![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
#author("2025-09-21T09:27:23+00:00","default:sysosa","sysosa") #author("2025-12-10T17:20:35+00:00","default:sysosa","sysosa") 本家様 [[http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/index.html>+http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/index.html]] MRCファイルを閲覧するために取得 他にも多彩な機能が用意されている [[http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/tutorials.html>+http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/tutorials.html]] [[http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/videodoc/videodoc.html>+http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/videodoc/videodoc.html]] [[ChimeraX]] 実行環境 #code(nonumber){{ [root@rockylinux9 ~]# cat /etc/redhat-release Rocky Linux release 9.6 (Blue Onyx) Rocky Linux release 9.7 (Blue Onyx) [root@rockylinux9 ~]# cat /proc/driver/nvidia/version NVRM version: NVIDIA UNIX Open Kernel Module for x86_64 570.181 Release Build (dvs-builder@U22-I3-AF02-20-5) Wed Jul 30 18:41:07 UTC 2025 GCC version: gcc version 11.5.0 20240719 (Red Hat 11.5.0-5) (GCC) NVRM version: NVIDIA UNIX Open Kernel Module for x86_64 580.105.08 Release Build (dvs-builder@U22-I3-B10-02-5) Wed Oct 29 22:29:53 UTC 2025 GCC version: gcc version 11.5.0 20240719 (Red Hat 11.5.0-11) (GCC) [root@rockylinux9 ~]# }} 下準備 #code(nonumber){{ [root@rockylinux9 ~]# dnf install libXScrnSaver -y }} インストール #code(nonumber){{ [root@rockylinux9 ~]# ls -lh /Public/em/chimera-1.16-linux_x86_64.bin -rwxr-xr-x. 1 1001 users 147M Jan 16 2022 /Public/em/chimera-1.16-linux_x86_64.bin [root@rockylinux9 ~]# ls -lh /Public/em/chimera-1.19-linux_x86_64.bin -rw-rw-rw-. 1 1001 users 149M Dec 10 03:00 /Public/em/chimera-1.19-linux_x86_64.bin [root@rockylinux9 ~]# chmod +x /Public/em/chimera-1.16-linux_x86_64.bin [root@rockylinux9 ~]# chmod +x /Public/em/chimera-1.19-linux_x86_64.bin [root@rockylinux9 ~]# /Public/em/chimera-1.16-linux_x86_64.bin [root@rockylinux9 ~]# /Public/em/chimera-1.19-linux_x86_64.bin [root@rockylinux9 ~]# /Public/em/chimera-1.19-linux_x86_64.bin UnZipSFX 5.41 of 16 April 2000, by Info-ZIP (Zip-Bugs@lists.wku.edu). Original path: '/apps' inflating: chimera_install_ypb26R/installer inflating: chimera_install_ypb26R/chimera.bin Original path: '/root' inflating: chimera_install_qPwP5T/installer inflating: chimera_install_qPwP5T/chimera.bin Enter install location: /apps/chimera-1.16 <--- インストール先を指定 Enter install location: /apps/chimera-1.19 <--- インストール先を指定 Extracting files. This may take a few minutes. Executing command: './chimera.bin -q -d /apps/chimera-1.16' Executing command: './chimera.bin -q -d /apps/chimera-1.19' UnZipSFX 5.52 of 28 February 2005, by Info-ZIP (http://www.info-zip.org). Install desktop menu (icon has to be done by user)? yes <-- yes Install symbolic link to chimera executable for command line use in which directory? 0 -- no link 1 -- /root/.local/bin 2 -- /root/bin 3 -- /usr/local/sbin 4 -- /usr/local/bin 5 -- /usr/sbin 6 -- /usr/bin [hit Enter for default (0)]: <-- そのままリターン : : ------------------------------------------------- To (re)install desktop menu and icon later, run: /apps/chimera-1.16/bin/xdg-setup install /apps/chimera-1.19/bin/xdg-setup install If run as root, then it only installs the menu (for all users). Otherwise, it installs the icon (and menu, if need be) for the current user. ------------------------------------------------- result code from installer: 0 Install succeeded. Cleaning up extract dir, 'chimera_install_ypb26R' Cleaning up extract dir, 'chimera_install_qPwP5T' Installation is done; press return. <-- りたんーキーを押下 [root@rockylinux9 ~]# }} これで完了 「/apps/chimera-1.16」にchimeraがインストールされました。 