#author("2018-09-26T09:14:10+00:00","default:sysosa","sysosa")
本家様 [[http://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN2>+http://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN2]]

バージョン番号が良く分からなかったが
EMAN2.1、EMAN2.2とかはメジャーバージョン.
EMAN2.11とEMAN2.12は「&color(green){EMAN2.1};」のマイナーバージョンアップ版の位置付けみたい.
#code(nonumber){{
EMAN2.1 ---------------> EMAN2.2
  +-- EMAN2.11             +-- EMAN2.21
  +-- EMAN2.12
}}


macOSについては[[EMAN2/macOS]]
[[EMAN2/windowsPC]]
&size(10){[[EMAN]]};
&size(10){[[EMAN2/source]]};

***CentOS7に eman2.21 をインストール [#kd2a8fda]
「&color(orangered){EMAN2.2};」のマイナーバージョンアップ版「&color(crimson){EMAN2.21};」をインストールします
[[http://cryoem.bcm.edu/cryoem/downloads/view_eman2_version/24>+http://cryoem.bcm.edu/cryoem/downloads/view_eman2_version/24]]にリリースノートがあります。
#code(nonumber){{
[root@c ~]# unset LD_LIBRARY_PATH DYLD_LIBRARY_PATH PYTHONPATH
[root@c ~]# bash /Appl/src/eman2.21.linux64.centos7.sh

Welcome to EMAN2 2.21

EMAN2 will now be installed into this location:
/root/EMAN2

  - Press ENTER to confirm the location
  - Press CTRL-C to abort the installation
  - Or specify a different location below

[/root/EMAN2] >>> /Appl/eman2.21             <--- ここでは「/Appl/eman2.21」にインストールしてます
PREFIX=/Appl/eman2.21
installing: python-2.7.13-0 ...
Python 2.7.13 :: Continuum Analytics, Inc.
installing: hdf5-1.8.18-h6792536_1 ...
 :
 :
INSTALLATION IS NOW COMPLETE
installation finished.
Do you wish the installer to prepend the EMAN2 install location
to PATH in your /root/.bashrc ? [yes|no]
[no] >>> yes                              <-- ここでは「yes」として作らせます

Appending source /Appl/eman2.21/bin/activate to /root/.bashrc
A backup will be made to: /root/.bashrc-eman2.bak


For this change to become active, you have to open a new terminal.

Thank you for installing EMAN2!
[root@c ~]#
}}
っで何が.bashrcに加えられたのかと言えば
#code(nonumber){{
# added by EMAN2 installer
export PATH="/Appl/eman2.21/bin:$PATH"
}}
であった。PATH環境変数だけみたい。eman2.2と同じですね。

&color(white,blue){留意};
インストール途中で
#code(nonumber){{
ERROR:root:code for hash md5 was not found.
ERROR:root:code for hash sha1 was not found.
ERROR:root:code for hash sha224 was not found.
ERROR:root:code for hash sha256 was not found.
ERROR:root:code for hash sha384 was not found.
ERROR:root:code for hash sha512 was not found.
}}
と言われた。ハッシュ関数なのだが、この辺はソースから作らないと駄目な場所なのかも





***CentOS7に eman2.2 をインストール [#ne403461]
「&color(green){EMAN2.1};」のメージャーバージョンアップ版「&color(orangered){EMAN2.2};」をインストールする
既に旧バージョンな「&color(darkgreen){EMAN2.12};」らがインストールされていれば、それを削除するか名前を変更する
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cd /Appl/
[root@c Appl]# ls -ld EMAN2/
drwxr-xr-x 11 root root 4096 Dec 24 10:16 EMAN2/
[root@c Appl]# mv EMAN2 EMAN2.12
}}
次にLD_LIBRARY_PATHとかPYTHONPATH環境変数を未定義にして、
取得したeman2.2インストールファイル「&color(magenta){eman2.2.linux64.centos7.sh};」を実行する
すると、まずインストール先が問われる. ここでは「/Appl/EMAN2」とした.
#code(nonumber){{
[root@c Appl]# unset LD_LIBRARY_PATH DYLD_LIBRARY_PATH PYTHONPATH
[root@c Appl]# bash /Appl/src/eman2.2.linux64.centos7.sh
 :
 :
EMAN2 will now be installed into this location:
/root/EMAN2

