chaperone

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国語の学が弱い若輩故、文書きに長けておりませぬ故、深く恐縮申し上げます。

気が向くままに描いた記事たち。小さく隅に置かれる記事でございますが、いつかは完成させたく存じます。

東京五輪、招致成功に万歳。

研究活動を促進するIT支援な仕事がしたいです、しかも現場で、、ってどなたか.....
問い合わせ先：info_at_sysosa.jp *_at_を＠にして下さい

• H29(2017).08.21
  webから起動指示して、特定の場所を監視。mrcs/tifを感知してMotionCor2を実行する一通テストが完了
  あとはGain/Defectファイルの取り回しとrelionIFへの橋渡し(偽装)かな.
• H29(2017).08.20
  Torqueのジョブ制御コントローラーに maui を使っているのだが、これがどうやらGPUには未対応
  Torque提供の torque-scheduler は対応なのだが、、neednodesを使えない....
• H29(2017).08.17
  webからinotifyを起動させ、キャッチしたファイルに特定処理を掛ける基本的な仕組みがようやく完成かな...
  dhtmlx,ssoでkerberos認証,sudoでapacheからユーザへ...結構な作業量なんだけど、あとrelionとの連携か...
  BeeGFSが本家で紹介されていた.
• H29(2017).08.15
  webアプリからsystemプロセスを投下させ、webアプリを閉じてもそのプロセスは稼動させるとする。
  ajaxで非同期プロセスを exec("initify args >/dev/null &"); とかで投げればいいのかな？
  プロセスの所有者はapacheになるのだが、sudoを噛まして別ユーザに成りすましを行うか...
  PrivateTmp....
• H29(2017).08.14
  OpenSerialEMをVisualStudioCommunity2015でコンパイルしたらエラーが発生. コードに依存するもので
  多少の手直しは出来たけど、、無理っぽい. まあVisualStudioCommunity2013でコンパイルできるからいいか.
  でも同じ問題があるはずなのにversionによって違うとは...
• H29(2017).08.11
  dhtmlxから「Pivot」がリリースされた
  webブラウザ内でデータが簡単に「Pivot」できて、多様な見方を瞬時に表示できていた. 当然エンジンはJavaScript.
• H29(2017).08.09
  とあるwindowsアプリをソースからコンパイル中. MFCが必要と言われ途方に暮れたが、Visual Studio Communityなら
  無償で使えるそうな. っが、もともとvs2010なprojectを移行できるのか？
• H29(2017).08.07
  samba-4.7.0rc3を試そうとコンパイル. CentOS7ではMIT Kerberosの要求バージョン(1.15.1)に叶わず
  krb5を別途インストールする必要がある. ubuntuは1.15.1に対応済み.
  sambaのバックアップからリストアを行ってみた. sysvolの権限周りとdnsupdateに注意すれば大丈夫みたい.
• H29(2017).08.06
  Ansibleを使ってみた. 結構便利. kickstartで大枠を作って、細かい作業と運用途中で
  生じた変更をこのAnsibleで対応させればいいのかな.
• H29(2017).08.04
  httpsにしてみたcertbot. urlの書き換えはapache httpdのRewriteEngineにお願いした.
  GCCさんの4.9はAVX512Fに対応済みのようで「-mavx512f」で行けるそうな.
  現行でもAVX2向けとかに最適化すべきなのか...
• H29(2017).08.03
  disklessクラスタを検討している. 簡易に作れそうではあるがinfiniband/10g/1gとマシン系、
  ストレージ系、メンテ系とか考える必要はありそう. chefを使った方がいい場面もありそう.
• H29(2017).08.01
  dnsmasq、DNSとDHCPの両方の機能を持つデーモン. /etc/hostsをDNSレコードと看做して管理運用可能.
  非常に魅力的なのだがsambaのDNSで運用しているので使っていない..
• H29(2017).07.31
  テキスト処理において、共通部分の抽出と、その共通部分を剥ぎ取った部分が欲しい.
  diff, commコマンドで共通部分は取れて、共通部分と対象のdiffで対象のオリジナル部分を得る.
