CDK の変更点

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&color(red){未完成};
CDK, The Chemistry Development Kit
本家 http://sourceforge.net/apps/mediawiki/cdk/index.php?title=Main_Page
化合物を取り扱うライブラリなのかな。これで各種記述子の演算が可能。加え化合物検索も。
BioPerl的なツールとして使えるのかと。
&color(red){*};同じperlなら[[perlmol>http://www.perlmol.org/]]だろうっとは思うが機能が少ないみたい。
スクリプト的な使い方をしたいのでGroovyでjavaを使います。javacでコンパイル、実行もいいのだが、こっちの方が楽かなぁって思っている。
確かに扱う規模が大きければjavac/javaで動かすけどね。

***インストール [#cd26fb0a]
基本となるjava環境をまずインストールしてからgroovyをインストール
 # yum groupinstall "Java Platform"
 # yum install java-1.7.0-openjdk
 # alternatives --config java       *使用するjavaを選定
 # export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/jre-1.7.0-openjdk.x86_64
 # wget http://dist.groovy.codehaus.org/distributions/groovy-binary-2.0.4.zip
 # cd /opt
 # unzip /tmp/groovy-binary-2.0.4.zip
 # export PATH=${PATH}:/opt/groovy/bin
次にCDKのインストール。ここ http://sourceforge.net/projects/cdk/files/cdk/ から最新リリースを取得
この時はver-1.4.13で、そのリンクを辿って、cdk-1.4.13.jarを取得
&ref(2012y10m02d_231252588.png,nolink);
このファイル cdk-1.4.13.jar を
 # mkdir -p /opt/cdk
 # mv cdk-1.4.13.jar /opt/cdk
 # cd /opt/cdk
 # ln -s cdk-1.4.13.jar cdk.jar
として、次に各自の.bashrcとか.cshrcのCLASSPATH環境変数にこのcdk.jarを加えます
 $ echo "export CLASSPATH=/opt/cdk/cdk.jar" >> ~/.bashrc

 # wget 
 # export CLASSPATH=


***コード [#l3267553]
極めて簡単なコード
 $ cat sample.groovy
 name='World'
 println "Hello $name!"
 $ groovy sample.groovy
 Hello World!
な感じ。

下記はgroovyとは関係なく、sdファイルから構造式な画像を書き出すjavaソース。
#code(java,nomenu,nonumber,noicon,mol2png.java);