#author("2019-10-14T16:17:17+00:00","default:sysosa","sysosa")
#author("2019-10-18T22:24:16+00:00","default:sysosa","sysosa")
御アクセス頂き誠にありがとうございます。

当サイトは個人の備忘録として存在しております。

そのため、内容は極めて個人的な域をでず、故、内容には一切の責任を持てない事を重々ご了承のほど願います。

然るに、其の採用・参考は自己責任にてお願い申し上げます。内容が古い、間違っている、読みにくい、

誤字脱字、不明瞭、意味不明、駄文とのご感想の際には謹んで深くお詫び申し上げます。

国語の学が弱い若輩故、文書きに長けておりませぬ故、深く恐縮申し上げます。

気が向くままに描いた記事たち。小さく隅に置かれる記事でございますが、いつかは完成させたく存じます。

~

東京五輪、招致成功に万歳。

研究活動を促進するIT支援な仕事がしたいです、しかも現場で、、ってどなたか.....
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-R1(2019).10.19
110x70x70の机を注文. 32inchモニターでは奥行きの大きい机が欲しくなる.
-R1(2019).10.15
webサーバ兼検証サーバをCentOS8へ変更. samba,dnsmasqを調整. 今後/Applは/appsに変更します. 
EMAN2.31がリリースされている. 近いうちにupします.
-R1(2019).10.9
台風が来るそうな. その日にでもこのサイトをCentOS7から8にしてみようかな.
-R1(2019).10.7
ようやく秋の夜長でしょうか. 温泉旅館で寛ぎたい...
-R1(2019).10.4
CentOS8からfltk-fluidパッケージが削れた. なのでrelionをコンパイルするには「-DFORCE_OWN_FLTK=ON」を
追加する必要がある。今後、他のリポジトリで復活するかもしれないけど.
-R1(2019).10.1
CentOS8. 従来系の8.0.1905(8.X)と8-stream系の二系統用意されているみたい. ここでは従来型しか扱わないかな.
他のサイトを見るとインストールレビューが既にあがっている. ここではインストール手順らは書かないかな.
-R1(2019).9.24
CentOS8リリースおめでとうございます.
[[distrowatch>+https://distrowatch.com/table.php?distribution=centos]]を見ていて、kernelが3.10->4.18、gccが4.8.5->8.2.1、phpが5.4.16->7.2.11、pythonが2.7.5->3.6.8
cmakeが2.8.12.2->3.11.4、xfsprogsが4.5.0->4.19.0、openmpiは3.1.2
注目したいのはこれでxfsで重複排除ができるかどうか。
バージョン的にはxfsprogs-4.9.0,kernel-4.9.1より上なので行けると思うのだが..
pythonの3.6はありがたい. phpは7.2.11で高速化ですな.
-R1(2019).9.19
CentOS7.7がリリースされた. それ自体はいいのだが、CentOS7.6でInfiniband関係が入ってるマシンに
openmpi3が入らなかった...どうもopenmpi3が3.0.2(CentOS7.6)から3.1.3(CentOS7.7)にupしたみたい.
なので vault.centos.org 様から3.0.2を入手してインストール. まぁyum updateすれば別にいいのだろうが、
他への支障を避けるために.
-R1(2019).9.11
データの取り扱いを/data01, /data02とかで区切るのは簡単明瞭. このフォルダにProjectを入れればいい.
だが、/data01が埋まって/data02へ移ると、/data01のProjectは/data02に引き継げない. linkで誤魔化す?
そこに記憶域poolを使うとか考えている. linuxならzfs、windowsなら記憶域pool
記憶域poolからの領域の切り出しとquotaって同義?
-R1(2019).9.10
BeeGFSを実機で作ってみた[[BeeGFS/Test]]. 1台と2台の構成でしか試していないが2倍の速度にはなる。
パラメータを弄っていない状態. BeeGFSで出ているチューニングを試してみるかな.
-R1(2019).9.2
BeeGFSの実機検証進行中.
それとともにwindows storage serverの重複除去を検討中. ファイルベースでなくブロックベースで重複を排除してくれるみたい
テープにアーカイブもいいが、取り出しが面倒. 最終的にはテープかもしれないが、めったに使わないのなら重複除去な
ストレージ領域に移動させるのもありかな?
-R1(2019).8.22
GitBucketを4.14.0から4.32.0へ上げたら動かなくなった...幸いバックアップを取ってupdate作業を行ったので
元に戻せたが、非常に焦った。っで元に戻して4.15.0, 4.16.0, ...と順次updateを行い(途中省略あり)4.32.0へ行けた.
アップグレードパス情報があれば嬉しいかな...
