![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
#author("2023-05-31T12:38:01+00:00","default:sysosa","sysosa") #author("2023-06-06T14:49:45+00:00","default:sysosa","sysosa") 御アクセス頂き誠にありがとうございます。 当サイトは個人の備忘録として存在しております。 そのため、内容は極めて個人的な域をでず、故、内容には一切の責任を持てない事を重々ご了承のほど願います。 然るに、其の採用・参考は自己責任にてお願い申し上げます。内容が古い、間違っている、読みにくい、 誤字脱字、不明瞭、意味不明、駄文とのご感想の際には謹んで深くお詫び申し上げます。 国語の学が弱い若輩故、文書きに長けておりませぬ故、深く恐縮申し上げます。 気が向くままに描いた記事たち。小さく隅に置かれる記事でございますが、いつかは完成させたく存じます。 ~ &size(10){問い合わせ先：info_at_sysosa.jp &color(red){*};_at_を＠にして下さい}; -R5(2023).6.6 アプリ単体利用の次にnotebookかなと思って学習中. (condaの仮想)実行環境(kernel)を切り替えながら使えるそうで便利かなと. あとnotebookなので再利用しやすいのがいい. -R5(2023).5.31 調子が悪いです..体が重い.. -R5(2023).5.26 cryoSPARCのコンテナ化はちょいと優先度下げ. samba-adでridベースな管理って微妙...既設システムとの融合って無理やん. -R5(2023).5.15 課題..slurm/pbsで確保したリソース内でcryoSPARCを稼働させる. deployって感じかな. 初回の展開中に 指定補場所にDBを作ってスタンドアローン形式localhostなジョブ実行先を作る. アカウントも作成. インターラクティヴジョブでmasterを稼働. portはUIDをベースに*11倍の値で. -R5(2023).5.11 [[vmd]]を更新予定. [[Amber]]も更新かな. -R5(2023).5.7 [[Avogadro]]っていいのだが...win版でtls未対応とかちょいと微妙...linux版は問題ない -R5(2023).4.30 [[SAMSON]]がよかった. サブスクリプション商品だけど無償で使える部分もあり結構使えました. PyMOLやchiemra/XとかでMM/MDの計算設定が楽にできるインターフェース プラグインを探しているがあんまりないみたい 昔AmberのxLeafを駆使して初期座標を作って保存、コマンドラインでsander実行とかしたけど...解析も含めての 統合環境ってやっぱり有償品の世界かなぁ... -R5(2023).4.18 術後、回復. 歩行に問題なくなった. samba-adとかrdkitとか昔のコンテンツを更新したく思う. -R5(2023).4.16 CentOS7にELRepo経由で最新のkernelに代えてみた. 動作はめちゃくちゃ早い. devtoolsetにてgccを11とかにすれば nvidia ドライバーもインストール出来てGPUも認識できた kernel以外はCentOS7のままで最新のkernelの恩恵が受けられます. -R5(2023).4.3 長距離は歩けません.. -R5(2023).4.2 minicondaをupdateするとlibffi.so.6が消えて使えなくなるみたい... libffi-3.2.1からlibffi-3.4.2に上がるとlibffi.so.6を消してくれるようで、、困った. -R5(2023).4.1 工事して療養中. USB-HDDでユーザ権限のmount操作をまとめてみた[[mount]]. exFAT,NTFS,ext4,xfsでいろいろだけど、exFATをsudoで 調理した方がいいのかも. 自分のホームディレクトリ内にmountポイントを置けるから. -R5(2023).3.31 不摂生なのかまた吹き出物が...手術かなぁ 古いnvidiaドライバーを差し替えようとnvidia-uninstallを行ったのに再起動しても残骸がある...どうやらinitramfsに残っていたみたい. rmmodで残骸を消してdracutでinitramfsを再構築で回避. 正しい手順なのかは不明だけど一応いける -R5(2023).3.29 user権限でUSB-HDDをmountするにはどうするか？ sudoで権限譲渡、GUI画面でのudisks2にお願いとかになる GNOME画面上でUSBを刺してディスクトップにUSB-HDDのアイコンが表示されってをコマンドベースでできるのか...調べている -R5(2023).3.26 明日に備え前泊移動. ようやく今年度が終わりそうかな..残課題も結構あるけど.. io500サイトでストレージのコンテスト結果が見れる. intelさんのDAOSってOptaneメモリを使ってたような..事業辞めたよね 特殊なハードなしでopensourceってなるとLustre一択なのかなぁ. このio500の世界では. -R5(2023).3.19 逃避なのか...「Intel oneAPI DPC++/C++ Compiler」(icx/icpx)でrelionをコンパイルしてみた. 完成. icc/icpcはEOLのようで今後はこのicx/icpxがメインの様子. intel様のドキュメントを読むといい数値を出している. 作れた動いたはできるけど、使えるの判定ができないのが限界ですなぁ〜. いつかはしてみたいけど.. -R5(2023).3.17 書類作成に追われている.. -R5(2023).3.13 「Buffalo」様の「WI-U3-1200AX2/N」を購入. 別に11ax(1201/573),11ac(833)なwifi母機は持ってない. あるのは11n(300)である. これをlinuxに刺して使えるかなと検証. っと言ってもESXiで試してみた. デフォじゃダメでドライバーのインストが必須. やっぱりwifi子機は古いのが便利かなぁ..まぁー遅いけど. -R5(2023).3.11 合掌 -R5(2023).3.9 GROMACS 2023のコンパイルにcmake 3.18.4以上が必要みたい... centos7はepelの3.17.5が最大. 詰まった. コンパイラならdevtoolsetでGCC-11も可能なのだが cmake は入ってない. ソースから組み込むか.. -R5(2023).3.7 RoseTTAFold. tensorflow-gpu 1.14.0を使うご様子で30x0なampareでは無理っぽい. nvidia-tensorflowを使うとかかな. 調子が悪いが確定申告を作らねば...きっつぃ... -R5(2023).3.6 土日に20台近くの調整(アプリ, firewall, openPBS)で疲れ果てた.. -R5(2023).3.1 cryoSPARCが4.2.0に. cuda11.8対応でRTX40x0が利用可能に. でもcuda12.0はまだなのかな... relionは既にcuda12.0に対応済みだけど. $HOMEが/home以外の場合のSELinuxの有効方法が分からん...断念. SELinux無効へ...っがRHEL9系はもっとSELinux前提だから悩む.. -R5(2023).2.28 毎年年度末は多忙になるみたい. 4月になったらゆっくりと仕事したいなぁ...書き直したい記事もあるし. -R5(2023).2.26 [[unison]]を試してみた. オリジナルファイルのtimestampを無視していいなら便利. 2つのフォルダ間の同期を重視するなら 「rsync -r --times /A/ /B/; rsync -r --times /B/ /A/」で済ます方がいいかも. -R5(2023).2.25 キーボードはお茶が好きなようでよくかぶっている. ONUはお水がお好きだった模様. アプリ関係の記事を更新したいが...難しい -R5(2023).2.24 crYOLOが更新されてnapari-boxmanagerなる新しいboxmanagerが追加された. 画面はあー模したのかな？って感じ -R5(2023).2.22 不甲斐なく路面で転んでしまった...腰痛追加... -R5(2023).2.19 自宅のネット環境が使えなくなった...光回線の終端装置ONUが動かない... -R5(2023).2.18 だいぶ回復. 来週は二泊三日の都外出頭. 未達な仕事を逐次対処. [[Guacamole]]はvnc/rdpがブラウザ内で使える. けど[[WireGuard]]はvpn. ネイティブで使える. 二段階認証とかセキュアを終始するなら前者. より汎用性、smbとか使うなら後者なのかな. -R5(2023).2.16 ちょいと体調不良. お薬頂いて回復を期待. なので内勤のみ -R5(2023).2.7 [[WireGuard]]を試している. カーネルモジュールに組み込められるほどのモノ. そして確かに早いね. 