Chimera の変更点

追加された行はこの色です。
削除された行はこの色です。
Chimera へ行く。
Chimera の差分を削除
#author("2020-11-14T18:34:31+00:00","default:sysosa","sysosa")
#author("2020-11-14T18:38:17+00:00","default:sysosa","sysosa")
本家様 [[http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/index.html>+http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/index.html]]

MRCファイルを閲覧するために取得
他にも多彩な機能が用意されている
[[http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/tutorials.html>+http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/tutorials.html]]
[[http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/videodoc/videodoc.html>+http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/videodoc/videodoc.html]]

[[ChimeraX]]

#code(nonumber){{
[root@s ~]# dnf install libXScrnSaver-devel

[root@c src]# ls -lh chimera-1.15-linux_x86_64.bin
-rw-r--r-- 1 root root 147M Nov 15 03:14 chimera-1.15-linux_x86_64.bin

[root@c src]# chmod +x chimera-1.15-linux_x86_64.bin
[root@c src]# ./chimera-1.15-linux_x86_64.bin
UnZipSFX 5.41 of 16 April 2000, by Info-ZIP (Zip-Bugs@lists.wku.edu).
Original path: '/apps/src'
  inflating: chimera_install_AkUHco/installer
  inflating: chimera_install_AkUHco/chimera.bin

Enter install location: /apps/chimera-1.15            <-- 「/opt/UCSF/Chimera64-1.15rc」が初期値だが、好みの場所に変更

Extracting files.  This may take a few minutes.
Executing command: './chimera.bin -q -d /apps/chimera-1.15'
UnZipSFX 5.52 of 28 February 2005, by Info-ZIP (http://www.info-zip.org).

Install desktop menu (icon has to be done by user)? yes   <-- ディスクトップにアイコンを設置
                                                              その場合「libXScrnSaver」パッケージが必要みたい

Install symbolic link to chimera executable for command line use in which directory?
    0 -- no link
    1 -- /usr/share/Modules/bin
    2 -- /usr/local/sbin
    3 -- /usr/local/bin
    4 -- /usr/sbin
    5 -- /usr/bin
    6 -- /opt/pbs/bin
    7 -- /opt/pbs/sbin
    8 -- /root/bin
[hit Enter for default (0)]: 0                <-- ここでは「0」を選択. module でリンクを用意します

Listing /apps/chimera-1.15 ...
Listing /apps/chimera-1.15/bin ...
Listing /apps/chimera-1.15/bin/amber18 ...
Listing /apps/chimera-1.15/bin/amber18/bin ...

(中略)

-------------------------------------------------
To (re)install desktop menu and icon later, run:

    /apps/chimera-1.15/bin/xdg-setup install

If run as root, then it only installs the menu
(for all users).  Otherwise, it installs the icon
(and menu, if need be) for the current user.
-------------------------------------------------
result code from installer: 0
Install succeeded.
Cleaning up extract dir, 'chimera_install_8BOcH2'
Installation is done; press return.                <--- ここでリターンキーを押下します

[root@c src]#
}}

起動方法は直接「/apps/chimera-1.15/bin/chimera」を叩いてもいいが
[[EnvironmentModules]]で簡単にバージョン変更を行いたいので
#code(nonumber){{
[root@c ~]# mkdir -p /etc/modulefiles/chimera
[root@c ~]# vi /etc/modulefiles/chimera/1.15
#%Module1.0
set-alias chimera /apps/chimera-1.15/bin/chimera

[root@c ~]#
[root@c ~]# vi /etc/modulefiles/chimera/.version
#%Module1.0
set ModulesVersion 1.15


[root@c ~]#
}}
とします。
として、

#code(nonumber){{
[saber@c ~]$ module load chimera

[saber@c ~]$ chimera
}}
で起動します。



***メモ [#peb0e96e]
とあるマシンにchimeraをインストールして、Xmingを介してwindowsマシンからchimeraを起動してみた。
&ref(2019y08m03d_220912762.png,nolink);
と悲しいお知らせが表示された。
Xmingではだめで、MobaXtermなら正しく起動できている。。