![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
#author("2019-10-14T16:17:17+00:00","default:sysosa","sysosa") #author("2019-10-18T22:24:16+00:00","default:sysosa","sysosa") 御アクセス頂き誠にありがとうございます。 当サイトは個人の備忘録として存在しております。 そのため、内容は極めて個人的な域をでず、故、内容には一切の責任を持てない事を重々ご了承のほど願います。 然るに、其の採用・参考は自己責任にてお願い申し上げます。内容が古い、間違っている、読みにくい、 誤字脱字、不明瞭、意味不明、駄文とのご感想の際には謹んで深くお詫び申し上げます。 国語の学が弱い若輩故、文書きに長けておりませぬ故、深く恐縮申し上げます。 気が向くままに描いた記事たち。小さく隅に置かれる記事でございますが、いつかは完成させたく存じます。 ~ 東京五輪、招致成功に万歳。 研究活動を促進するIT支援な仕事がしたいです、しかも現場で、、ってどなたか..... &size(10){問い合わせ先：info_at_sysosa.jp &color(red){*};_at_を＠にして下さい}; &size(10){ミラーサイト: [[http://chaperone.sakura.ne.jp/w/>+http://chaperone.sakura.ne.jp/w/]]}; -R1(2019).10.19 110x70x70の机を注文. 32inchモニターでは奥行きの大きい机が欲しくなる. -R1(2019).10.15 webサーバ兼検証サーバをCentOS8へ変更. samba,dnsmasqを調整. 今後/Applは/appsに変更します. EMAN2.31がリリースされている. 近いうちにupします. -R1(2019).10.9 台風が来るそうな. その日にでもこのサイトをCentOS7から8にしてみようかな. -R1(2019).10.7 ようやく秋の夜長でしょうか. 温泉旅館で寛ぎたい... -R1(2019).10.4 CentOS8からfltk-fluidパッケージが削れた. なのでrelionをコンパイルするには「-DFORCE_OWN_FLTK=ON」を 追加する必要がある。今後、他のリポジトリで復活するかもしれないけど. -R1(2019).10.1 CentOS8. 従来系の8.0.1905(8.X)と8-stream系の二系統用意されているみたい. ここでは従来型しか扱わないかな. 他のサイトを見るとインストールレビューが既にあがっている. ここではインストール手順らは書かないかな. -R1(2019).9.24 CentOS8リリースおめでとうございます. [[distrowatch>+https://distrowatch.com/table.php?distribution=centos]]を見ていて、kernelが3.10->4.18、gccが4.8.5->8.2.1、phpが5.4.16->7.2.11、pythonが2.7.5->3.6.8 cmakeが2.8.12.2->3.11.4、xfsprogsが4.5.0->4.19.0、openmpiは3.1.2 注目したいのはこれでxfsで重複排除ができるかどうか。 バージョン的にはxfsprogs-4.9.0,kernel-4.9.1より上なので行けると思うのだが.. pythonの3.6はありがたい. phpは7.2.11で高速化ですな. -R1(2019).9.19 CentOS7.7がリリースされた. それ自体はいいのだが、CentOS7.6でInfiniband関係が入ってるマシンに openmpi3が入らなかった...どうもopenmpi3が3.0.2(CentOS7.6)から3.1.3(CentOS7.7)にupしたみたい. なので vault.centos.org 様から3.0.2を入手してインストール. まぁyum updateすれば別にいいのだろうが、 他への支障を避けるために. -R1(2019).9.11 データの取り扱いを/data01, /data02とかで区切るのは簡単明瞭. このフォルダにProjectを入れればいい. だが、/data01が埋まって/data02へ移ると、/data01のProjectは/data02に引き継げない. linkで誤魔化す？ そこに記憶域poolを使うとか考えている. linuxならzfs、windowsなら記憶域pool 記憶域poolからの領域の切り出しとquotaって同義？ -R1(2019).9.10 BeeGFSを実機で作ってみた[[BeeGFS/Test]]. 1台と2台の構成でしか試していないが2倍の速度にはなる。 パラメータを弄っていない状態. BeeGFSで出ているチューニングを試してみるかな. -R1(2019).9.2 BeeGFSの実機検証進行中. それとともにwindows storage serverの重複除去を検討中. ファイルベースでなくブロックベースで重複を排除してくれるみたい テープにアーカイブもいいが、取り出しが面倒. 最終的にはテープかもしれないが、めったに使わないのなら重複除去な ストレージ領域に移動させるのもありかな？ -R1(2019).8.22 GitBucketを4.14.0から4.32.0へ上げたら動かなくなった...