本家様 https://cistem.org/

インストール

本家様に掲示されているファイルを取得する
ここではcistem-1.0.0-beta-intel-linux.tar.gzを取得した

[root@c ~]# cd /Appl
[root@c Appl]# gzip -cd ./src/cistem-1.0.0-beta-intel-linux.tar.gz | tar xf -
 
[root@c Appl]# chown -R root:root ./cistem-1.0.0-beta/
[root@c Appl]# ln -s cistem-1.0.0-beta cistem

つかう

PATH環境変数に cistem を載せる

[illya@c ~]$ export PATH=/Appl/cistem:$PATH

*.bashrc か .cshrc に設定を加えた方が宜しいかと

そうして

[illya@c ~]$ cisTEM

と入力すると起動します

初回はcisTEM向けの project フォルダがないのでまずはそれを作る。
Create a new project」リンクを押下します。
2018y04m05d_173116333.png
「Project Name」を「sample」
「Project Parent Directory」を「/home/illya/cisTEM」とすると
「Resulting project path」が一応自動的に「/home/illya/cisTEM/sample」になってくれるが、
「Project Parent Directory」は事前に用意する必要がある。
2018y04m05d_173242768.png
そのため

[illya@c ~]$ mkdir cisTEM

としてから、「Finish」ボタンを押下する
するとオープニング画面の下部が下記のうに変更される
2018y04m05d_173733148.png

queue

cisTEMで実行されるジョブはローカルのマシンで実行されるが、設定を行うことでPBSpro/Torqueらのジョブ管理サーバで
処理させることも出来る。
画面左下の「Settings」アイコンを押下します。
2018y04m05d_174659891.png
既定で「Run Profiles」には「Default Local」が定義され、
2018y04m05d_174853866.png
その条件は画面左側に記載されている

条件
Total Number of Processes5
Manager Command/Appl/cistem-1.0.0-beta/$command
Gui AddressAutomatic
Controller AddressAutomatic
Command/Appl/cistem-1.0.0-beta/$command
No. Copies5
Launch Delay(ms)10

実行マシンは4coreなのに5coreを使用するとされるのは ここhttps://cistem.org/documentation#tab-1-15 を参照下さい。
「manager command」のために一つプラスされているようです。

PBSPro/Torqueでジョブを実行させるには「Add」ボタンを押下して、即座に「Rename」ボタンを押下します。
実行ジョブの名称を「PBSPro queue bio」とかに変更します。
ここでは queue名が「bio」にジョブを流すことにします。このqueueに含まれる計算ノードの一台(8core)を使用するとします。
qsubへのテンプレートファイルを用意します

[root@c ~]# vi /Appl/cistem/submit.sh
#!/bin/bash
cat - <<EOF | qsub
#!/bin/bash
#PBS -q bio
#PBS -N cisTEM.${1}
#PBS -l nodes=1:ppn=8
/Appl/cistem/${@}
EOF
 
[root@c ~]# chmod 755  /Appl/cistem/submit.sh

その後、cisTEM画面で作った「PBSPro queue bio」を選択して、
2018y04m05d_180546061.png

画面下部の「Edit」ボタンを押下します
2018y04m05d_180613397.png

現れた設定画面を修正します
2018y04m05d_181809853.png

条件
Command/Appl/cistem/submit.sh $command
No. Copies8
Launch Delay(ms)10

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Last-modified: 2018-04-05 (木) 18:20:03 (504d)