本家様 http://www.ccp4.ac.uk/
過去記事xray/ccp4/640
ccp4/cloud

ccp4-8.0

shelx、arpwarp入りのエディション. arpwarpが入るのでこの場合取得時にライセンス登録が必要です.
ファイル名は「ccp4-8.0.001-shelx-arpwarp-linux64.tar.gz」でサイズは 2.6GB
展開した場所がインストール先となる. 展開後に同封の「BINARY.setup」を実行します.

[root@c ~]# cd /apps/
[root@c apps]# tar xf ./src/ccp4-8.0.001-shelx-arpwarp-linux64.tar.gz
[root@c apps]# cd ccp4-8.0/
 
[root@c ccp4-8.0]# ./BINARY.setup
Setting up paths...
10:55:52 Running auto-configure for configure
Creating new directory /apps/ccp4-8.0/share/ccp4i/etc/unix
Creating new configure parameters file /apps/ccp4-8.0/share/ccp4i/etc/unix/configure.def
Compiling py-files
 :
----- Start ARP/wARP installation (arp_warp_8.0) -----
Your login shell is: /bin/bash
tcsh located in /bin/tcsh will be used
 :
----- End of ARP/wARP installation -----
 
 
         Before running CCP4 programs from command line,
         source bin/ccp4.setup-sh
         (or bin/ccp4.setup-csh if you use csh).
 
[root@c ccp4-8.0]#

その後は、「source /apps/ccp4-8.0/bin/ccp4.setup-sh」で環境変数をロードさせ「ccp4um」コマンドでccp4を最新にします.
以上でインストールは完了.

各ユーザにはbash/tcsh系毎にsourceが用意されているのでそれを読んでから使います.

source /apps/ccp4-8.0/bin/ccp4.setup-sh
あるいは
source /apps/ccp4-8.0/bin/ccp4.setup-csh

Enviornment-moduleを使うならEnvironmentModules/sampleを参照

ccp4-7.1

パッケージを本家様から取得する

[root@c ~]# cd /apps/
[root@c apps]# tar xf src/ccp4-7.1.001-shelx-arpwarp-linux64.tar.gz && cd ccp4-7.1/
 
[root@c ccp4-7.1]# ./BINARY.setup
conditions.txt: No such file or directory
 
Do you accept the terms of the license? y/n [n] y
Setting up paths...
19:01:22 Running auto-configure for configure
Creating new directory /apps/ccp4-7.1/share/ccp4i/etc/unix
Creating new configure parameters file /apps/ccp4-7.1/share/ccp4i/etc/unix/configure.def
Compiling py-files
Completing cctbx dispatcher install
Generating molprobity rotamer cache
Processing data files in "/apps/ccp4-7.1/lib/py2/site-packages/chem_data/rotarama_data":
 :
 :
Testing libraries
libfontconfig.so.1
libcrypt.so.1
libGLU.so.1
 
         Before running CCP4 programs from command line,
         source bin/ccp4.setup-sh
         (or bin/ccp4.setup-csh if you use csh).
 
[root@c ccp4-7.1]#

rockylinux9.2のSingularityでccp4

[illya@slurm ~]$ vi ccp4.def
BootStrap: docker
From: rockylinux:9.2
 
%post
  dnf install libX11 -y
  cd /usr/local
  curl -O http://c/em/ccp4-8.0.015-linux64.tar.gz
  tar xf ccp4-8.0.015-linux64.tar.gz
  cd ./ccp4-8.0/
  ./BINARY.setup --run-from-script
  cd ..
  rm -rf ccp4-8.0.015-linux64.tar.gz
 
%environment
  source /usr/local/ccp4-8.0/bin/ccp4.setup-sh
 
[illya@slurm ~]$
[illya@slurm ~]$ singularity build --fakeroot ccp4.sif ccp4.def
 
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Last-modified: 2023-11-27 (月) 01:00:28