SPRING の変更点

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#author("2022-10-29T16:13:53+00:00","default:sysosa","sysosa")
#author("2024-09-08T14:06:35+00:00","default:sysosa","sysosa")
&size(10){過去記事 version0.86 [[SPRING-v0-86-1661]]};

本家様 [[https://spring.fz-juelich.de/index.html>+https://spring.fz-juelich.de/index.html]]
versionが0.87になりました.

これまでのインストール方法からがらりと変わってeman2.91のconda環境を使ってインストールするようになっています。
そしてSPRINGのプログラムは eman2.91 のbinに入る感じですね.


インストール手順書が[[https://spring.fz-juelich.de/install.html>+https://spring.fz-juelich.de/install.html]]に記載されてますが、eman2.91がまだインストールされていないことを前提にしている.
確かにこのスクリプトを取得して自分のアカウントで走らせればSPRINGは即利用できます
だが、ここはrootがプログラムを設置して各ユーザがプログラムを共有的に使えるようにしているので、この方法は採用しずらい.

っで手順書を参考にしてすでにeman2.91があって、それと統合させるようにインストールを試みた

***eman2.91 [#l44fa158]
すでに[[EMAN2]]にてeman2.91がインストール済みとします


***eman2.91に追加のpythonパッケージをインストールする [#jbc97825]
追加のpythonパッケージは
-mpi4py
-tabulate
-sqlalchemy
-vispy

の４つ. 手順書には取得先が明記されているようで、そのまま利用します
#code(nonumber){{
[root@centos7 ~]# cd /apps/
[root@centos7 apps]# PKGEXT=package-extend.txt
[root@centos7 apps]# echo https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64/mpi4py-3.0.1-py37hd955b32_0.tar.bz2#a8d6d7bbfc42b60c93055265d4df15a1 > $PKGEXT
[root@centos7 apps]# echo https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/tabulate-0.8.9-py37h06a4308_0.conda#c32cab843dc3438861fc2a57dec9504f >> $PKGEXT
[root@centos7 apps]# echo https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/sqlalchemy-1.3.23-py37h27cfd23_0.conda#2735db8ef0248df3e21603ae90840a43 >> $PKGEXT
[root@centos7 apps]# echo https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/vispy-0.5.3-py37hee6b756_0.conda#b59cd485c209f6de0a64b2c415cb7bd9 >> $PKGEXT
}}
として「package-extend.txt」を得る。中身は
#code(nonumber){{
[root@centos7 apps]# cat package-extend.txt
https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64/mpi4py-3.0.1-py37hd955b32_0.tar.bz2#a8d6d7bbfc42b60c93055265d4df15a1
https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/tabulate-0.8.9-py37h06a4308_0.conda#c32cab843dc3438861fc2a57dec9504f
https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/sqlalchemy-1.3.23-py37h27cfd23_0.conda#2735db8ef0248df3e21603ae90840a43
https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/vispy-0.5.3-py37hee6b756_0.conda#b59cd485c209f6de0a64b2c415cb7bd9
[root@centos7 apps]#
}}

っで、これをeman2.91のconda環境に組み込む. ここでは/apps/pyenv に pyenv/anaconda のpython実行環境を用意しているが、これとは関係なくeman2.91のconda環境に組み込むことなります
なので
#code(nonumber){{
[root@centos7 apps]# module load eman2/2.91
[root@centos7 apps]# echo $PATH
/apps/eman2.91/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

[root@centos7 apps]# which python
/apps/eman2.91/bin/python

[root@centos7 apps]# which conda
/apps/eman2.91/bin/conda

[root@centos7 apps]#
}}
と環境をロードして一応確認。その後に
#code(nonumber){{
[root@centos7 apps]# conda install --file package-extend.txt
 :
 :
The following NEW packages will be INSTALLED:

  mpi4py             conda-forge/linux-64::mpi4py-3.0.1-py37hd955b32_0
  sqlalchemy         pkgs/main/linux-64::sqlalchemy-1.3.23-py37h27cfd23_0
  tabulate           pkgs/main/linux-64::tabulate-0.8.9-py37h06a4308_0
  vispy              pkgs/main/linux-64::vispy-0.5.3-py37hee6b756_0


Proceed ([y]/n)? y
 :
[root@centos7 apps]#
[root@centos7 apps]# rm package-extend.txt
}}

***eman2.91のbinにctffindをインストールする [#k4ac19fa]
手順書に従います
#code(nonumber){{
[root@centos7 apps]# wget https://spring.fz-juelich.de/_download/ctffind-binaries-linux.tar.gz
[root@centos7 apps]# cd /apps/eman2.91/bin/..