-R1(2019).8.20
10年使っているwindows7マシンを再起動したら動かなくなった...
-R1(2019).8.18
オープンデベロッパーズカンファレンス2019を見学予定.
-R1(2019).8.11
夏休みの自由研究としてBeeGFSを実機で作ってみることにした
-R1(2019).8.8
CentOS7で提供されるopenmpiが 1.10.7 のほかに 3.0.2 がある。
今後はこの 3.0.2 を使ったコンパイル方法を示す予定.
-R1(2019).8.4
CentOSでxdmcpとnoVNCの連携は成功したが、ubuntuとはどうも繋がらない...gdm3をlightdmにすればできるのだろうか...
-R1(2019).8.3
[[vnc/noVNC]]にXDMCPを繋げることに成功した。セキュア云々はあるけど、rootでnoVNCのwebsockifyを掲げ、
XDMCPを許可すればいけそう。これでブラウザがX端末になるのかな。
-R1(2019).8.1
データを集めて解析するにはすっごい時間を要するが、無くすのは一瞬だなぁ....1week分のデータが消えた..
-R1(2019).7.31
ubuntu-18.04でvnc/noVNCを構築. 一応完成したがお客さんの所で動かないみたい....現地かなぁ...
-R1(2019).7.28
ubuntu-18.04にcudaをインストール. 以前はできたのに9.2が入らない...仕方なく10.1を入れて
後から9.2、9.1、9.0、8.0のライブラリのみを追加インストール. 
-R1(2019).7.21
sambaをそろそろupdate. sambaも4.10.6なのね. [[samba/リモートサーバ管理ツール]]なLinuxツールが欲しいかな.
まぁコマンドラインでできなくはないけど...
-R1(2019).7.18
黙祷
-R1(2019).7.12
cryoSPARCで計算後に/scratchにデータが残ってる...[[pbspro/PBS_TMPDIR]]な感じで指定できないものか....
-R1(2019).7.5
ようやくCentOS7でBridge routerが作れた [[router/Bridge]]
-R1(2019).7.3
VMwareEsxi5.1をずっと使っている. WindowsServer2019には対応してなく、さすがにupdateを考えねば...
relion-3.0.7がリリース. EMAN2との連携 [[EMAN2/OpenMPI]] がようやくできそう.
っと思ったらOpenMPI-4.0とEMAN2.3の組み合わせはダメみたい. なのでOpenMPI-2.1と連携へ.
-R1(2019).6.30
MS謹製ActiveDirectoryのアカウント情報を使ってLinuxへのログインをできるようにしたい.
WindowsServerでADのスキーマ拡張ができなければ、「rid idmap」を使うしかないかな
WSL2でcudaが初回未サーポートの出典 [[https://twitter.com/tara_msft/status/1125888319974400000?s=21]]
-R1(2019).6.26
cryoSPARC v2.9がリリースされた. 最近updateが早いですな. Liveはいつリリースなのかしら.
-R1(2019).6.25
USB-3.0/3.1ポートがあれば、2.5G/5G/10Gのnicが作れる. M/Bに必須と言うわけでもないのかな.
グレードの高いGPUカードを2枚か、安価で4枚か. 「--free_gpu_memory」でメモリー量を検討中
KVMを経由してLinux上のGPUを仮想マシン(windows)で使えそう...qsub -Iでマシンを占有して仮想マシンを立ち上げればOKかな
-R1(2019).6.24
EMAN2向けのopenmpiとRelion向けのopenmpiの共用ができた. EMAN2のthreads計算はpsコマンドの出力から見て
効率がよさそう. 多コア時代、あえてMPIで計算する必要は微妙なのかな?
-R1(2019).6.22
EMAN2のチュートリアルを試している. ハイブリッドではないみたい. threadsとMPIの双方が存在する形っぽい.
単一マシンならthreads指定で計算させ、複数のマシンで計算するならMPIを使うって感じ.
e2projectmanagerからqsubで実行できないようなので、コマンド行をコピペしてqsubファイルを作るのが面倒かな...
まぁ計算ノードに直接ログインして実行っていうスタイルかな
-R1(2019).6.20
体が重い...
EMAN2のチュートリアルを試している. EMAN2謹製のOpenMPIを外して、dlopenなしでコンパイルしたOpenMPIを
試すために. これで問題ないなら Relion と共用するOpenMPIが用意できる.
-R1(2019).6.17
無線LANでPCをドメイン認証させるにはIEEE802.1x認証/WAP(/2)エンタープライズ経由による認証が必要みたい
一応無線LAN機能があるLinuxマシンにhostapdを仕込めば高価な企業向けAPを購入せず目的は達成できる
(クライアントの無線LAN子機は必要だけど)
これってmacOSにも言えるのだろうか....
-R1(2019).6.14