幸いバックアップを取ってupdate作業を行ったので 元に戻せたが、非常に焦った。っで元に戻して4.15.0, 4.16.0, ...と順次updateを行い(途中省略あり)4.32.0へ行けた. アップグレードパス情報があれば嬉しいかな... -R1(2019).8.20 10年使っているwindows7マシンを再起動したら動かなくなった... -R1(2019).8.18 オープンデベロッパーズカンファレンス2019を見学予定. -R1(2019).8.11 夏休みの自由研究としてBeeGFSを実機で作ってみることにした -R1(2019).8.8 CentOS7で提供されるopenmpiが 1.10.7 のほかに 3.0.2 がある。 今後はこの 3.0.2 を使ったコンパイル方法を示す予定. -R1(2019).8.4 CentOSでxdmcpとnoVNCの連携は成功したが、ubuntuとはどうも繋がらない...gdm3をlightdmにすればできるのだろうか... -R1(2019).8.3 [[vnc/noVNC]]にXDMCPを繋げることに成功した。セキュア云々はあるけど、rootでnoVNCのwebsockifyを掲げ、 XDMCPを許可すればいけそう。これでブラウザがX端末になるのかな。 -R1(2019).8.1 データを集めて解析するにはすっごい時間を要するが、無くすのは一瞬だなぁ....1week分のデータが消えた.. -R1(2019).7.31 ubuntu-18.04でvnc/noVNCを構築. 一応完成したがお客さんの所で動かないみたい....現地かなぁ... -R1(2019).7.28 ubuntu-18.04にcudaをインストール. 以前はできたのに9.2が入らない...仕方なく10.1を入れて 後から9.2、9.1、9.0、8.0のライブラリのみを追加インストール. -R1(2019).7.21 sambaをそろそろupdate. sambaも4.10.6なのね. [[samba/リモートサーバ管理ツール]]なLinuxツールが欲しいかな. まぁコマンドラインでできなくはないけど... -R1(2019).7.18 黙祷 -R1(2019).7.12 cryoSPARCで計算後に/scratchにデータが残ってる...[[pbspro/PBS_TMPDIR]]な感じで指定できないものか.... -R1(2019).7.5 ようやくCentOS7でBridge routerが作れた [[router/Bridge]] -R1(2019).7.3 VMwareEsxi5.1をずっと使っている. WindowsServer2019には対応してなく、さすがにupdateを考えねば... relion-3.0.7がリリース. EMAN2との連携 [[EMAN2/OpenMPI]] がようやくできそう. っと思ったらOpenMPI-4.0とEMAN2.3の組み合わせはダメみたい. なのでOpenMPI-2.1と連携へ. -R1(2019).6.30 MS謹製ActiveDirectoryのアカウント情報を使ってLinuxへのログインをできるようにしたい. WindowsServerでADのスキーマ拡張ができなければ、「rid idmap」を使うしかないかな WSL2でcudaが初回未サーポートの出典 [[https://twitter.com/tara_msft/status/1125888319974400000?s=21]] -R1(2019).6.26 cryoSPARC v2.9がリリースされた. 最近updateが早いですな. Liveはいつリリースなのかしら. -R1(2019).6.25 USB-3.0/3.1ポートがあれば、2.5G/5G/10Gのnicが作れる. M/Bに必須と言うわけでもないのかな. グレードの高いGPUカードを2枚か、安価で4枚か. 「--free_gpu_memory」でメモリー量を検討中 KVMを経由してLinux上のGPUを仮想マシン(windows)で使えそう...qsub -Iでマシンを占有して仮想マシンを立ち上げればOKかな -R1(2019).6.24 EMAN2向けのopenmpiとRelion向けのopenmpiの共用ができた. EMAN2のthreads計算はpsコマンドの出力から見て 効率がよさそう. 多コア時代、あえてMPIで計算する必要は微妙なのかな？ -R1(2019).6.22 EMAN2のチュートリアルを試している. ハイブリッドではないみたい. threadsとMPIの双方が存在する形っぽい. 単一マシンならthreads指定で計算させ、複数のマシンで計算するならMPIを使うって感じ. e2projectmanagerからqsubで実行できないようなので、コマンド行をコピペしてqsubファイルを作るのが面倒かな... まぁ計算ノードに直接ログインして実行っていうスタイルかな -R1(2019).6.20 体が重い... EMAN2のチュートリアルを試している. EMAN2謹製のOpenMPIを外して、dlopenなしでコンパイルしたOpenMPIを 試すために. これで問題ないなら Relion と共用するOpenMPIが用意できる. -R1(2019).6.17 無線LANでPCをドメイン認証させるにはIEEE802.1x認証/WAP(/2)エンタープライズ経由による認証が必要みたい 一応無線LAN機能があるLinuxマシンにhostapdを仕込めば高価な企業向けAPを購入せず目的は達成できる (クライアントの無線LAN子機は必要だけど) これってmacOSにも言えるのだろうか.... -R1(2019).6.14 dlopenを外したOpenMPIがEMAN2では必要みたい。