  これでいいのかなと思うのだが、、、上手くいかない.. WinMerge + cscript で対処検討中
• H29(2017).07.26
  uefiとかgrub2を調べたのですが、難しい...不具合時の対処に必要かと勉強したのだが....
  relionがupdateした. こちらの改修とまじぇまじぇするためにatlassianのsource treeを使っている.
  まぁーlinuxのgitで行うべきなのかもしれないけど
• H29(2017).07.24
  Linuxのシステムディスクをsoftware raidで造ってみた. 仮想マシンで検証して試せたが、実機でも
  試すべき内容かな. 何事にも用途に応じた相応しい提案を行いたいものだ. software raidもその一つ.
• H29(2017).07.23
  Azureに参加. Cognitive Servicesを利用するため.
  site指定とかドキュメントタイプの指定とか無理なのかな...Google Custom Search APIの方がよさげ？
• H29(2017).07.21
  software raidなシステムディスクってありなのだろうか？ふと思った
• H29(2017).07.20
  LinuxのHDD障害でOSを入れ代えたら外部との通信ができなくなった..
  原因は２つのnicをHUB側でLACPとして繋げていたから. 別のポートに差し替えて通信可能になった.
• H29(2017).07.19
  windows環境でVirtualGLの稼働環境を作ってみた. cygwinで作るのが比較的簡単かな.
  「Bash on Ubuntu on Windows」でMIT-SHM extensionなXサーバが出たら嬉しいな.
• H29(2017).07.18
  VirtualGLを試したが、確かに早くなった気がする.macOSはxquartz経由(VGL Transport使用)でok.
  windows環境はちょいと面倒かなぁ...
• H29(2017).07.16
  relion-2.1-beta0を使って2台で4GPU、１台で4GPUの比較を行ってみた. 結果は大した差はなし.
  2:07:05(2node,2GPU/node,5MPI[4threads/MPI],10Gbe),2:07:59(1node,4GPU/node,5MPI[4threads/MPI]).
  ちなみに2GPUで計算なら3:07:59と3:10:11ほど(1node,2GPU/node,3MPI[4threads/MPI]).
• H29(2017).07.12
  ふとしたことでwindowsXP32bitを仮想で構築. windowsUpdateが今も提供されていることに驚く.
  relion-2.1-beta-0のupdateが出た. gitでpull,mergeして make; make installかな. このrelionをKNIMEに入れたい..
• H29(2017).07.11
  NaiveBayesを勉強中...トレーニングを終えた分類器を多数の文書に当てて該当か否かを判断するには
  多数のcoreと多数の個別diskが必要なのねと理解した.
• H29(2017).07.09
  ssoについて検討中. あとテキストマイニングも...ハードル高ぃ..
  問い合わせのページにCAPTCHAとか入れようかと思案したが、、面倒なのでメールアドレスだけ設置した.
• H29(2017).07.07
  sshでどんどん渡り歩く(server -> n1 -> n2 -> n3 -> n4)方法[ssoで]だが、ようやく分かった
  .ssh/configで「GSSAPIDelegateCredentials yes」を有効にすればいけた...OpenAMを入れればって
  思ったのだが、小手先の問題だった模様...OpenAM、、OpenLDAPと絡めてsamba-adでの利用を検討する
• H29(2017).07.06
  samba-4.7.0-rc1が出た. samba-adでMIT Kerberosを使えるようになった模様. これで何が齎されるのかは？
  rcが明けたら導入かな
• H29(2017).07.05
  今日も暑い....
• H29(2017).07.04
  暑い....
• H29(2017).07.03
  自宅マシンへのVPNを作ってみた. 自宅LAN内の中で作ったsa証明書、TLS証明書、クライアント証明書が
  漏れない限りセキュリティーについては大丈夫かと思っている.
  一応完成したが、ssh/PortForwardSSHでリモートディスクトップを呼べるので、これは必要か？
  とも思う. まぁ、用途次第なのだろうけど.
  この気温の変化に着いていけない...
• H29(2017).07.02
  ノートPCを購入した. 早速VMwareWorkstationを入れてLinuxらを構築.
  外出先からテザリング経由で自宅へVPN接続でないかと画策中
  そろそろOpenAMを導入してみるか..
• H29(2017).06.30
  multi-pageのtiffのトリミングだけど、結局ImageMagickのconvertで簡単に行けた.
