EM の変更点 - Chaperone

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#author("2025-11-23T01:53:35+00:00","default:sysosa","sysosa")
#author("2025-11-23T01:54:37+00:00","default:sysosa","sysosa")
雑記帳[[EM/storage]]

電顕で利用されるアプリケーション
https://en.wikibooks.org/wiki/Software_Tools_For_Molecular_Microscopy

[[https://cryoem101.org/>+https://cryoem101.org/]]

電顕での自動データ採取
https://academic.oup.com/jmicro/article/65/1/43/2579697

■ライセンス(区分けは相当間違っているかもしれないけど、、、)
|BGCOLOR(YELLOW): |>|BGCOLOR(YELLOW):プログラム名|BGCOLOR(YELLOW):ライセンス|BGCOLOR(YELLOW):URL|
|~|BGCOLOR(YELLOW):(外部Callプログラム)|BGCOLOR(YELLOW):プログラム名|~|~|
|総合系|>|Relion|GNU General Public License v2.0|https://github.com/3dem/relion/blob/master/LICENSE|
|~|+--|UCSF MotionCor2|非営利目的なら無償で取得可能&br;商用目的なら要問合せ|https://emcore.ucsf.edu/ucsf-motioncor2|
|~|+--|ctffind|GNU General Public License|http://grigoriefflab.janelia.org/sites/default/files/readme_ctf.txt|
|~|+--|Gctf|??|https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/|
|~|+--|ResMap|This package is released under the Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivs CC BY-NC-ND License&br;営利目的はダメ見たい|https://sourceforge.net/projects/resmap/|
|~|+--|SIDESPLITTER|GPLv3|https://github.com/StructuralBiology-ICLMedicine/SIDESPLITTER/blob/master/LICENSE|
|~|>|EMAN2|GPL2, BSD 3-Clause|https://github.com/cryoem/eman2|
|~|>|SPHIRE|(EMAN2と同じ??)||
|~|>|[[CCP-EM]] &br; &size(10){[[Doppio]]}; |非営利目的で使用する場合は無料&br;営利目的のユーザーは商用ライセンスがあり、要問合せ|https://www.ccpem.ac.uk/licensing/|
|~|>|cryoSPARC|商用、非営利関係なく要ライセンス申請|https://cryosparc.com/|
|~|>|cisTEM|The Janelia Research Campus Software License 1.2&br;(商用、非営利なく使えそう)|https://cistem.org/software|
|~|>|SPRING|the modified BSD lisence&br;商用目的なら要問合せ|https://spring.fz-juelich.de/index.html|
|~|>|Bsoft|パブリックドメイン?|https://lsbr.niams.nih.gov/bsoft/|
|~|>|Scipion|free software|https://github.com/I2PC/scipion/blob/master/License.txt|
|トモグラフィ|>|IMOD|General Public License (GPL) version 2.0|http://bio3d.colorado.edu/imod/COPYRIGHT.txt|
|~|>|[[PyTom]]|||
|~|>|[[PyTom]]||https://github.com/SBC-Utrecht/PyTom|
|~|>|[[Dynamo]]|||
|~|>|emClarity|||
|~|>|AreTom|AreTomo is free for academic use only. For commercial use, please contact David Agard or Yifan Cheng for licensing:|「AreTomo User Manual」から|
