![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
#author("2025-05-31T09:39:32+00:00","default:sysosa","sysosa") #author("2025-05-31T10:36:38+00:00","default:sysosa","sysosa") 本家様 [[https://github.com/RosettaCommons/RFantibody>+https://github.com/RosettaCommons/RFantibody]] No description, website, or topics provided. Structure-Based de novo Antibody Design (chatGPTから) 「RFantibody は、人工的な抗体（Antibody）をAIで設計するためのツール／モデルで、RFdiffusion をベースにした特化型の拡張モデルです。 特に、抗原（ターゲット分子）に結合する抗体の構造を設計することに優れています」 ***構築 [#acc5a4f0] ドキュメントにはDockerfileでdockerイメージを作って、dockerコンテナ内で作業するみたい （Dockerfileを読むと python3.10で poetry をpipで入れているだけなのでdocker使わなくてもいけるんじゃね？って思うのだが...) まずはdokerの準備. [[docker]]. ユーザがdockerを動かす際にグループdockerに使用者アカウントを追加するか rootless docker で使うかがある. このRFantibody では前者、グループdockerに使用者アカウントを登録して使うようにしている. #code(nonumber){{ [root@rockylinux9 ~]# cd /apps/ [root@rockylinux9 apps]# git clone https://github.com/RosettaCommons/RFantibody [root@rockylinux9 apps]# cd RFantibody/ [root@rockylinux9 RFantibody]# }} Weightsファイルをダウンロードします #code(nonumber){{ [root@rockylinux9 RFantibody]# bash include/download_weights.sh [root@rockylinux9 RFantibody]# ls -l weights/ total 766504 -rw-r--r--. 1 root root 6681301 Oct 21 2024 ProteinMPNN_v48_noise_0.2.pt -rw-r--r--. 1 root root 294759918 Nov 27 2024 RF2_ab.pt -rw-r--r--. 1 root root 483452922 Dec 8 19:11 RFdiffusion_Ab.pt [root@rockylinux9 RFantibody]# ls -lh weights/ total 749M -rw-r--r--. 1 root root 6.4M Oct 21 2024 ProteinMPNN_v48_noise_0.2.pt -rw-r--r--. 1 root root 282M Nov 27 2024 RF2_ab.pt -rw-r--r--. 1 root root 462M Dec 8 19:11 RFdiffusion_Ab.pt [root@rockylinux9 RFantibody]# }} 「/apps/RFantibody/weights」に保存されます dokcerイメージを作ります #code(nonumber){{ [root@rockylinux9 RFantibody]# ls -l total 176 drwxr-xr-x. 2 root root 143 May 31 17:11 bin -rw-r--r--. 1 root root 609 May 31 17:11 Dockerfile drwxr-xr-x. 4 root root 86 May 31 17:11 include -rw-r--r--. 1 root root 1092 May 31 17:11 LICENSE -rw-r--r--. 1 root root 144095 May 31 17:11 poetry.lock -rw-r--r--. 1 root root 952 May 31 17:11 pyproject.toml -rw-r--r--. 1 root root 20211 May 31 17:11 README.md drwxr-xr-x. 5 root root 171 May 31 17:11 scripts drwxr-xr-x. 3 root root 24 May 31 17:11 src drwxr-xr-x. 3 root root 56 May 31 17:11 tests drwxr-xr-x. 2 root root 84 May 31 17:13 weights [root@rockylinux9 RFantibody]# [root@rockylinux9 RFantibody]# docker build -t rfantibody . [root@rockylinux9 RFantibody]# docker images REPOSITORY TAG IMAGE ID CREATED SIZE rfantibody latest f907d8dcc2d3 About an hour ago 10.1GB nvidia/cuda 11.8.0-runtime-ubuntu22.04 d8fb74ecc8b2 18 months ago 2.65GB [root@rockylinux9 RFantibody]# }} ***つかう [#i4f594f6] ユーザをグループ docker に参加させて、dockerを起動させます. その後に「bash /home/include/setup.sh」でsetupを行います. #code(nonumber){{ [saber@rockylinux9 ~]$ id uid=1001(saber) gid=1001(saber) groups=1001(saber),979(docker) context=unconfined_u:unconfined_r:unconfined_t:s0-s0:c0.c1023 [saber@rockylinux9 ~]$ docker run --name rfantibody --gpus all -v /apps/RFantibody:/home --memory 10g -it rfantibody root@ecec10049780:/home# root@ecec10049780:/home# bash /home/include/setup.sh }} 途中で降りたら NAME を使って docker を再開させ、attachで接続する #code(nonumber){{ root@ecec10049780:/home# exit exit [saber@rockylinux9 ~]$ [saber@rockylinux9 ~]$ docker ps CONTAINER ID IMAGE COMMAND CREATED STATUS PORTS NAMES [saber@rockylinux9 ~]$ docker ps -a CONTAINER ID IMAGE COMMAND CREATED STATUS PORTS NAMES ecec10049780 rfantibody "/bin/sh -c /bin/bash" 14 minutes ago Exited (0) 19 seconds ago rfantibody [saber@rockylinux9 ~]$ [saber@rockylinux9 ~]$ docker start rfantibody rfantibody [saber@rockylinux9 ~]$ docker attach rfantibody root@ecec10049780:/home# }}