っでそのOpenMPIはrelionでそのまま使えるのか検証中. OS提供のOpenMPIはdlopenが有効な代物. -R1(2019).6.11 とあるデータをExcelでマージ中. テキストならWinMergeなのだが、相手はExcel. いっそSQLiteに入れてSQLで対処とか考えたけど、オリジナルデータが結構ダーティ気味で無理. っとなると濃い目の珈琲を飲みつつ集中作業で仕上げるほかない...広い画面のモニターを購入したのだが...箱から出さねば.. -R1(2019).6.6 zfsの実装系の一つ ZFS on Linux が zfs-0.8.0 をリリース. zpool removeは嬉しいかな. ただraidzには使えないみたい. まぁーそうだね. あと raidz expansion はいいねぇ〜. まぁーalpha previewなので当分かかりそうだけど -R1(2019).5.30 CentOS6でBridge-routerの試作に成功. CentOS7でも出来そうなのだが、、、 さくらのSSL. 今は[[certbot]]を使ってLet's Encrypt様の証明書を貰っているが、年間972円だそうな. Let's Encrypt様で事は足りているが、勉強のために試そうかな -R1(2019).5.26 CentOS7でBridge-routerを試作しているのだが、、進展なし...CentOS6のiptablesなら出来そうなのだが... -R1(2019).5.24 bridgeなんだけど、片方からの特定の接続は落としたい. [GW]---[居室LAN]---[Bridge]----[windowsPC] な感じで windowsPCのSMB,HTTP要求は[居室LAN]へ繋げたいが、[GW]を経て外部には行かせたくない. そんな[Brdige]を試作中 -R1(2019).5.22 adslでdaznが見れる... -R1(2019).5.21 「使ってないから使っていいだろ」な方が翌日には「空きがなくて使えない」と曰く 利用時間に制限を設けてはと伝えるも、「計算は最後まで走らせたい」は譲らない. さてさて... パラメーターを変更してジョブを複数同時に投げられる. /scratchには同じものが展開されるのだが、 ならnfsサーバを階層型ストレージで用意すればいいのかな？ -R1(2019).5.20 RAIDコントローラーが故障で全てが停止. まさにSingle Point of Failure. NFSサーバの二重化、RAIDカードの冗長化とかで停止時間の低減は可能でしょうが、費用も嵩むお話。 -R1(2019).5.17 siloにてeman2関係をIMODへ変更. 速度は若干上がるかな. sambaADに参加させたmacOS. 挙動が？？な感じ. OS再インストールで回避したサイトもあり、どよようか検討 -R1(2019).5.11 1m 1000円の10G SFP+ダイレクトアタッチケーブルが届いた. relion-3.0.5がリリースされていた. -R1(2019).5.9 そろそろsambaの記事を更新したい...samba-4.10がリリースされて、そのupdateも兼ねて siloの更新はほぼほぼ完了. フローチャートととか解析ログをリアルタイムに表示させたいが、この辺は次回かな -R1(2019).5.7 23インチのモニターが狭いと感じ始めた...27か31インチか... -R1(2019).5.5 連休中..ずっとsiloだった... -R1(2019).5.1 祝 令和元年 連休中はsiloの手直し. Gautomatch,LoG,crYOLOの３種のpickツールが使えて、2Dclassまで行えるようにする. 一応は出来ていたのだが、pickツールを追加したことで見直し中. BeeGFSの検証は連休後半かな. -H31(2019).4.19 Let's Encryptの無償SSL/TLSをFileMakerServerに組み込んでみた. crYOLOをcsh/tcshからも使えるようにしてみた. 次はsiloから呼び出してみる. これが終ればようやく2D. qdelしたら/scratchの中身も消してくれたらいいのに.... -H31(2019).4.15 InfiniBand switchだが、、先方に手違いがあったようで全額返金になった... -H31(2019).4.14 9年ぶりにメインのPCを交換.無線経由でAD参加ってかなり面倒... -H31(2019).4.12 10GbpsのHUBを購入してみた. CRS305. 4*10G SFP+,1*1G Ethな構成. それにしてもInfiniBand switchが来ない... -H31(2019).4.4 Supermicroさんからipmi付きThreadripper対応なMBはまだないいたい。あぁEPYC対応品ならあるけど... -H31(2019).4.3 TensorFlowが必要な事態になった...各ユーザのホームディレクトリ内で構築してもらうのが便利なんだろうけど、 複数ユーザがそれをしたら無駄だよなぁ....かと言ってsystem側で用意すると画一的となって数多あるアプリへの 柔軟性が欠落してしまう...