![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
本家様に掲示されているファイルを取得する
ここではcistem-1.0.0-beta-intel-linux.tar.gzを取得した
[root@c ~]# cd /Appl
[root@c Appl]# gzip -cd ./src/cistem-1.0.0-beta-intel-linux.tar.gz | tar xf -
[root@c Appl]# chown -R root:root ./cistem-1.0.0-beta/
[root@c Appl]# ln -s cistem-1.0.0-beta cistemPATH環境変数に cistem を載せる
[illya@c ~]$ export PATH=/Appl/cistem:$PATH*.bashrc か .cshrc に設定を加えた方が宜しいかと
そうして
[illya@c ~]$ cisTEMと入力すると起動します
初回はcisTEM向けの project フォルダがないのでまずはそれを作る。
「Create a new project」リンクを押下します。
「Project Name」を「sample」
「Project Parent Directory」を「/home/illya/cisTEM」とすると
「Resulting project path」が一応自動的に「/home/illya/cisTEM/sample」になってくれるが、
「Project Parent Directory」は事前に用意する必要がある。
そのため
[illya@c ~]$ mkdir cisTEMとしてから、「Finish」ボタンを押下する
するとオープニング画面の下部が下記のうに変更される
cisTEMで実行されるジョブはローカルのマシンで実行されるが、設定を行うことでPBSpro/Torqueらのジョブ管理サーバで
処理させることも出来る。
画面左下の「Settings」アイコンを押下します。
既定で「Run Profiles」には「Default Local」が定義され、
その条件は画面左側に記載されている
| 条件 | 値 |
| Total Number of Processes | 5 |
| Manager Command | /Appl/cistem-1.0.0-beta/$command |
| Gui Address | Automatic |
| Controller Address | Automatic |
| Command | /Appl/cistem-1.0.0-beta/$command |
| No. Copies | 5 |
| Launch Delay(ms) | 10 |
実行マシンは4coreなのに5coreを使用するとされるのは ここhttps://cistem.org/documentation#tab-1-15
を参照下さい。
「manager command」のために一つプラスされているようです。
PBSPro/Torqueでジョブを実行させるには「Add」ボタンを押下して、即座に「Rename」ボタンを押下します。
実行ジョブの名称を「PBSPro queue bio」とかに変更します。
ここでは queue名が「bio」にジョブを流すことにします。このqueueに含まれる計算ノードの一台(8core)を使用するとします。
qsubへのテンプレートファイルを用意します
[root@c ~]# vi /Appl/cistem/submit.sh
#!/bin/bash
cat - <<EOF | qsub
#!/bin/bash
#PBS -q bio
#PBS -N cisTEM.${1}
#PBS -l nodes=1:ppn=8
/Appl/cistem/${@}
EOF
[root@c ~]# chmod 755 /Appl/cistem/submit.shその後、cisTEM画面で作った「PBSPro queue bio」を選択して、
画面下部の「Edit」ボタンを押下します
現れた設定画面を修正します
| 条件 | 値 |
| Command | /Appl/cistem/submit.sh $command |
| No. Copies | 8 |
| Launch Delay(ms) | 10 |
github https://github.com/timothygrant80/cisTEM
下準備
[root@rockylinux9 ~]# cat /etc/redhat-release
Rocky Linux release 9.8 (Blue Onyx)
[root@rockylinux9 ~]# dnf install epel-release
[root@rockylinux9 ~]# dnf install subversion wxBase3-devel wxGTK3-develあと intel oneAPI の mkl が必要みたい. oneAPI/dnfを参照して登録します
[root@rockylinux9 ~]# cat<<_EOF_> /etc/yum.repos.d/oneAPI.repo
[oneAPI]
name=IntelR oneAPI repository
baseurl=https://yum.repos.intel.com/oneapi
enabled=0
gpgcheck=0
repo_gpgcheck=1
gpgkey=https://yum.repos.intel.com/intel-gpg-keys/GPG-PUB-KEY-INTEL-SW-PRODUCTS.PUB
_EOF_
[root@rockylinux9 ~]# dnf --enablerepo=oneAPI install intel-oneapi-mkl-devel
[root@rockylinux9 ~]# source /opt/intel/oneapi/setvars.shその上で