|~|>|[[cryoCARE]]|||
|~|>|[[tomotwin-cryoet]]|||
|~|>|[[IsoNet]]|||
|~|>|[[membrain-seg]]|||
|~|>|[[IsoNet]]|||
|粒子pick|>|crYOLO|非営利の学術および研究目的でのみ使用許諾|http://sphire.mpg.de/wiki/doku.php?id=cryolo_license|
|~|>|Gautomatch|??|https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/|
|~|>|topaz|GPLv3|https://github.com/tbepler/topaz/blob/master/LICENSE|
|~|>|warp|GNU General Public License v3.0&br;&color(magenta){windowsアプリ};|https://github.com/cramerlab/warp/blob/master/LICENSE|
|像表示|>|Chimera|非営利目的なら無償で使用許諾される&br;商業的使用なら書面で使用許諾が必要(費用発生)|http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/licensing.html|
|~|>|coot|GNU GPL|https://strucbio.biologie.uni-konstanz.de/ccp4wiki/index.php?title=Coot|
|~|>|Open-Source PyMOL|無償|https://github.com/schrodinger/pymol-open-source/blob/master/LICENSE|
|~|>|Fiji|GPL|https://imagej.net/Licensing|
|画像変換&br;&size(10){ccp4/phenix};|>|em2em|Freeware|https://www.imagescience.de/freeware.html|
|画像Tool|>|Cinderella|MIT|http://sphire.mpg.de/wiki/doku.php?id=auto_2d_class_selection|
|~|>|[[CryoSieve]]|GPLv3|https://github.com/mxhulab/cryosieve|
|~|>|JANNI|MIT|http://sphire.mpg.de/wiki/doku.php?id=janni|
|撮影|>|SerialEM|MIT license|http://bio3d.colorado.edu/SerialEM/|
|OnTheFly|>|relion_it.py|relion同封スクリプト||
|~|>|Gwatch|||
|~|>|warp(再掲)|GNU General Public License v3.0&br;&color(magenta){windowsアプリ};|https://github.com/cramerlab/warp/blob/master/LICENSE|
|~|>|Transphire|GNU General Public License v3.0|https://github.com/MPI-Dortmund/transphire/blob/master/LICENSE|
|~|>|Focus|||
|~|>|Leginon|||
|~|>|cryoSPARC(再掲)|||
|xray|>|(xray)Phenix|非営利目的なら無償&br;営利目的ならライセンス申請が必要|https://www.phenix-online.org/license/|
|~|>|(xray)ccp4|商業活動に使用しない学術機関および非営利団体なら無償で&br;取得可能だが署名送付が必要。商業目的なら要ライセンス|https://www.ccp4.ac.uk/ccp4license.php|
|~|>|(xray)XDS|非営利目的なら無償。営利目的なら要ライセンス|http://xds.mpimf-heidelberg.mpg.de/|
|MD|>|AmberTools|free of charge|http://ambermd.org/AmberTools.php|
|~|>|Amber|有償|http://ambermd.org/GetAmber.php#amber|
|~|>|GROMACS|GNU Lesser General Public License|http://www.gromacs.org/About_Gromacs|
|~|>|CNS|アカデミック(非営利)なら無料|http://cns-online.org/cns_request/|
|Dock|>|Dock6|学術機関では無料で利用できますが、産業組織にはライセンス料がかかります&br;学術機関は要ライセンス申請. 産業組織はメールで問い合わせ|http://dock.compbio.ucsf.edu/Online_Licensing/index.htm|
|サンプル管理|>|gP2S|||

