#author("2019-06-24T16:17:13+00:00","default:sysosa","sysosa")
#author("2019-06-24T17:13:42+00:00","default:sysosa","sysosa")
本家様[[http://sphire.mpg.de/wiki/doku.php?id=downloads:transphire_1>+http://sphire.mpg.de/wiki/doku.php?id=downloads:transphire_1]]
GitHub[[https://github.com/MPI-Dortmund/transphire>+https://github.com/MPI-Dortmund/transphire]]

「Cryo-EM on the fly processing pipeline.」とある。

電顕で撮影しながら裏で処理を回して、撮影が終わったころには次のステップへ進めれる状態にするものの一つ
電顕で撮影しながら裏で処理を回して、撮影が終わったころには次の次なステップへ進めれる状態にするものの一つ
[[Relion/relion_it.py]]と同様かな。
[[Leginon]] [[Gwatch]] [[Focus]] &size(10){[[silo]]};も同等かな

***下準備 [#bb4b4792]
[[https://github.com/MPI-Dortmund/transphire/wiki/Installation>+https://github.com/MPI-Dortmund/transphire/wiki/Installation]]によれば、
-IMOD 4.9:
http://bio3d.colorado.edu/imod
-MotionCor2 1.0.0/1.0.5/1.1.0:
http://msg.ucsf.edu/em/software/motioncor2.html
-SumMovie 1.0.2:
http://grigoriefflab.janelia.org/unblur
-CTER 1.0:
http://sphire.mpg.de
-CTFFIND 4.1.8/4.1.10:
http://grigoriefflab.janelia.org/ctf
-Gctf 1.06,1.18:
https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang
-crYOLO 1.0.4/1.0.5/1.1.0: 
http://sphire.mpg.de

らが必要のようである。
またpython3.6実行環境が必要なようで、ここでは[[crYOLO]]を構築する際に作り上げた pyenv 環境を利用します

***インストール [#pc6dc111]
pyenv環境を利用できるようにして、
#code(nonumber){{
[root@c ~]# export PYENV_ROOT=/Appl/pyenv
[root@c ~]# export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
[root@c ~]# eval "$(pyenv init -)"
[root@c ~]# export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-5.3.1/bin/:$PATH
}}

「TranSPHIRE」環境を作ります
#code(nonumber){{
[root@c ~]# conda create -n transphire python=3.6 pyqt=5

(crYOLOの時は下記を使ってました)
[root@c ~]# conda create -n cryolo -c anaconda python=3.6 pyqt=5 cudnn=7.1.2


[root@c ~]# conda env list
# conda environments:
#
                         /Appl/eman2.3
base                  *  /Appl/pyenv/versions/anaconda3-5.3.1
cryolo                   /Appl/pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/envs/cryolo
transphire               /Appl/pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/envs/transphire
[root@c ~]#

[root@c  ~]# source activate transphire
(transphire) [root@c  ~]# pip install transphire
Collecting transphire
  Downloading ....
 :
 :
Building wheels for collected packages: telepot, idna-ssl
  Building wheel for telepot (setup.py) ... done
  Stored in directory: /root/.cache/pip/wheels/65/17/50/983034e27e6b5d8dfc497a51b5b13d970d8018a83f47e6513a
  Building wheel for idna-ssl (setup.py) ... done
  Stored in directory: /root/.cache/pip/wheels/d3/00/b3/32d613e19e08a739751dd6bf998cfed277728f8b2127ad4eb7
Successfully built telepot idna-ssl
Installing collected packages: pillow, numpy, imageio, urllib3, idna, idna-ssl, multidict, yarl, (略
Successfully installed aiohttp-3.5.4 async-timeout-3.0.1 attrs-19.1.0 chardet-3.0.4 cycler-0.10.0 (略

(transphire) [root@c  ~]#
}}

***使ってみる [#y82e34f5]
一般ユーザで起動するには
#code(nonumber){{
[saber@c ~]$ export PYENV_ROOT=/Appl/pyenv
[saber@c ~]$ export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
[saber@c ~]$ eval "$(pyenv init - --no-rehash)"
[saber@c ~]$ export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-5.3.1/bin/:$PATH

[saber@c ~]$ source activate transphire
(transphire) [saber@c ~]$
}}
と環境に移行してからプログラムを実行します

#code(nonumber){{
(transphire) [saber@c ~]$ transphire --edit_settings

あるいは
(transphire) [saber@c ~]$ transphire
}}
として、まず
-連携アプリの設定
&ref(2019y06m25d_003932145.png,nolink);
-TranSPHIREの設定
&ref(2019y06m25d_003948407.png,nolink);

を行います。その設定が終わると
&ref(2019y06m25d_010647393.png,nolink);
な画面が表示される。

使い方はこちらを参照かな
[[https://github.com/MPI-Dortmund/transphire/wiki/run-transphire>+https://github.com/MPI-Dortmund/transphire/wiki/run-transphire]]

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