![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
#author("2025-09-21T01:45:06+00:00","default:sysosa","sysosa") #author("2025-09-21T01:45:33+00:00","default:sysosa","sysosa") 本家様[[https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/>+https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/]] [[Chimera]]の次世代版. chimeraのサイトで #code(nonumber){{ Please note that UCSF Chimera is legacy software that is no longer being developed or supported. Users are strongly encouraged to try UCSF ChimeraX, which is under active development. (DeepL先生訳)UCSF Chimeraは、現在開発・サポートが終了しているレガシーソフトウェアであることにご留意ください。現在開発中のUCSF ChimeraXをご利用いただくことをお勧めします。 }} とある. ***インストール [#w8f9b62b] ダウンロードはこちら [[https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/download.html>+https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/download.html]] パッケージをダウンロードしてdnf/aptコマンドでインストールするのみ rockyLinux9ではmesa-libOSMesaパッケージの追加が必要でdevelリポジトリを追加してのインストールが必要でした #code(nonumber){{ [root@rockylinux9 ~]# cat /etc/redhat-release Rocky Linux release 9.6 (Blue Onyx) [root@rockylinux9 ~]# dnf --enablerepo=devel localinstall /Public/em/ucsf-chimerax-1.10.1-1.el9.x86_64.rpm [root@rockylinux9 ~]# rpm -qali ucsf-chimerax Name : ucsf-chimerax Version : 1.10.1 Release : 1.el9 Architecture: x86_64 Install Date: Sun 21 Sep 2025 10:28:42 AM JST Group : Applications/Science Size : 1723541941 License : free for non-commercial use Signature : (none) Source RPM : ucsf-chimerax-1.10.1-1.el9.src.rpm Build Date : Fri 25 Jul 2025 07:07:36 AM JST Build Host : b3bd5588055c Relocations : /usr Packager : Chimera Staff <chimera-staff@cgl.ucsf.edu> Vendor : Resource for Biocomputing, Visualization, and Informatics (RBVI) URL : https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ Summary : Molecular Visualization Description : UCSF ChimeraX (or simply ChimeraX) is the next-generation molecular visualization program from the Resource for Biocomputing Visualization, and Informatics (RBVI), following UCSF Chimera. ChimeraX can be downloaded free of charge for academic, government nonprofit, and personal use. Commercial users, please see licensing. /usr/bin/chimerax /usr/libexec/UCSF-ChimeraX : [root@rockylinux9 ~]# }} っとあり、「/usr/bin」にPATHが通っていれば使えるご様子. なので使い方は単に「chimerax」と実行すればいいみたい #code(nonumber){{ [saber@rockylinux9 ~]$ chimerax }} &ref(2025y09m21d_103647967.png,nolink); ***add-on [#bea00ac2] add-onアプリが利用可能のようで、メニューの[Tools]から[More Tools..]を選択して &ref(2023y05m08d_030752151.png,nolink); 表示された[ChimeraX Toolshed]から利用したいアプリを追加することができます &ref(2023y05m08d_030941214.png,nolink); 「ISOLDE」を利用したい場合は、その利用したいユーザでchimeraXを起動してadd-onを入れてください. &size(10){add-onアプリ関係は各ユーザ毎にインストールされるみたい}; 「ISOLDE」をクリックします &ref(2023y05m08d_031527557.png,nolink); そうすると概要画面が表示さ、その右側に「Install」があります. これをクリックします &ref(2023y05m08d_031629357.png,nolink); パッケージがダウンロードされて、そのインストールの可否を聞かれます. 「Install」ボタンを押下します &ref(2023y05m08d_031934165.png,nolink); 暫くするとインストールが完了してChimeraXの再起動が促されます. 「OK」ボタンを押下してChimeraXを停止させます &ref(2023y05m08d_032019773.png,nolink); 再度コマンドラインでChimeraXを起動させます. メニュー欄に「ISOLDE」が追加されました &ref(2023y05m08d_032331524.png,nolink); ***メモ [#t100cfce] add-onアプリをインストールするには外部とのやり取りが必要で、もしPROXYが必要であれば 事前にproxy環境変数を定義してからchimeraxを起動してください #code(nonumber){{ export https_proxy=http://<host>:port export http_proxy=http://<host>:port }} ***メモ２ [#r1b19337] chimeraXを起動するとたまに下記のようなメッセージが画面右に表示されます &size(10){nvidiaカード経由なのにGLが低いと認識される. intel cpu内蔵GPUからはこのような表記はあまり見ない}; #code(nonumber){{ ERROR: ChimeraX requires OpenGL graphics version 3.3. Your computer graphics driver provided version 1.4 Try updating your graphics driver. }} これは下記のように環境変数を事前に設定してChimeraXを起動すれば回避されます #code(nonumber){{ export MESA_GL_VERSION_OVERRIDE=3.3 export MESA_GLSL_VERSION_OVERRIDE=330 }} ***ArtiaX [#y2f11ae4] github [[https://github.com/FrangakisLab/ArtiaX>+https://github.com/FrangakisLab/ArtiaX]] 各自で起動した chimeraX の下段にあるCommand欄にて &ref(2025y09m21d_103924351.png,nolink); <- 「toolshed reload all」と入力してリターンキーを押下して &ref(2025y09m21d_104031159.png,nolink); <- 「toolshed install ArtiaX」と入力して完了 一端 chimeraX を終了して、再起動すれば有効になります &ref(2025y09m21d_104431582.png,nolink);
