![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
#author("2022-07-23T18:44:15+00:00","default:sysosa","sysosa") #author("2024-09-27T09:52:50+00:00","default:sysosa","sysosa") 本家様 [[http://www.ccpem.ac.uk/index.php>+http://www.ccpem.ac.uk/index.php]] すごい取り組みです。素晴らしい。 目的が３つあって -Build a UK community for computational aspects of cryo-EM. Provide a focus for the cryo-EM community to interact with CCP4/CCPN, and the broader international community. -Support the users of software for cryo-EM through dissemination of information on available software, and directed training. -Support for software developers including porting, testing, and distribution of software. との事。 上記の一環で「CCP-EM software suite」なるものが提供されている。 ここではこの「CCP-EM software suite」を&color(lightseagreen){''RockyLinux''};(RHEL8系) にインストールしてみます。 ***ライセンス [#w418090d] ここ [[http://www.ccpem.ac.uk/download.php>+http://www.ccpem.ac.uk/download.php]]、より詳しくはこちら [[https://www.ccpem.ac.uk/licensing/>+https://www.ccpem.ac.uk/licensing/]] を参照 #code(nonumber){{ The CCP-EM suite is free of charge for non-profit use under the CCP-EM academic software licence. For-profit users should please contact ccpemlicensing@stfc.ac.uk for information on commercial licencing. Further details are available on the licensing page. }} とありますのでご注意 ***取得 [#z747817e] Linux向けとmacOS向けが用意されているようで、ここではLinux向けを取得します。 ファイルサイズは、883MB です。 ファイルを取得して、展開した場所が置き場所となるみたい。 #code(nonumber){{ [root@rockylinux ~]# cd /apps/src/ [root@rockylinux src]# curl -O https://www.ccpem.ac.uk/downloads/ccpem_distributions/ccpem-1.6.0-linux-x86_64.tar.gz [root@rockylinux src]# curl -O https://www.ccpem.ac.uk/downloads/ccpem_distributions/ccpem-20221108-linux-x86_64.tar.gz [root@rockylinux src]# cd /apps [root@rockylinux apps]# tar xf src/ccpem-1.6.0-linux-x86_64.tar.gz [root@rockylinux apps]# tar xf src/ccpem-20221108-linux-x86_64.tar.gz [root@rockylinux apps]# ls -CF ccpem-1.6.0/ bin/ change_log.txt include/ install_modeller.sh* lib/ README VERSION CCP-EM_academic_software_licence.pdf conditions.txt install_ccpem.sh* install_strudel.sh* libexec/ share/ [root@rockylinux apps]# cd ccpem-20221108/ [root@rockylinux ccpem-20221108]# bin/ conditions.txt install_modeller.sh* libexec/ VERSION CCP-EM_academic_software_licence.pdf include/ install_strudel.sh* README change_log.txt install_ccpem.sh* lib/ share/ [root@rockylinux apps]# [root@rockylinux ccpem-20221108]# }} 展開したフォルダに入って、CCP4のセットアップファイルを実行して、ccpemをインストールします。 ここでは ccp4-8.0 を使ってます. #code(nonumber){{ [root@rockylinux apps]# source /apps/ccp4-8.0/bin/ccp4.setup-sh [root@rockylinux apps]# cd ccpem-1.6.0/ [root@rockylinux ccpem-1.6.0]# ./install_ccpem.sh [root@rockylinux ccpem-20221108]# source /apps/ccp4-9/bin/ccp4.setup-sh [root@rockylinux ccpem-20221108]# ./install_ccpem.sh : (ライセンス情報とか使用許諾とか) : I agree to the above conditions and have done the actions required. Do you accept the terms of the CCP-EM licence? y/n [n] y <-- 使用許諾に応じるなら[y] Setting up paths... Compiling py-files... Before running CCPEM programs from command line, source setup_ccpem.sh (or setup_ccpem.csh if you use csh). To install Strudel, please run install_strudel.sh To install modeller (for Flex-EM and other programs) please run install_modeller.sh [root@rockylinux ccpem-1.6.0]# [root@rockylinux ccpem-20221108]# }} ライセンスに[y]と入力すると、実行者のホームディレクトリに「.agree2ccpemv1」が用意される。 中身は「日付とccpem-1.6.0」と書かれているだけ。 &size(10){「~/.agree2ccp4v6」はccp4向けの記録かな}; 次に Strudel を入れる &size(10){「Strudel is a tool for model-dependent map-feature validation of cryoEM structures between 2 & 4Å resolution.」 