :
setuptools                80.9.0             pyhff2d567_0    conda-forge
 :
 
(boltztools) [root@rockylinux9 ~]# cd /apps/
(boltztools) [root@rockylinux9 apps]#
(boltztools) [root@rockylinux9 apps]# git clone https://github.com/jacktday/boltztools

#%Module
set          apps /apps/boltztools
set          root /apps/pyenv/versions/miniforge3-25.3.1-0/envs/boltztools
prepend-path PATH $root/bin:$apps