***mrcファイルをjpegにするには [#w0111928]
eman2の「e2proc2d.py」を使う
#code(nonumber){{
for i in `ls *.mrc` ; do echo $i; e2proc2d.py $i  ${i%.*}.jpg ; done
}}
上記は一枚一枚で処理してますが、ワイルドカードを使っても変換できます。そちらの方が速い
#code(nonumber){{
e2proc2d.py *.mrc  @.jpeg
}}
「＠」は入力ファイル名のベース部分をもぎ取って代用しています。
加えて下記のような芸当もできる
#code(nonumber){{
e2proc2d.py sq01_100001.mrc sq01_100002.mrc sq01_100003.mrc sq01_100004.mrc   @.jpeg
}}
これで「sq01_100001.jpeg sq01_100002.jpeg sq01_100003.jpeg sq01_100004.jpeg」が得られます


***連番ファイルを作る [#c7b0121a]
#code(nonumber){{
Sep07_18.50.06.tif  
Sep07_18.51.18.tif  
Sep07_18.52.17.tif  
 :
}}
なファイルがある。このファイルはそのままに、&color(crimson){<square>_100001.tif}; な形のリンクファイルを作る

#code(nonumber){{
#!/bin/bash
tif=$(ls ../movie_frames/sq6/*.tif)
i=1
for f in $tif ; do
 cmd="ln -s $f sq6_1$(printf %05d $i)_movie.tif"
 $cmd
 i=$(expr $i + 1)
done
}}
を作って、その場で実行する

***メモ [#faa0ee6e]
IHRSR++
[[http://cryoem.ucsd.edu/wikis/software/start.php?id=ihrsr>+http://cryoem.ucsd.edu/wikis/software/start.php?id=ihrsr]]
CentOS7にて「compat-libgfortran-41」パッケージが必須

***mrcsファイルをjpegに分割 [#x09a7608]
#code(nonumber){{
[saber@c jpeg]$ e2proc2d.py ../run_it025_classes.mrcs a.jpeg --unstacking
6 images, processing 0-5 stepping by 1
[saber@c jpeg]$
}}


***star_replace_UVA [#oe68c5da]
下記サイトの一部
[[https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/useful_tools/scripts/>+https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/useful_tools/scripts/]]

#code(nonumber){{
chmod +x star_replace_UVA.com
./star_replace_UVA.com   particles.star    Micrographs/*_local.star
}}
と使用するが、
「particles.star」　と　「Micrographs/*_local.star」 を繋ぐには
「_rlnMicrographNam」と
「_rlnImageName」の「@」前の数字
の一致が必要となる。

もし「particles.star」側の「_rlnMicrographNam」が「Micrographs/*_local.star」と異なっているなら
あわせる必要が生じる。

例えば、「particles.star」側の「_rlnMicrographNam」が
「MotionCorr/job002/Micrographs/sq05_100001.mrc」
で「Micrographs/*_local.star」側の「_rlnMicrographNam」が
「Micrographs/sq05_100001.mrc」
なら
#code(nonumber){{
sed 's/MotionCorr\/job002\///' particles.star > particles2.star
}}
で合わせましょう。

***TIFFファイル [#i4d80af8]
tiffフォーマットには LZW圧縮、ZIP圧縮らがある。非可逆圧縮なJPEG圧縮も可能である。複数のイメージを１つのtiffファイルに収められる(マルチページ)。

#code(nonumber){{
for i in `ls *.mrc` ; do /Appl/IMOD/bin/mrc2tif -c zip -q 9 $i ${i%.*}.tif ; done
}}
zipで圧縮、圧縮を最大にしている(-q 9)


mrcファイル(1,6GB)がある。
#code(nonumber){{
e2iminfo.py abc.mrc
abc.mrc     1 images in MRC format 4096 x 4096 x 49
representing 0 particles
}}
これを「AMD Ryzen 7 2700X」なマシンでIMODのmrc2tifで変換してみた
#code(nonumber){{
time /Appl/IMOD/bin/mrc2tif -s -c zip -q 9 a.mrc a.tif
Writing TIFF images. .................................................

real    0m25.851s
user    1m56.562s
sys     0m5.139s
}}
できたファイルのサイズは929MB

スピードを重視したら(-q 1)、
#code(nonumber){{
time /Appl/IMOD/bin/mrc2tif -s -c zip -q 1 a.mrc a.tif
Writing TIFF images. .................................................

real    0m15.678s
user    0m53.626s
sys     0m2.572s
}}
サイズは、949MB。zipで速度重視でもいい圧縮は結構いいみたい。

lzwなら
#code(nonumber){{
time /Appl/IMOD/bin/mrc2tif -s -c lzw a.mrc a.tif
Writing TIFF images. .................................................

real    0m15.058s
user    0m44.115s
sys     0m2.562s
}}
サイズは、1.1GBとなる。
速さは最速だけど、1秒以内の差で、ほぼ同じとみていいのでは？

っとなると、圧縮が高くて、それでいてスピードの速い「zip」を選べばいいような気がする。
ssdデバイスにmrcファイルを配置して実施したら9秒ほどで完了した