  同じくImageMagickの「identify -verbose」で詳細が分かる.
• H29(2017).06.29
  multi-pageなtiffイメージをトリミング...pythonで作ってみたけど...
• H29(2017).06.28
  朝から調子が悪く予定を幾つかキャンセル. relion-2.1-beta-0に修正が出ている.
  gitのbranchを駆使したこちらの修正部分とのマージ方法を書き記したい. 寝そべりながらできる事を幾つか.
• H29(2017).06.26
  ownCloud-10.0.2を作ってみたが、OS付属のphpらが対応せず余計な手間が発生した
  sclを使えば新しいバージョンを使えるのだが、既存コンテンツディレクトリの調整が面倒になる
  dockerで回避するのもあるが、専用のdocker imageを作る羽目になりそうで、なら仮想で十分かなと...
  CentOS7にdockerでCentOS6を組み込み、そこでruby-helixを調理する。っでそのdocker imageを配布...ありかな...
• H29(2017).06.18
  あれやこれやで、４月から２ヵ月半が過ぎた。当初構造式検索部分を充実させたいと思っていたのだが...
  そろそろメール送信画面を作ってみたい. その際「私はロボットではありません」チェックとかCAPTCHAとかを使いたい
• H29(2017).06.15
  MacOS向けのジョブコントロールアプリって商用しかないのかな.
  relion、sphireをMacOSのローカルで動かして、qsubでジョブ投入できたら嬉しいのだが..
• H29(2017).06.14
  mastodonの記事を書いた. 改めて記事に仕立て直すと不明瞭な部分がはっきりする.
• H29(2017).06.10
  6TB HDDの1.6TB認識はどうやらSATA-USB変換がUSB2.0だったためみたい。SATA-USB3.0変換なら大丈夫みたい
• H29(2017).06.05
  FileMakerProAdvにて配布可能なruntimeを作ったのだが、その実行にはMicrosoftVisualC++2015再頒布可能
  パッケージが必要で、検索してlinkを辿ると
  「We're sorry, this download is no longer available.」といわれる。
  結局、https://www.microsoft.com/ja-jp/download/details.aspx?id=52685から得られたが、
  再配置して欲しいものだ
• H29(2017).05.30
  ひさびさにFileMakerPROを触っている。バージョンは13。FileMakerのサイトにも記載されているが
  やっぱり開発は容易で、カスタマイズにも優れている。要件次第ではやっぱりこっちが楽かな
  dhtmlxを駆使して左にツリー、右にタブでGrid・Panelなんて芸当はFMには厳しいかな..
  けどAdv版だとキオスクモードが作れて配布が可能。これを試したくて保持してます
• H29(2017).05.24
  NASからエラーがでて交換した6TB HDDがある。これをセクター修理とかで再利用を思いついた
  っで、とりあえずUSB接続でLinuxに繋げたら1.6TBと認識...windowsにも繋げても1.6TBと認識...
  型番はwd60ezrx。調べたらfaqのようでwdからファームウエアの更新方法が掲示されている
  ただしwindowsから修正は32bitOSが要求され、Linuxでは別途bootイメージの作成を要求される...
• H29(2017).05.23
  Let's Encrypt様から証明書を頂き、Mastodonを稼動させるべく調査を進めている
  VirtualHostを駆使して mastodon.chaperone.jp なるサイトを作ろうかしら。用途は...微妙
  内部で使えて、しかも外部からも使えるようにするには「ProxyPass/ProxyPassReverse」の世界かと思うが
  組織の情報システム部が許可するかしないかに掛かるかと思われる
• H29(2017).05.21
  Mastodonがようやく動いた。
• H29(2017).05.20
  古いiPad2のsafariからo365を使ってみたが、、重いね
  簡単なテキストを書き留めるくらいなら十分なのだが、アプリとかＯＳとかどんどん鈍重になるのは残念
  CentOS6と7でlibudev.soが異なり、openmpi-2.xが共存できない...