[root@centos7 eman2.91]# tar xfv ../ctffind-binaries-linux.tar.gz
bin/ctffind
bin/ctftilt_mp.exe
[root@centos7 eman2.91]# rm ../ctffind-binaries-linux.tar.gz
}}

このインストールしたctffindなのだが
#code(nonumber){{
[root@centos7 eman2.91]# bin/ctffind


        **   Welcome to Ctffind   **

            Version : 4.1.9
           Compiled : Dec  2 2017
               Mode : Interactive

Input image file name [input.mrc]                  : ^C
[root@centos7 eman2.91]#
[root@centos7 eman2.91]# bin/ctftilt_mp.exe

 CTF TILT DETERMINATION, V1.7 (9-Jun-2014)
  Copyright 2013 Howard Hughes Medical Institute.
  All rights reserved.
  Use is subject to Janelia Farm Research Campus Software Copyright 1.1
  license terms ( http://license.janelia.org/license/jfrc_copyright_1_1.html )


 Parallel processing: NCPUS =          8

 Input image file name
^C
[root@centos7 eman2.91]#
}}
と現行の4.1.14より古いみたい.

***eman2.91のpythonを使ってemspringをインストールします [#d91d4dda]
手順書に従って
#code(nonumber){{
[root@centos7 apps]# wget --inet4-only https://files.pythonhosted.org/packages/c7/c0/881d59f0aaa676142fedea7fb789fe35f22bae3746497db04663b95f7686/emspring-0.87.1724.tar.gz
[root@centos7 apps]# tar xf emspring-0.87.1724.tar.gz
[root@centos7 apps]# cd emspring-0.87.1724/
[root@centos7 emspring-0.87.1724]#

[root@centos7 emspring-0.87.1724]# which python
/apps/eman2.91/bin/python

[root@centos7 emspring-0.87.1724]# python setup.py install
 :
Installed /apps/eman2.91/lib/python3.7/site-packages/emspring-0.87.1724-py3.7.egg
Processing dependencies for emspring==0.87.1724
Finished processing dependencies for emspring==0.87.1724

[root@centos7 emspring-0.87.1724]#
[root@centos7 emspring-0.87.1724]# cd ..
[root@centos7 apps]# rm -rf emspring-0.87.1724 emspring-0.87.1724.tar.gz
}}

これで終了.

***起動 [#t971b623]

eman2.91の中に組み込んでいるので eman2.91 の実行環境をロードすれば使える.

#code(nonumber){{
[illya@centos7 ~]$ module load eman2/2.91
[illya@centos7 ~]$ spring

/apps/eman2.91/lib/python3.7/site-packages/vispy/visuals/line/line.py:395: FutureWarning: Passing (type, 1) or '1type' as a synonym of type is deprecated; in a future version of numpy, it will be understood as (type, (1,)) / '(1,)type'.
  ('color', np.float32, 4)])
/apps/eman2.91/lib/python3.7/site-packages/vispy/visuals/line/arrow.py:57: FutureWarning: Passing (type, 1) or '1type' as a synonym of type is deprecated; in a future version of numpy, it will be understood as (type, (1,)) / '(1,)type'.
  ('linewidth', np.float32, 1)
/apps/eman2.91/lib/python3.7/site-packages/vispy/visuals/isocurve.py:22: UserWarning: VisPy is not yet compatible with matplotlib 2.2+
  warnings.warn("VisPy is not yet compatible with matplotlib 2.2+")

}}
&ref(2022y01m13d_223154097.png,nolink);



waringが発生しますが、FutureWarningなので気にしない. 「将来のversionでこの書式はサポートされなくなるからね」ってな感じ.
「VisPy is not yet compatible with matplotlib 2.2+」の方は eman2.91で適用されているmatplotlibは 3.2.2 で不適合と判断されたのかと. 
VisPyは「https://pypi.org/project/vispy/」を見るに最新 0.9.4、matplotlibの最新は「https://pypi.org/project/matplotlib/」から　3.5.1.
指示書で VisPyは 0.5.3 を採用されているのでいかんともしがたい.


***メモ [#wd3ebcce]
FutureWarningとかのメッセージですが、vispyを「0.6.0」にすれば回避できるみたい
#code(nonumber){{
[root@centos7 ~]# module use /apps/modulefiles

[root@centos7 ~]# module load eman2/2.91

[root@centos7 ~]# which conda
/apps/eman2.91/bin/conda

[root@centos7 ~]# conda install vispy==0.6 -c conda-forge
}}
これでエラーなく起動できました。