![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
#author("2021-07-01T13:53:57+00:00","default:sysosa","sysosa") #author("2021-07-01T13:54:23+00:00","default:sysosa","sysosa") 本家様 [[https://gitlab.inria.fr/serpico/deep-finder>+https://gitlab.inria.fr/serpico/deep-finder]] #code(nonumber){{ Deep Finder is an original deep learning approach to localize macromolecules in cryo electron tomography images. The method is based on image segmentation using a 3D convolutional neural network. }} ***環境構築 [#hdf40304] pyenv/anacondaで実行環境を作ります. [[crYOLO]]や[[topaz]]と同じような作り方ですが、 一度[[crYOLO]]や[[topaz]]の実行環境を用意しているのなら、下記だけでを実行します #code(nonumber){{ export PYENV_ROOT=/apps/pyenv export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH eval "$(pyenv init - --no-rehash)" export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-5.3.1/bin/:$PATH }} その上で deepfinder 実行環境を作ります. 本家様のドキュメントを拝読すると python3 環境でKeras を使うようです。 っで開発元では下記のパッケージで構成されているそうな. #code(nonumber){{ tensorflow-gpu (1.14.0) keras (2.3.1) numpy (1.16.4) h5py (2.9.0) lxml (4.3.4) scikit-learn (0.21.2) scikit-image (0.15.0) matplotlib (3.1.0) mrcfile (1.1.2) PyQt5 (5.13.2) pyqtgraph (0.10.0) }} っでpython実行環境「deepfinder」を作る. そしてその環境に移る. #code(nonumber){{ [root@s ~]# conda create -n deepfinder python=3.6 -y [root@s ~]# source activate deepfinder (deepfinder) [root@s ~]# }} &color(red){*};&size(10){python3.7では無理だった}; deepfinderのソースコードをgitで取得します #code(nonumber){{ (deepfinder) [root@s ~]# cd /apps (deepfinder) [root@s apps]# git clone https://gitlab.inria.fr/serpico/deep-finder.git (deepfinder) [root@s apps]# cd deep-finder (git 操作せずmaster branchで進めます) (deepfinder) [root@s deep-finder]# }} このdeep-finderフォルダにpython実行環境「deepfinder」で必要なパッケージリストがある -requirements_gpu.txt -requirements.txt &size(10){GPU対応版とcpu対応版かな？}; ここでは「requirements_gpu.txt」を入れてみる #code(nonumber){{ (deepfinder) [root@s deep-finder]# pip install -r requirements_gpu.txt : (deepfinder) [root@s deep-finder]# }} 一応入ったか調べてみた #code(nonumber){{ (deepfinder) [root@s deep-finder]# conda list |grep -e tensorflow -e keras -e numpy -e h5py -e lxml -e scikit -e matplotlib -e mrcfile -e pyqt5 -e pyqtgraph h5py 2.9.0 pypi_0 pypi keras 2.3.1 pypi_0 pypi keras-applications 1.0.8 pypi_0 pypi keras-preprocessing 1.1.2 pypi_0 pypi lxml 4.3.4 pypi_0 pypi matplotlib 3.1.0 pypi_0 pypi mrcfile 1.1.2 pypi_0 pypi numpy 1.16.4 pypi_0 pypi pyqt5 5.13.2 pypi_0 pypi pyqt5-sip 12.9.0 pypi_0 pypi pyqtgraph 0.10.0 pypi_0 pypi scikit-image 0.15.0 pypi_0 pypi scikit-learn 0.22.2.post1 pypi_0 pypi tensorflow-estimator 1.14.0 pypi_0 pypi tensorflow-gpu 1.14.0 pypi_0 pypi (deepfinder) [root@s deep-finder]# }} ***Environment Modules [#p82fc2a7] #code(nonumber){{ [root@s ~]# cat /etc/modulefiles/deep-finder #%Module -*- tcl -*- set deepfinder /apps/deep-finder set root /apps/pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/envs/deepfinder prepend-path PATH $root/bin:$deepfinder/bin }} ***起動 [#v50827ab] 「module load deep-finder」として「generate_target」と実行したらGUIが立ち上がった &ref(2021y07m01d_225311250.png,nolink); ***tensorflow-gpu==1.14.0 [#p9377be6] [[https://pypi.org/project/tensorflow-gpu/>+https://pypi.org/project/tensorflow-gpu/]]のサイトを見ると 必要とされている 「tensorflow-gpu==1.14.0」は「Released: Jun 19, 2019」なようで、古めのパッケージであるみたい. さらに調べると[[https://www.tensorflow.org/install/source?hl=ja#linux>+https://www.tensorflow.org/install/source?hl=ja#linux]]から -python 2.7、3.3〜3.7 -GCC 4.8 -CUDA 10.0 が必要要件みたい
