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本家様に掲示されているファイルを取得する
ここではcistem-1.0.0-beta-intel-linux.tar.gzを取得した
[root@c ~]# cd /Appl
[root@c Appl]# gzip -cd ./src/cistem-1.0.0-beta-intel-linux.tar.gz | tar xf -
[root@c Appl]# chown -R root:root ./cistem-1.0.0-beta/
[root@c Appl]# ln -s cistem-1.0.0-beta cistemPATH環境変数に cistem を載せる
[illya@c ~]$ export PATH=/Appl/cistem:$PATH*.bashrc か .cshrc に設定を加えた方が宜しいかと
そうして
[illya@c ~]$ cisTEMと入力すると起動します
初回はcisTEM向けの project フォルダがないのでまずはそれを作る。
「Create a new project」リンクを押下します。
「Project Name」を「sample」
「Project Parent Directory」を「/home/illya/cisTEM」とすると
「Resulting project path」が一応自動的に「/home/illya/cisTEM/sample」になってくれるが、
「Project Parent Directory」は事前に用意する必要がある。
そのため
[illya@c ~]$ mkdir cisTEMとしてから、「Finish」ボタンを押下する
するとオープニング画面の下部が下記のうに変更される
cisTEMで実行されるジョブはローカルのマシンで実行されるが、設定を行うことでPBSpro/Torqueらのジョブ管理サーバで
処理させることも出来る。
画面左下の「Settings」アイコンを押下します。
既定で「Run Profiles」には「Default Local」が定義され、
その条件は画面左側に記載されている
| 条件 | 値 |
| Total Number of Processes | 5 |
| Manager Command | /Appl/cistem-1.0.0-beta/$command |
| Gui Address | Automatic |
| Controller Address | Automatic |
| Command | /Appl/cistem-1.0.0-beta/$command |
| No. Copies | 5 |
| Launch Delay(ms) | 10 |
実行マシンは4coreなのに5coreを使用するとされるのは ここhttps://cistem.org/documentation#tab-1-15
を参照下さい。
「manager command」のために一つプラスされているようです。
PBSPro/Torqueでジョブを実行させるには「Add」ボタンを押下して、即座に「Rename」ボタンを押下します。
実行ジョブの名称を「PBSPro queue bio」とかに変更します。
ここでは queue名が「bio」にジョブを流すことにします。このqueueに含まれる計算ノードの一台(8core)を使用するとします。
qsubへのテンプレートファイルを用意します
[root@c ~]# vi /Appl/cistem/submit.sh
#!/bin/bash
cat - <<EOF | qsub
#!/bin/bash
#PBS -q bio
#PBS -N cisTEM.${1}
#PBS -l nodes=1:ppn=8
/Appl/cistem/${@}
EOF
[root@c ~]# chmod 755 /Appl/cistem/submit.shその後、cisTEM画面で作った「PBSPro queue bio」を選択して、
画面下部の「Edit」ボタンを押下します
現れた設定画面を修正します
| 条件 | 値 |
| Command | /Appl/cistem/submit.sh $command |
| No. Copies | 8 |
| Launch Delay(ms) | 10 |