dlopenを外したOpenMPIがEMAN2では必要みたい。っでそのOpenMPIはrelionでそのまま使えるのか検証中.
OS提供のOpenMPIはdlopenが有効な代物. 
-R1(2019).6.11
とあるデータをExcelでマージ中. テキストならWinMergeなのだが、相手はExcel.
いっそSQLiteに入れてSQLで対処とか考えたけど、オリジナルデータが結構ダーティ気味で無理.
っとなると濃い目の珈琲を飲みつつ集中作業で仕上げるほかない...広い画面のモニターを購入したのだが...箱から出さねば..
-R1(2019).6.6
zfsの実装系の一つ ZFS on Linux が zfs-0.8.0 をリリース. zpool removeは嬉しいかな.
ただraidzには使えないみたい. まぁーそうだね.
あと raidz expansion はいいねぇ〜. まぁーalpha previewなので当分かかりそうだけど
-R1(2019).5.30
CentOS6でBridge-routerの試作に成功.  CentOS7でも出来そうなのだが、、、
さくらのSSL. 今は[[certbot]]を使ってLet's Encrypt様の証明書を貰っているが、年間972円だそうな.
Let's Encrypt様で事は足りているが、勉強のために試そうかな
-R1(2019).5.26
CentOS7でBridge-routerを試作しているのだが、、進展なし...CentOS6のiptablesなら出来そうなのだが...
-R1(2019).5.24
bridgeなんだけど、片方からの特定の接続は落としたい. [GW]---[居室LAN]---[Bridge]----[windowsPC] な感じで
windowsPCのSMB,HTTP要求は[居室LAN]へ繋げたいが、[GW]を経て外部には行かせたくない.
そんな[Brdige]を試作中
-R1(2019).5.22
adslでdaznが見れる...
-R1(2019).5.21
「使ってないから使っていいだろ」な方が翌日には「空きがなくて使えない」と曰く
利用時間に制限を設けてはと伝えるも、「計算は最後まで走らせたい」は譲らない. さてさて...
パラメーターを変更してジョブを複数同時に投げられる. /scratchには同じものが展開されるのだが、
ならnfsサーバを階層型ストレージで用意すればいいのかな?
-R1(2019).5.20
RAIDコントローラーが故障で全てが停止. まさにSingle Point of Failure.
NFSサーバの二重化、RAIDカードの冗長化とかで停止時間の低減は可能でしょうが、費用も嵩むお話。
-R1(2019).5.17
siloにてeman2関係をIMODへ変更. 速度は若干上がるかな.
sambaADに参加させたmacOS. 挙動が??な感じ. OS再インストールで回避したサイトもあり、どよようか検討
-R1(2019).5.11
1m 1000円の10G SFP+ダイレクトアタッチケーブルが届いた.
relion-3.0.5がリリースされていた.
-R1(2019).5.9
そろそろsambaの記事を更新したい...samba-4.10がリリースされて、そのupdateも兼ねて
siloの更新はほぼほぼ完了. フローチャートととか解析ログをリアルタイムに表示させたいが、この辺は次回かな
-R1(2019).5.7
23インチのモニターが狭いと感じ始めた...27か31インチか...
-R1(2019).5.5
連休中..ずっとsiloだった...
-R1(2019).5.1
祝 令和元年
連休中はsiloの手直し. Gautomatch,LoG,crYOLOの3種のpickツールが使えて、2Dclassまで行えるようにする.
一応は出来ていたのだが、pickツールを追加したことで見直し中.
BeeGFSの検証は連休後半かな.
-H31(2019).4.19
Let's Encryptの無償SSL/TLSをFileMakerServerに組み込んでみた.
crYOLOをcsh/tcshからも使えるようにしてみた. 次はsiloから呼び出してみる. これが終ればようやく2D.
qdelしたら/scratchの中身も消してくれたらいいのに....
-H31(2019).4.15
InfiniBand switchだが、、先方に手違いがあったようで全額返金になった...
-H31(2019).4.14
9年ぶりにメインのPCを交換.無線経由でAD参加ってかなり面倒...
-H31(2019).4.12
10GbpsのHUBを購入してみた. CRS305. 4*10G SFP+,1*1G Ethな構成.
それにしてもInfiniBand switchが来ない...
-H31(2019).4.4
Supermicroさんからipmi付きThreadripper対応なMBはまだないいたい。あぁEPYC対応品ならあるけど...
-H31(2019).4.3
TensorFlowが必要な事態になった...各ユーザのホームディレクトリ内で構築してもらうのが便利なんだろうけど、
複数ユーザがそれをしたら無駄だよなぁ....かと言ってsystem側で用意すると画一的となって数多あるアプリへの
柔軟性が欠落してしまう...ユーザ側のディスクトップに/Appl/users/<user>を設けてそこにアプリを自由に
インストールさせ、ユーザの/home/<user>は中央で管理がいいのだろうか...