https://twitter.com/EMDB_EMPIAR/status/1521838210372014081 }; #code(nonumber){{ [root@rockylinux ccpem-1.6.0]# ./install_strudel.sh [root@rockylinux ccpem-1.6.0]# ./install_strudel.sh [root@rockylinux ccpem-20221108]# ./install_strudel.sh Please wait: Downloading Strudel Score library to lib/strudel Searching for local ChimeraX installation /usr/bin/which: no ChimeraX in (/apps/ccp4-8.0/etc:/apps/ccp4-8.0/bin:/usr/share/Modules/bin:/usr/local/cuda/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin) /usr/bin/which: no ChimeraX in (/apps/ccp4-9/etc:/apps/ccp4-9/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin) ChimeraX installation found : /usr/libexec/UCSF-ChimeraX/bin/ChimeraX To test Strudel Score plugin for ChimeraX, please follow the tutorial here: https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxstrudelscore [root@rockylinux ccpem-1.6.0]# [root@rockylinux ccpem-20221108]# }} &size(10){「http://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/emdb_vault/strudel_libs/strudel-libs_ver-4.0_voxel-0.5.tar.gz」を取得して展開するのですが、回線が細いのか結構時間が掛かる...}; 次に modeller のインストール. こちらはライセンスコードが必要で別途 modeller 側に問い合わせが必要です #code(nonumber){{ [root@rockylinux ccpem-1.6.0]# ./install_modeller.sh [root@rockylinux ccpem-20221108]# ./install_modeller.sh Modeller Install This is used for Flex-EM and other CCP-EM supported applications. N.B. you will require a seperate license and license key for Modeller. This is available here: https://salilab.org/modeller/registration.html Do you want to install Modeller? y/n [n] y Please enter Modeller license key: <-- ここにライセンスコードを入力します : : [root@rockylinux ccpem-1.6.0]# [root@rockylinux ccpem-20221108]# }} これで完了 ***EnvironmentModules [#e0c7c2b9] 「/apps/modulefiles/ccpem-1.6.0」に下記を写す 「/apps/modulefiles/ccpem」に下記を写す #code(nonumber){{ #%Module1.0 module load ccp4/8.0 module load ccp4/9.0 set ccpem /apps/ccpem-1.6.0 set ccpem /apps/ccpem-20221108 setenv CCPEM $ccpem prepend-path PATH $ccpem/bin prepend-path LD_LIBRARY_PATH $ccpem/lib/modeller/install/lib/x86_64-intel8 }} ***実行 [#v47b33e0] EnvironmentModulesが定義されていれば #code(nonumber){{ [illya@rockylinux ~]$ module use --append /apps/modulefiles [illya@rockylinux ~]$ module load ccpem-1.6.0 [illya@rockylinux ~]$ module load ccpem [illya@rockylinux ~]$ ccpem }} でccp-emが起動します. &size(10){「module use --append /apps/modulefiles」は$HOME/.bashrcに組み込んでいいかも}; &ref(2019y12m01d_150316708.png,nolink); modellerがインストールされてないと下記のメッセージが表示されます。 &ref(2019y05m06d_014724176.png,nolink); これらの機能は使えませんよとのアナウンスです。 ***注意 [#e044ccfd] ccpemの中にはrelion,cootらが同封されている。同封relionのバージョンは「v3.1.3」、cootは「0.9.8.1」です。 relionはcuda計算が可能になっている(cuda-8.0のライブラリを同封) なのでrelionのコンパイルが難しければ、これを展開すれば即座に利用可能でもある。 &color(red){*};&size(10){cudaを利用するにはnvidiaのLinuxカーネルモジュールが必要なのでどの道cudaのインストールは必要}; 使い方はccpemを起動して、そのccpemパネルから起動する流れです。 ***ccp4が入っていないと [#pec9b361] ccp4を入れなくても動くは動く。ただ使える機能が下記のように制限されます。 &ref(2020y01m06d_211801494.png,nolink); ***modeller [#o07cd124] 本家様[[https://salilab.org/modeller/>+https://salilab.org/modeller/]] ライセンス関係[[https://salilab.org/modeller/nonacademic.html>+https://salilab.org/modeller/nonacademic.html]] 学位授与機関はフリーで使えるようで、それ以外は有償みたい ***RHEL8系/CentOS8で走らない [#a06b45fc] [[https://www.ccpem.ac.uk/user_help/known_issues.php>+https://www.ccpem.ac.uk/user_help/known_issues.php]] 結局ccpemに含まれている「libfreetype.so」を削除して回避できた #code(nonumber){{ [root@rockylinux ~]# cd /apps/ccpem-1.6.0/lib [root@rockylinux lib]# ls -l libfreetype.so* lrwxrwxrwx 1 root root 21 Oct 29 2020 libfreetype.so -> libfreetype.so.6.12.3 lrwxrwxrwx 1 root root 21 Oct 29 2020 libfreetype.so.6 -> libfreetype.so.6.12.3 -rwxr-xr-x 1 root root 803530 Oct 29 2020 libfreetype.so.6.12.3 [root@rockylinux lib]# rm -rf libfreetype.so.6.12.3 libfreetype.so.6 libfreetype.so }}
