![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
#author("2020-12-07T10:23:36+00:00","default:sysosa","sysosa") #author("2021-10-03T14:07:34+00:00","default:sysosa","sysosa") EMPIAR様からサンプルデータを入手したく [[https://www.ebi.ac.uk/pdbe/emdb/empiar/>+https://www.ebi.ac.uk/pdbe/emdb/empiar/]]へ向かった. っでWARPでサンプルとして出していた EMPIAR-10153 のデータを取得しようとしたが、 サイズが総数64GB... ftpやweb経由での取得も可能なのだが、回線が細いため何度も切れて仕方なく aspera を使うことにした。 ***CentOS8で aspera を使う [#ncfa4e83] IBM様のサイトでアプリが公開されている [[https://www.ibm.com/products/aspera/downloads?list>+https://www.ibm.com/products/aspera/downloads?list]] このサイトの「Featured client software」欄にある「IBM Aspera Command Line Interface」から「Download now」を選択します &ref(2020y12m07d_025908778.png,nolink); すると画面はダウンロード可能な画面に移り &ref(2020y12m07d_030108986.png,nolink); 必要なプラットホームをクリックすれば落とせます。 ただ、IBMiDが必要でした(ユーザ登録が必要) 入手したファイル名は「ibm-aspera-cli-3.9.6.1467.159c5b1-linux-64-release.sh」となりました。 ***インストール [#j8cfa139] 入手したプログラムをダウンロードしたいアカウントユーザで叩きます。 #code(nonumber){{ [saber@c ~]$ ./ibm-aspera-cli-3.9.6.1467.159c5b1-linux-64-release.sh Installing IBM Aspera CLI Installation into /home/saber/.aspera/cli successful Optional installation steps: To include aspera in your PATH, run this command (or add it to .bash_profile): export PATH=/home/saber/.aspera/cli/bin:$PATH To install the man page, run the following command: export MANPATH=/home/saber/.aspera/cli/share/man:$MANPATH [saber@c ~]$ [saber@c ~]$ ls -lh /home/saber/.aspera/cli/bin total 30M -rwxr-xr-x 1 saber em 7.3M Jan 22 2020 ascp* -rwxr-xr-x 1 saber em 6.5M Jan 22 2020 ascp4* -rwxr-xr-x 1 saber em 16M Jan 22 2020 aspera* [saber@c ~]$ }} インストールされたプログラムは３つ 「ascp」「acsp4」「aspera」 ***テスト [#s186c9d3] 九州工業大学 生命情報工学科 情報工学部 安永研究室様の[[サイト>+http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/EMPIAR%E3%81%8B%E3%82%89%E3%81%AE%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%80%E3%82%A6%E3%83%B3%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%83%89%E6%96%B9%E6%B3%95]]にも記載されているようにまずテストしてみます。 #code(nonumber){{ [saber@c ~]$ ascp -QT -l 200M -P33001 -i ~/.aspera/cli/etc/asperaweb_id_dsa.openssh emp_ext3@fasp.ebi.ac.uk:/te st testset [saber@c ~]$ ascp -QT -l 200M -P33001 -i ~/.aspera/cli/etc/asperaweb_id_dsa.openssh emp_ext3@fasp.ebi.ac.uk:/test testset testset 100% 57MB 3.2Mb/s 01:30 Completed: 58368K bytes transferred in 90 seconds (5267K bits/sec), in 1 file. [saber@c ~]$ }} こちらのサイトはADSLなので、まぁー3.2Mb/s でしたね っで目的のデータを取得したいと思います [[https://www.ebi.ac.uk/pdbe/emdb/empiar/faq#question_CLDownload>+https://www.ebi.ac.uk/pdbe/emdb/empiar/faq#question_CLDownload]]に従いまして フォーマットは #code(nonumber){{ ascp -QT -k3 -I 200M -P33001 -i ~/.aspera/cli/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \ <--ここでは[cli]版を使っているので要注意 emp_ext3@fasp.ebi.ac.uk:/<EMPIAR ID> \ <save point> }} となります。 なので #code(nonumber){{ [saber@c ~]$ mkdir em/empiar-10153 [saber@c ~]$ ascp -QT -k3 -I 200M -P33001 -i ~/.aspera/cli/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \ emp_ext3@fasp.ebi.ac.uk:/10153 \ em/empiar-10153 [saber@c ~]$ }} と実行します 実行前に「screen」を入れて閉じられるようにしたほうが良いかもしれません。