• H29(2017).05.18
  ここで使っているwiki。pukiwikiであるが、utf8版とeuc版がある。ここではeuc版を使っているのだが
  先日utf8への変換を試みた。記事自体は問題なく移せたのだが、画像が移らない...不備はないのだが、
  OSのLANGと合わせておきたいものである
  化合物の構造式検索、そろそろ機能追加を行う予定。在庫確認とアッセイデータを載せれるようにしたい
• H29(2017).05.17
  CentOS7はRHEL7のクローンで標準で搭載されているアプリケーションは古いものが多い。
  そのため新しいサービスを提供しようにも、古いパッケージが足かせになることがある。
  ownCloudが例で、php-5.6が最低必要なのだが、標準提供はphp-5.4。なので別途対策が必要。
  phpにてphp-5.6の適用方法を掲載したが、OSを別のにしたほうがいいのではとも思う
• H29(2017).05.11
  windowsPCのGUI画面からLinuxコマンドを実行する。出来るだけ簡便に簡素に描く
  GUIはPowerShellで、Linuxへの橋渡しはssoなputty.exeで　と。要素の予備検討は完了で仮組みへ
  GPOでログイン、ログアウトが定義できるみたい。装置の使用時間が求められそう
• H29(2017).05.07
  事業用の名詞を作った。取得ライセンスを書こうにも無い事に絶句...無免許では無理だよなぁ
  dhtmlx/schedulerまぁカレンダーである。結構いい。施設予約、行動予定表にも使えるかと
  あとo365と連携できそうな気がする。o365の予定表のデータをこのカレンダーで表示/追加/更新とか
• H29(2017).05.06
  Office 365 Business Essentialsに加入してみた。adsl回線だけどoffice onlineの稼動に支障ない
  保有ドメインの一つをo365に移して、レジストラのdns設定画面を調整してメールも受信可能に
  自宅鯖でメール受信/送信もできたけど、迷惑/ウイルスメールの対処を考えるとo365に任せるのが楽かな
• H29(2017).05.05
  phpからMariaDB(10.2.4)を使おうとしたら、phpのmysqlモジュールのバージョン(5.4.16)がMariaDBと一致してなかった
  phpをソースからリコンパイルすれば回避可能なのだが、MariaDB(10.2.4)を辞め、OS提供のmariadb(5.5.52)に変更
• 170503
  CentOS7配布のopenmpiで
  「The /dev/hfi1_0 device failed to appear after 15.0 seconds: Connection timed out」なるエラーが発生する
  CentOS7.4で修正するようだが、自前でコンパイルした方がよさげ
• 170430
  macにtorqueを載せ、macで動くrelionから直接qsubを実行させようとしたが無理でした
  他のジョブスケジューラを検討する必要あり
• 170427
  cryoSPARCを新規のマシンにインストールしたらcuda-7.5のライブラリが必要と言われた
  どうやらpycudaがcuda7.5のライブラリを必要としているのが原因みたい
• 170424
  fioを使ってdiskの速度を出しているのだが、オプションの「--direct=1」は(OS関与な)キャッシュなしに
  デバイスを計測する。デバイス本体のみの生な速度計測には宜しいかと。その場合、O_DIRECTを経由する。
  だがzfsはこのO_DIRECTがサポートされてなく、「--direct=1」では計測できないみたい。
• 170420
  LizardFSを勉強中。基本GlusterFSっぽいが、metadataを使用するのがGlusterFSとの違いっぽい。
• 170412
  結局ipmiの板は返却不要で返金頂いた。っが、使い道のないボードを貰っても仕方ないのだが...
  本日、日本の販売店からipmiのボードを購入。米国密林でも購入できるのかな
• 170410
  intel nucのsamba smb共有が遅いのは変わらないが、ftp経由でデータ転送をしたら 約880Mbps な速度であった
  その間、intel nuc側のcpu負荷は99%。やっぱりsambaの設定に問題があるような...
• 170409
  cactiでgpuカードの状況(温度、Hz、watt)を表示させようとしている。っがcacti-0.8よりcacti-1.0って柔軟性が高まった分、
  結構ややこしい。。グラフ化に成功しているが、cactiの５分に一度のデータ採取だとちょいと微妙かな
• 170406
  GSSAPIDelegateCredentialsが上手く働かない。。win->A->Bとsamba adに参加させたこれらで
  windowsからAへのssoはokなのだが、A->Bへのssoが駄目。。winbindでなきゃ駄目なのかな。。
• 170404
  GPUのwatt,Hz,tempをcactiに載せるべく調査中。snmpd経由でスクリプトを実行させるか、rsh/ssh経由で得るか..