[root@rockylinux9 ~]# cd /apps/src/
[root@rockylinux9 src]# git clone https://github.com/timothygrant80/cisTEM
[root@rockylinux9 src]# cd cisTEM
[root@rockylinux9 cisTEM]# git log -2
commit 455de9a1e84bf96fc572ca94d9657aed25cd7a5d (HEAD -> master, origin/master, origin/HEAD)
Merge: 4066157c 47b6b72a
Author: Tim W <90971922+twagner9@users.noreply.github.com>
Date: Tue Jun 16 13:30:29 2026 -0500
Merge pull request #577 from timothygrant80/ParticlePickingExport
Feat: Added Export Particles Button
commit 47b6b72a0d20da21179dc5c428243ef08200ff93 (origin/ParticlePickingExport)
Author: twagner9 <timwagner240@gmail.com>
Date: Fri Apr 10 15:28:55 2026 -0400
wxformbuilder generate code
Tooltip existing in the wxformbuilder did not make it into the auto-generated ProjectX_gui_assets.cpp. Just ran Generate in the formbuilder project to produce this.
[root@rockylinux9 cisTEM]#[root@rockylinux9 cisTEM]# autoreconf -fiv
[root@rockylinux9 cisTEM]# mkdir build
[root@rockylinux9 cisTEM]# cd build/
[root@rockylinux9 build]# ../configure --prefix=/apps/cisTEM
[root@rockylinux9 build]# make
[root@rockylinux9 build]# make installsetenv ONEAPI_ROOT /opt/intel/oneapi
setenv TBBROOT /opt/intel/oneapi/tbb/latest
setenv PKG_CONFIG_PATH /opt/intel/oneapi/mkl/latest/lib/pkgconfig:/opt/intel/oneapi/compiler/latest/lib/pkgconfig
setenv TCM_ROOT /opt/intel/oneapi/tcm/1.5
setenv /opt/intel/oneapi/tcm/1.5 1
setenv CMAKE_PREFIX_PATH /opt/intel/oneapi/tbb/latest:/opt/intel/oneapi/mkl/latest/lib/cmake:/opt/intel/oneapi/compiler/latest
setenv CMPLR_ROOT /opt/intel/oneapi/compiler/latest
setenv CPLUS_INCLUDE_PATH /opt/intel/oneapi/umf/1.1/include:/opt/intel/oneapi/mkl/latest/include
setenv UMF_ROOT /opt/intel/oneapi/umf/1.1
setenv LIBRARY_PATH /opt/intel/oneapi/tcm/1.5/lib:/opt/intel/oneapi/umf/1.1/lib:/opt/intel/oneapi/tbb/latest/lib/intel64/gcc4.8:/opt/intel/oneapi/mkl/latest/lib:/opt/intel/oneapi/compiler/latest/lib
setenv OCL_ICD_FILENAMES /opt/intel/oneapi/compiler/latest/lib/libintelocl.so
setenv TCMROOT /opt/intel/oneapi/tcm/1.5
setenv LD_LIBRARY_PATH /opt/intel/oneapi/tcm/1.5/lib:/opt/intel/oneapi/umf/1.1/lib:/opt/intel/oneapi/tcm/1.5/lib:/opt/intel/oneapi/tbb/latest/lib/intel64/gcc4.8:/opt/intel/oneapi/mkl/latest/lib:/opt/intel/oneapi/compiler/latest/opt/compiler/lib:/opt/intel/oneapi/compiler/latest/lib
setenv MKLROOT /opt/intel/oneapi/mkl/latest
PATH /opt/intel/oneapi/mkl/latest/bin:/opt/intel/oneapi/compiler/latest/bin
setenv C_INCLUDE_PATH /opt/intel/oneapi/umf/1.1/include:/opt/intel/oneapi/tbb/latest/include:/opt/intel/oneapi/mkl/latest/include
setenv CPATH /opt/intel/oneapi/umf/1.1/include