ユーザ側のディスクトップに/Appl/users/<user>を設けてそこにアプリを自由に インストールさせ、ユーザの/home/<user>は中央で管理がいいのだろうか... -H31(2019).4.1 新年度 積み残しが多くて困っている...なんとかせねば siloでpickとか2Dはできるのだが、エレガントではない. もっと操作性を高めてみたい -H31(2019).3.29 年度末最後まで多忙... ebayに注文したInfiniBand Switchがまだ来ない... -H31(2019).3.24 windowsServerで作ったNFS領域をLinuxでマウントして、Linuxから[[inotify-tools]]で監視したのだが、ファイル作成の完了などは 感知できなかった...Linuxで作ったsmb領域をwindowsがマウントして、Linux側から監視することは出来ているのだが... -H31(2019).3.22 胃腸炎はだいぶ楽に...っが、風邪を引いた.. -H31(2019).3.19 胃腸炎になったっぽい. この年度末にきつい... -H31(2019).3.18 [[Appion]]を作り直してみた. これって非常に難解. windowsServerのNFSでexportはできて、linuxクライアントでmountもできた. っが、ユーザでのアクセスができない...mappingファイルの調整で行けるようなのだが、成功してない.. -H31(2019).3.11 合掌 -H31(2019).3.10 MS様のWindows Storage ServerでNFSは運用できる。LinuxのNFSよりいいのか不明。だたこれを言い出すと BSD系とかSolaris様、FreeNAS様、QNAP様とか検討先は多数に及ぶ。パフォーマンスは重要だけど、 万が一のドキュメント、訊ける先、費用(+人件費)らが色々絡み合う。資料を探せねば.... -H31(2019).3.7 一回休み -H31(2019).3.5 google先生から「ページがモバイル フレンドリーではありません。」と言われてたので修正してみた。 SEO対策ではなく、単に自身がモバイルを使って確かにフレンドリーではないなと感じたから... -H31(2019).3.4 「Visual Studio Professional with MSDN」で複数のwindowsOS環境で検証できるのだが、、検討中.... -H31(2019).3.3 ebayでinfiniBand switchを購入したのだが、まだ来ない. 一方で10gSwitchもそろそろ揃え様かと思案中. -H31(2019).3.2 年度末...ぅーん香ばしくなってきた.. -H31(2019).2.28 cuda-10.1がリリースされた -H31(2019).2.23 cryoSPARCなんだけど、、クラスター運用でgpuid:0は使われてないっぽい...「cluster_script.sh」のdevidxを0から探索にすれば 回避っぽいのだが....意図が分からぬ [[pigz]]の威力が凄すぎる. -H31(2019).2.20 infiniBandカード到着. っが試す時間がない... usb3.xメモリーをM/Bに刺してHDD化できないものか... -H31(2019).2.16 CentOS6のインストーラーはInfiniBandカードを認識してたのに、CentOS7では認識しない。困った... -H31(2019).2.14 複数nicな計算機にPXEbootでOSインスト. bootdevが必要だった...しかもCentOS7なのでnet.ifnames=0でethX名称に... -H31(2019).2.13 InfiniBand Switchをebayで購入. まぁ中古だけど. SubnetManagerなしなunmanagedだけど. -H31(2019).2.10 BeeGFSのmulti mode完成. client機能部分のドキュメントが不足気味で苦労. あと本家のページは微妙... ctffind-4.1.13でマルチスレッドが使えるようになった. 「ctffind -j:4」とかで指定 -H31(2019).2.7 [relion --idle 0]なら無制限って思ったけど、違ってた... -H31(2019).2.6 久々にsilo. ある要望でBeam shiftに対応中. 20secに１枚かぁ... -H31(2019).2.1 rsyncで同期を取ると現在漏れなくsshが仲立ちしてくれる。 これはこれでいいのだが、従来のrsyncdでsshを介さない方が速い様な気がする -H31(2019).1.20 コマンド、ライブラリが被らないなら/usr/localに配置させ、被る可能性のあるのはmoduleコマンドで 隔離すべきなのかな？ただ、その際もloadする際に、被る対象をunloadさせるべきなのかも。 -H31(2019).1.14 dhtmlxばかり使っているが、jQuery UIにも慣れた方がいいのかも... -H31(2019).1.11 windows10が再起動してしまった... -H31(2019).1.1 謹賀新年 -H30(2018).12.27 siloに複数のpickerを入れたり、relion_it.pyのように2D/3Dを導入したいのだが、時間取れない.... dhtmlxをEnterprise Licenseに更新 &size(10){[[過去メモ>diary]]};