  前者の場合、計算ノード単位でスクリプトを用意するので自由度が高いがメンテナンスが大変。
  後者はrsh/ssh実行ユーザを用意する必要がある。
• 170403
  cactiの1.0.4を試している。データ取得種別(local linuxとnet-snmp)を選べて、既定でdiskのioが取れるテンプレートが
  入っていた。既定で温度とかfan回転数らも入ってればかなりいいと思う。snmpでGPUの温度、Hz、Wが取れれるのかな？
  まぁnvidia-smiでcsvを作り、それを読み込みscriptをcactiに組み込めば行けそうだが、rsh/ssh系の扱いが微妙かな
• 170331
  Excelの共同編集機能って、、「Excel Online」からの利用を想定すれば、「これでいいよね」って事案が多そう
• 170330
  プリンターを購入予定。sambaでプリントサーバを仕立てwindows/MacOSX/Linuxらから印刷できればいいのだが
• 170329
  メールサーバを調整中　今後スパムメールとの格闘が続くのだろうか。。
  ipmiの板の件　結局相手側がミスを認めた。使えない....
• 170327
  長年携わった仕事が終わった。感無量。関係者に深く感謝申し上げます。
• 170325
  ipmiの板のはずが、なぜかipmiが入っていない板が届いた..型番も商品説明欄と違う型番になっていた..
• 170322
  relion-workshopに参加。実際の処理の流れを体験できたのは非常にありがたかった。主催者様に深く感謝。
  頂いたテキストを元に自宅で再度訓練。フォルダ構成/仕様を確認してrelion以外との連携を模索してみたい
• 170321
  自宅サーバを安定的に運用する術を検討せねば。。。
  やっぱりミラーサイトのhttp://chaperone.sakura.ne.jp/w/をメインにしたほうがいいのか悩む
  BeersCriteriaなるものがあるのだが、高齢者への処方薬として好ましくないお薬、原疾患に対して好ましくない処方を
  文献とかで裏付けしたリストがある。YJコードとかに簡単に連携できると思うのだが見つからない
• 170314
  最新のrelionがリリースされた。早速コンパイルしたら relion-2.0.5 と表記された。2.0.4ではないの？
  sambaも4.6がリリース。こちらは複数DC運用なのだが、upgradeの方法はどうすればと悩む。
  fsmoのマスターで始めるのか、fsmo以外でupして、移してなのか、、よく分からない。
• 170311
  合掌
• 170305
  macOSにTorque clientをインストールすべく下調べ中。っが、openssl-develが必要といわれる。
  Homebrewのbrew installでインストール可能なのだが、CommandLineToolsに入ってないのかな？
• 170304
  ipmiの勉強のため中古の板を購入。web経由以外にコマンドラインでの操作を検討するため
• 170228
  Office 365 Business Essentialsを契約しようかと思案中。。。
  メールもオンラインストレージも自前で作れるけど、データ保全を考えると検討に値する。
• 170226
  windows,mac,linuxの三者アカウント統合はadでほぼいけそう。ファイル共有に関してはlinuxを中心に
  windows向けにはsambaでsmb、mac向けにはsambaかnetatalkで、linuxにはnfsとなるのだが、、
  ファイル共有の中心って何が最適なのかな？って思う。bsd?solaris?,,windows?