  - Press ENTER to confirm the location
  - Press CTRL-C to abort the installation
  - Or specify a different location below

[/root/EMAN2] >>> /Appl/EMAN2                   <---「/Appl/EMAN2」と入力してリターンキーを押下
PREFIX=/Appl/EMAN2
installing: python-2.7.13-1 ...
Python 2.7.13
installing: asn1crypto-0.22.0-py27_0 ...        * python関係がインストールされる
 :
 :
installation finished.
Do you wish the installer to prepend the EMAN2 install location
to PATH in your /root/.bashrc ? [yes|no]
[no] >>> yes                                    * 試しに[yes]としてみた

Prepending PATH=/Appl/EMAN2/bin to PATH in /root/.bashrc
A backup will be made to: /root/.bashrc-eman2.bak


For this change to become active, you have to open a new terminal.

Thank you for installing EMAN2!
[root@c Appl]#
}}
以前の.bashrcは「.bashrc-eman2.bak」としてくれたようなので、このeman2.2で何が追加されたのかはdiffで判明する

#code(nonumber){{
[root@c Appl]# diff ~root/.bashrc ~root/.bashrc-eman2.bak
23,25d22
<
< # added by EMAN2 installer
< export PATH="/Appl/EMAN2/bin:$PATH"
[root@c Appl]#
}}
単に、「export PATH="/Appl/EMAN2/bin:$PATH"」が追加されただけみたい...

他のユーザがeman2.2を使うように「/<ユーザ>/.bashrc」を変更させる
#code(nonumber){{
[illya@c ~]$ vi .bashrc

if [ -f /etc/bashrc ]; then
        . /etc/bashrc
fi
#source /Appl/EMAN2/eman2.bashrc     # disable eman2.1 source
export PATH=/Appl/EMAN2/bin:$PATH

[illya@c ~]$
}}
「e2projectmanager.py」を実行すると下記のようになる
&ref(2017y12m24d_221314596.png,nolink);

それと「sphire」もこのEMAN2.2で動く
&ref(2017y12m24d_221745385.png,nolink);

EMAN2.1のe2boxer.pyとかが「e2boxer_old.py」として残されているみたい

***CentOS7に eman2.12 をインストール [#t49792d2]
「&color(green){EMAN2.1};」のマイナーバージョンアップ版「&color(darkgreen){EMAN2.12};」をインストールする
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cd /Appl && rm -rf EMAN2 
[root@c Appl]# gzip -cd src/eman2.12.linux64.tar.gz | tar xf - && cd EMAN2
[root@c EMAN2]# chown -R root:root ../EMAN2/
[root@c EMAN2]# ./eman2-installer
export LC_CTYPE=en_US.utf8
export LC_ALL=en_US.utf8
Please add the following line to the end of your /root/.bashrc :
source /Appl/EMAN2/eman2.bashrc

[root@c EMAN2]#
}}
これでインストールは完了.
ユーザが使用するには /<ユーザ>/.bashrc に「source /Appl/EMAN2/eman2.bashrc」を加える. っでこの中身は
#code(nonumber){{
export EMAN2DIR=/Appl/EMAN2
export PATH=${EMAN2DIR}/bin:${EMAN2DIR}/extlib/bin:$PATH
export PYTHONPATH=${EMAN2DIR}/lib:${EMAN2DIR}/bin:${PYTHONPATH}
alias sparx=sx.py
}}
である. 「LC_CTYPE」と「LC_ALL」の設定が悩ましい...
sourceコマンドで環境変数を定義して「eman2.py」と実行すると下記が表示される.
&ref(2017y12m24d_104232876.png,nolink);

実際には「e2projectmanager.py」から始まるのでしょうか
&ref(2017y12m24d_104532987.png,nolink);

***eman2.11 [#r906837d]
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cd /Appl && rm -rf EMAN2
[root@c Appl]# gzip -cd src/eman2.11.linux64.tar.gz | tar xf - && cd EMAN2
[root@c EMAN2]# ./eman2-installer
export LC_CTYPE=en_US.utf8
export LC_ALL=en_US.utf8
Please add the following line to the end of your /root/.bashrc :
source /Appl/EMAN2/eman2.bashrc
[root@c EMAN2]#
}}
EMAN2を使用するには「source /Appl/EMAN2/eman2.bashrc」を各ユーザの「/home/<ユーザ>/.bashrc」に加える

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