![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
#author("2026-04-21T09:55:29+00:00","default:sysosa","sysosa") #author("2026-05-02T04:52:03+00:00;2026-04-21T09:55:29+00:00","default:sysosa","sysosa") 本家様: [[http://bio3d.colorado.edu/imod/>+http://bio3d.colorado.edu/imod/]] ダウンロード先 [[http://bio3d.colorado.edu/imod/download.html>+http://bio3d.colorado.edu/imod/download.html]] linuxに関してcudaが絡んでいるバージョンが提供されている。 cudaカードを持ってないなら '''If are not using an NVIDIA card for GPU computing, just pick the package with the lowest CUDA version, since it will be smaller.''' とある。 #code(nonumber){{ [root@rockylinux9 ~]# cd /apps/src/ [root@rockylinux9 src]# wget https://bio3d.colorado.edu/imod/AMD64-RHEL5/imod_5.1.5_RHEL8-64_CUDA12.0.sh [root@rockylinux9 src]# wget https://bio3d.colorado.edu/imod/AMD64-RHEL5/imod_5.1.11_RHEL8-64_CUDA12.0.sh [root@rockylinux9 src]# bash /Public/em/imod_5.1.5_RHEL8-64_CUDA12.0.sh -dir /apps -skip -yes [root@rockylinux9 src]# bash /Public/em/imod_5.1.11_RHEL8-64_CUDA12.0.sh -dir /apps -skip -yes }} 「-yes」を指定していると、既に存在しているIMODを削除して差し替えます。それが嫌なら「-yes」を外してください. ***environment-modules [#ne476e43] 「/apps/modulefiles/IMOD/5.1.5」 「/apps/modulefiles/IMOD/5.1.11」 #code(nonumber){{ #%Module1.0 set imod /apps/imod_5.1.5 set imod /apps/imod_5.1.11 prepend-path PATH $imod/bin prepend-path LD_LIBRARY_PATH $imod/lib prepend-path MANPATH $imod/man setenv IMOD_DIR $imod setenv IMOD_QTLIBDIR $imod/qtlib setenv IMOD_PLUGIN_DIR $imod/lib/imodplug #setenv IMOD_JAVADIR /usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.191.b12-1.el7_6.x86_64/jre/bin/ setenv IMOD_JAVADIR /usr setenv FOR_DISABLE_STACK_TRACE 1 setenv IMOD_CALIB_DIR $imod/autodoc #set-alias subm "submfg \!* &" }} ***メモ [#b562cfff] 一部javaを使うので #code(nonumber){{ dnf groupinstall "Java Platform" }} を実行します. 「qt-x11」「hdf5-devel」パッケージが必要っぽいのだが、、 RHEL8系だと「/usr/bin/python」がないのでそれを調整する必要がある #code(nonumber){{ alternatives --config python }} でpython3にするといいかも ***CentOS8 [#kc4314e2] CentOS8にてimodを起動すると 「&color(red){Gtk-Message: 01:12:10.056: Failed to load module "canberra-gtk-module"};」と表記されることがある。 これは「libcanberra-gtk2」をインストールすれば解消される ***ubuntu22.04 [#t7c5a863] #code(nonumber){{ sudo -i apt update apt install default-jre }} ***rln2mod [#m75e719b] github [[https://github.com/Phaips/rln2mod>+https://github.com/Phaips/rln2mod]] OS標準提供の pip を使います。っでstarfile を入れて置きます。 #code(nonumber){{ [root@rockylinux9 ~]# echo $PATH /root/.local/bin:/root/bin:/usr/share/Modules/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin [root@rockylinux9 ~]# dnf install python-pip [root@rockylinux9 ~]# pip --version pip 21.3.1 from /usr/lib/python3.9/site-packages/pip (python 3.9) [root@rockylinux9 ~]# pip install starfile }} rln2modを入れて置きます #code(nonumber){{ [root@rockylinux9 ~]# cd /apps/ [root@rockylinux9 apps]# git clone https://github.com/Phaips/rln2mod [root@rockylinux9 apps]# ls -l rln2mod/ total 8 -rw-r--r--. 1 root root 823 Sep 21 10:55 README.md -rw-r--r--. 1 root root 2756 Sep 21 10:55 rln2mod.py [root@rockylinux9 apps]# }} 使う #code(nonumber){{ [saber@rockylinux9 ~]$ module load IMOD [saber@rockylinux9 ~]$ python /apps/rln2mod/rln2mod.py usage: rln2mod.py [-h] --x X --y Y --z Z Convert Relion STAR to .mod models optional arguments: -h, --help show this help message and exit --x X tomogram X size (px) --y Y tomogram Y size (px) --z Z tomogram Z size (px) [saber@rockylinux9 ~]$ }}