• 170220
  veertuで作った仮想マシンのネットワーク部分の調整が完了。「Bridge」の設定方法次第でした。
  これでveertuで複数の仮想マシンを用意して、外部へのサービスもできるっぽい。
  試行錯誤の途中でrootlessをdisableにしているが、既定のenableでもＯＫなのかは不明
• 170219
  veertuを試しているが、作った仮想マシンが外部から接続できない。rootlessの影響なのか調査中
• 170216
  アプリ提供なNFSディスクの負荷が高い。クライアント側にcachefilesdを入れてみた。
• 170215
  Focusを作ってみた。CentOS6の標準コンパイラでは無理で、GCC-4.7以降ならＯＫみたい。
• 170213
  cryoSPARCを作ってみた。っが操作方法は分からぬ。サンプルデータが用意されているようなのでそれで勉強かな。
  GPUマシンだからRelionも走らせたいが、cryoSPARCをTorque配下で制御できないのか思案中...無理っぽいけど
• 170212
  sambaで複数DCを試している。以前はできていたのだがsamba-4.5からだろうかFSMOの移動の際にエラーが生じる
• 170211
  NVMeなデバイスにCentOS7を入れることになった。っが、なぜかデバイスエラーが続発した。
  結局xfsではなくext4にしたらエラーは収まった。単に使用したMBとかに起因する問題なのかもしれないけど
• 170206
  relionのMacOS版を作ってみた。ジョブを投入したり、画像を見たりするクライアント的な使い方が主になるのかな
  その場合、TorqueにMacOSマシンをジョブ投入可能サイトとして登録する必要がある
  追加でMacOS標準のコンパイラGCC(clang)でも作ってみた。Relion/MacOSX/clang
• 170205
  btrfsの透過的圧縮をテストしたが、圧縮率はいいものの当然ながら処理能力が求められる。
  RAID構成のmetadata,dataの意味が分からん。qemuの下地はできたので2nd-samba-adを再度検証したい...
• 170202
  ldapを中心にアカウント管理をされている現場を見た。こちらのldap関連コンテンツを更新したいのだが、、、
  qemu経由だけど新規にマシンを立てて、2nd-samba-ad/btrfs/snapper/「以前のバージョン」らの更新を行いたい...
  とあるサイトのFX100でrelion-2.0.3のベンチが試せそう...って言ってもGPU2枚あれば...まぁ最適化されてますしね
• 170131
  qemu/libvirtを久々に。CentOS7のNetworkManagerが面倒過ぎる..NetworkManagerを停止して Bridge を作った
  /dev/kvmのグループにlibvirtdのデーモン稼動ユーザをつけるのを忘れてた...
• 170130
  relion-2.0.3がリリースされた。場所はgithub。今までのbitbucketはanonymousでは入れないみたい。
• 170129
  ベイジアンモデルをpythonで作ることになった。式は提供されていたのでコードに直すだけの作業
  pythonのnumpyで行列を初めて扱った。この分野には深入りしたくないあぁ....
• 170126
  sssdのkeytabの期限切れ問題がようやく解決。メンバーサ側のsmb.confの記述漏れが原因だったようだ
  beegfsがsamba対応のようなのだが、beegfs -- nfs --> sambaサーバ --> windows な流れそうな
  nfsサーバ -- nfs --> sambaサーバ ---> windowsクライアントで遅延問題を見たので不安....
• 170122
  済ませなきゃいけないタスクが多くなっている。週末に。休んだ気がしないっとまでは言わんが...
  ipmiが載ったボードが欲しくなった
• 170119
  keytabの期限切れが再発。その対処療法は分かっているが、根本治療が分からない。
  ドメイン参加メンバサーバのランダムパスワード有効期限が更新されないのが原因のようで、
  根本治療らしきを施しても再発する...sssdの文書とにらめっこかな...
• 170115
  Accessで縦並びを横にカンマ(,)で繋げたいと思った。そしたらSQLServerExpressを入れていた...
  SQLServerのFOR XML PATHで実現できたのだが、、AccessVBAでもできたのかな？って思う
• 170114
  寒い。pbsproとかbeegfsとか試してみたいが余裕がない..
  nfsの遅延はcore(HT)の数とnfsdの数のバランスだったみたい。同じ数にしたら遅延が改善された
• 170102
  久々にpt2。pt2を載せたLinuxを母体としてwindowsPCでストリーミング視聴ができた。っがほんと見るものがない...
  年末にnvmeをシステム領域としたCentOS7を組み上げたら/boot/efi/EFI配下がroになっていた..
• 170101
  恭賀新年
• 161231
  sssdってマシンの負荷が高まると落ちる？勝手に再起動してくれたけど...
• 161218
  このサイトはddnsな自宅サーバで運営している。
  なのでプロバイダから配られたipを大本のdnsへ伝える必要がるのだが、ここ数日そのアプリが停止していた。
  コンテンツの内容は常に大手様運営のミラーサイトへ流しているので、問題があればそちらを参照している。
  なら初めから大手様でコンテンツを作れば？となるのだが、自由度があるこの形態を使い続けている

過去メモ