![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
#author("2024-06-08T09:42:41+00:00","default:sysosa","sysosa") #author("2024-06-08T09:44:06+00:00","default:sysosa","sysosa") 本家様 [[https://openbabel.org/>+https://openbabel.org/]] &size(10){寄付をするなら[[https://opencollective.com/openbabel>+https://opencollective.com/openbabel]]}; github [[https://github.com/openbabel/openbabel>+https://github.com/openbabel/openbabel]] Open Babel is a chemical toolbox designed to speak the many languages of chemical data. (deepL先生訳: Open Babelは、化学データの様々な言語を話すように設計された化学ツールボックスである。) 構造式を色々なフォーマットに変換してくれるツールだったのだが、構造最適化とかもできる優れもの. &size(10){[[PyMOL]]なら描画もできて最適化も出来るけど}; ***インストール [#r8b88a3e] githubでopenbabelのソースを取得します。 &size(10){github側で「pip install openbabel」でできるとあるが、ソースの事前準備とかあるみたいなので、簡単にソースからbuildしてみた}; #code(nonumber){{ [root@rockylinux9 ~]# cat /etc/redhat-release Rocky Linux release 9.4 (Blue Onyx) [root@rockylinux9 ~]# dnf --enablerepo=devel install wxBase3-devel cairo-devel eigen3-devel rapidjson-devel wxGTK3-devel cmake boost-devel [root@rockylinux9 ~]# cd /apps/src/ [root@rockylinux9 src]# [root@rockylinux9 src]# git clone https://github.com/openbabel/openbabel [root@rockylinux9 src]# cd openbabel [root@rockylinux9 openbabel]# mkdir build ; cd build [root@rockylinux9 build]# cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/apps/openbabel-3.1.1 -DENABLE_OPENMP=ON -DBUILD_GUI=ON [root@rockylinux9 build]# make; make test : 228/228 Test #228: pytest_RInChI .................... Passed 0.60 sec 100% tests passed, 0 tests failed out of 228 Total Test time (real) = 31.01 sec [root@rockylinux9 build]# make install }} ***EnvironmentModules [#q73f7967] 「/apps/modulefiles/openbabel」 #code(nonumber){{ #%Module1.0 set root /apps/openbabel-3.1.1 prepend-path PATH $root/bin prepend-path LD_LIBRARY_PATH $root/lib64 }} ***使う [#l1e53a7e] #code(nonumber){{ [illya@rockylinux9 ~]$ module load openbabel [illya@rockylinux9 ~]$ obgui }} でGUIが立ち上がります &ref(2024y06m08d_184202790.png,nolink,80%); &ref(2024y06m08d_184342951.png,nolink,80%); まぁーGUIで操作せずに、コマンドラインでほぼほぼ処理するからいいのでしょうけど。