-H31(2019).4.1
新年度
積み残しが多くて困っている...なんとかせねば
siloでpickとか2Dはできるのだが、エレガントではない. もっと操作性を高めてみたい
-H31(2019).3.29
年度末最後まで多忙...
ebayに注文したInfiniBand Switchがまだ来ない...
-H31(2019).3.24
windowsServerで作ったNFS領域をLinuxでマウントして、Linuxから[[inotify-tools]]で監視したのだが、ファイル作成の完了などは
感知できなかった...Linuxで作ったsmb領域をwindowsがマウントして、Linux側から監視することは出来ているのだが...
-H31(2019).3.22
胃腸炎はだいぶ楽に...っが、風邪を引いた..
-H31(2019).3.19
胃腸炎になったっぽい. この年度末にきつい...
-H31(2019).3.18
[[Appion]]を作り直してみた. これって非常に難解.
windowsServerのNFSでexportはできて、linuxクライアントでmountもできた. 
っが、ユーザでのアクセスができない...mappingファイルの調整で行けるようなのだが、成功してない..
-H31(2019).3.11
合掌
-H31(2019).3.10
MS様のWindows Storage ServerでNFSは運用できる。LinuxのNFSよりいいのか不明。だたこれを言い出すと
BSD系とかSolaris様、FreeNAS様、QNAP様とか検討先は多数に及ぶ。パフォーマンスは重要だけど、
万が一のドキュメント、訊ける先、費用(+人件費)らが色々絡み合う。資料を探せねば....
-H31(2019).3.7
一回休み
-H31(2019).3.5
google先生から「ページがモバイル フレンドリーではありません。」と言われてたので修正してみた。
SEO対策ではなく、単に自身がモバイルを使って確かにフレンドリーではないなと感じたから...
-H31(2019).3.4
「Visual Studio Professional with MSDN」で複数のwindowsOS環境で検証できるのだが、、検討中....
-H31(2019).3.3
ebayでinfiniBand switchを購入したのだが、まだ来ない. 一方で10gSwitchもそろそろ揃え様かと思案中.
-H31(2019).3.2
年度末...ぅーん香ばしくなってきた..
-H31(2019).2.28
cuda-10.1がリリースされた
-H31(2019).2.23
cryoSPARCなんだけど、、クラスター運用でgpuid:0は使われてないっぽい...「cluster_script.sh」のdevidxを0から探索にすれば
回避っぽいのだが....意図が分からぬ
[[pigz]]の威力が凄すぎる.
-H31(2019).2.20
infiniBandカード到着. っが試す時間がない...
usb3.xメモリーをM/Bに刺してHDD化できないものか...
-H31(2019).2.16
CentOS6のインストーラーはInfiniBandカードを認識してたのに、CentOS7では認識しない。困った...
-H31(2019).2.14
複数nicな計算機にPXEbootでOSインスト. bootdevが必要だった...しかもCentOS7なのでnet.ifnames=0でethX名称に...
-H31(2019).2.13
InfiniBand Switchをebayで購入. まぁ中古だけど. SubnetManagerなしなunmanagedだけど.
-H31(2019).2.10
BeeGFSのmulti mode完成.
client機能部分のドキュメントが不足気味で苦労. あと本家のページは微妙...
ctffind-4.1.13でマルチスレッドが使えるようになった. 「ctffind -j:4」とかで指定
-H31(2019).2.7
[relion --idle 0]なら無制限って思ったけど、違ってた...
-H31(2019).2.6
久々にsilo. ある要望でBeam shiftに対応中. 20secに1枚かぁ...
-H31(2019).2.1
rsyncで同期を取ると現在漏れなくsshが仲立ちしてくれる。
これはこれでいいのだが、従来のrsyncdでsshを介さない方が速い様な気がする
-H31(2019).1.20
コマンド、ライブラリが被らないなら/usr/localに配置させ、被る可能性のあるのはmoduleコマンドで
隔離すべきなのかな?ただ、その際もloadする際に、被る対象をunloadさせるべきなのかも。
-H31(2019).1.14
dhtmlxばかり使っているが、jQuery UIにも慣れた方がいいのかも...
-H31(2019).1.11
windows10が再起動してしまった...
-H31(2019).1.1
謹賀新年
-H30(2018).12.27
siloに複数のpickerを入れたり、relion_it.pyのように2D/3Dを導入したいのだが、時間取れない....
dhtmlxをEnterprise Licenseに更新

&size(10){[[過去メモ>diary]]};

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