「/apps/chimera-1.19」にchimeraがインストールされました。 ***Environment-modules [#cdb01e7d] 「/apps/modulefiles/chimera」 #code(nonumber){{ #%Module1.0 set-alias chimera /apps/chimera-1.16/bin/chimera set-alias chimera /apps/chimera-1.19/bin/chimera }} ***plugin [#s4c329ec] -PlaceObject [[https://www.biochem.mpg.de/7939908/Place-Object>+https://www.biochem.mpg.de/7939908/Place-Object]] UCSF Chimera plugin to display the spatial distribution of subtomograms (“lattice maps”) as described in this publication #code(nonumber){{ [root@rockylinux9 ~]# cd /apps/src/ [root@rockylinux9 src]# wget https://www.biochem.mpg.de/7939939/PlaceObject-2_1_0.zip [root@rockylinux9 src]# unzip PlaceObject-2_1_0.zip [root@rockylinux9 src]# cp -r ./PlaceObject /apps/chimera-1.16/share [root@rockylinux9 src]# chmod 755 /apps/chimera-1.16/share/PlaceObject [root@rockylinux9 src]# find /apps/chimera-1.16/share/PlaceObject -type f -exec chmod 644 {} \; [root@rockylinux9 src]# find /apps/chimera-1.16/share/PlaceObject -type d -exec chmod 755 {} \; }} 解凍したフォルダのパーミッションに修正が必要でした このあと chimera を立ち上げて、Tools -> Utilities とすると「Place Object」項目が表示されます &ref(2025y09m21d_180623407.png,nolink,70%); -PickParticle [[https://www.biochem.mpg.de/7940000/Pick-Particle>+https://www.biochem.mpg.de/7940000/Pick-Particle]] #code(nonumber){{ UCSF Chimera plugin to pick 3D particles in tomograms. #code(nonumber){{ [root@rockylinux9 src]# wget https://www.biochem.mpg.de/7940015/PickParticle-2_0_0.zip [root@rockylinux9 src]# unzip PickParticle-2_0_0.zip [root@rockylinux9 src]# cp -r ./PickParticle /apps/chimera-1.16/share [root@rockylinux9 src]# chmod 755 /apps/chimera-1.16/share/PickParticle [root@rockylinux9 src]# chmod 644 /apps/chimera-1.16/share/PickParticle/* }} chimera を再度立ち上げて、Tools -> Utilities とすると「Pick Particle」項目が表示されます &ref(2025y09m21d_181402802.png,nolink,70%); ***メモ [#peb0e96e] リモートから計算機に「ssh -X」でログインして起動すると下記のようなエラーが発生する &ref(2025y08m06d_025559143.png,nolink); 条件 RockyLinux9.6 で |BGCOLOR(YELLOW):nvidia driver|BGCOLOR(YELLOW):インストールオプション|BGCOLOR(YELLOW):結果| |NVIDIA-Linux-x86_64-570.181.run|「--disable-nouveau --no-dkms」|リモート:X, コンソール:OK| |~|「--disable-nouveau --no-dkms --no-opengl-files --no-libglx-indirect」|リモート:OK, コンソール:OK&br; &color(red){*}; ただしpymolが動かない| |NVIDIA-Linux-x86_64-565.77.run|「--disable-nouveau --no-dkms」|リモート:X, コンソール:OK| |~|「--disable-nouveau --no-dkms --no-opengl-files --no-libglx-indirect」|リモート:OK, コンソール:OK&br; &color(red){*}; ただしpymolが動かない| もうひとつ古い NVIDIA-Linux-x86_64-560.35.03.run はそもそもインストール自体ができない（コンパイルエラー） 基本コンソールでchimeraは使って、どうしてもリモートから使うなら「[[xrdp>xrdp]]」とか使った方がいいのかも. 設定次第でX11越しでも一応使えますが、pymolが動かなくなる. 他のアプリにも影響があるかもで辞めた方がいいかな. 簡単に計算機にxrdpを入れて リモートディスクトップを有効にするには #code(nonumber){{ [root@rockylinux9 ~]# dnf install epel-release [root@rockylinux9 ~]# dnf install xrdp [root@rockylinux9 ~]# firewall-cmd --add-service=rdp --zone=public --permanent [root@rockylinux9 ~]# firewall-cmd --reload [root@rockylinux9 ~]# systemctl enable xrdp --now }} で完了します。あとは windows なら 「リモートディスクトップ接続」を起動して計算機に接続してください。macOSの場合は「WindowsAoo」を入れれば リモートデスクトップ機能 が使えるようになります