二段階認証とかを求めるなら[[Guacamole]]なのだろうが、WireGuardはコンパクトで設定が楽. sendmailに対するPostfixじゃないけどかなりコンパクト -R5(2023).2.4 alphafold 2.3.1のSingularity版を用意してみた. オプションフラグが追加された模様. 複数マシンを使うことを前提にしてるから dockerではなくsingularityを主に扱ってます. ubuntuで environment-modules_5.2.0 を入れてみた. [[EnvironmentModules/package]] -R5(2023).1.31 「'abrt-cli status' timed out」と常に表示される場合は「$HOME/.cache/abrt/lastnotification」の所有権を要確認 -R5(2023).1.29 各自のホームディレクトリの使用量制限にquotaかなと思って調べてみた. っがsoft limitを超えてもメッセージとか通告とかがない. これでは知らず知らずにhard limitまで来てしまってservice out. これでは微妙...shell scriptでターミナルを開くと掲示とかが必要かなぁ.. -R5(2023).1.27 ヵ課題が多い... cryoSPARCが動かない事例が発生. どうもport_rtp_webappが使うportが他のユーザさんのcryoSPARCで使われていた. base portは互いに20以上離れているのだが... nodejsのnodeプロセスが使用するportを固定できればいいのだが.. -R5(2023).1.26 例のハンドブックがamazon様で購入できるみたい. -R5(2023).1.25 cryoSPARCからqsubでジョブを流したが、qsub側のトラブルでそのjobが消えてしまうと適切な応答ができなくて ずっとcryoSPARCからqsub側に「このジョブどうなった？」と問い合わせし続ける.. っで解消するために「cryosparcm cli "set_job_status('P2','J30','killed')"」を実行するみたい -R5(2023).1.24 cryoSPARCが 4.1.2 にupdate. ちょくちょくupdateされますね. 機能が増えて喜ばしいです. cryoSPARCを利用されるならchmodでもいいけど、setfaclとかを駆使した方がいいかもと思う. -R5(2023).1.23 wget,curl,git,conda,pip,yum/dnf,aptらのproxy設定ってOS側の設定を参照してほしいなぁ... cryoSPARCのproxy設定はno_prpxyが大事だった...以前記事を書いたのにネットを巡ってしまった... -R5(2023).1.19 awsのドキュメント作成. 双方向lsyncってFWの中にある計算機では無理でね？ってことでunisonで同期を提案中. あとは計算し終わったノードの自動shutdownかな. 簡単には実行ジョブの末尾にshutdownシーケンスを載せるとかかな. -R5(2023).1.17 [[VeraCrypt]] 20TBのHDDをVeraCryptで使えるようにするには、、恐らく相当なフォーマット時間を要するかな. っがこれは初回だけで、その後は普通のコピーと変わらない気がする. -R5(2023).1.16 USB-HDD/SSDを丸ごと暗号化する[[VeraCrypt]]の記事を作成中. これってSSDの書き込み回数とか考慮するとUSB-HDDの方がいいのかな？ 共通鍵方式で運用できるのでまぁー楽かな. -R5(2023).1.9 腰を痛めた. 歩行が妙に遅い. 原因は不明. 寝返りするときも痛む. 参っているが週明けから長期出張. こなさねば. FreeIPA、openLDAPの代替に非常にいいのだが、smbとの連携がどうしてもうまくいかない. aws案件が未達. 難しい... -R5(2023).1.3 dnsmasqを2.79から2.88にupdateしてみた. 既存のdnsmasq.conf、dnsmasq.leases、実行アカウントらの 変更はさたくないのでbinaryのみ差し替えた. コンパイルしてみたがdnsmasqはほんと軽量ってわかる. -R5(2023).1.2 nisがRHEL9から消えたのでFreeIPAを勉強中. そうしたらdnsmasqにURIレコードの登録が必要と言われた. dns-rrとして登録が必要なのだが、dnamasqのバージョンが古いと値をhexする必要がある. 最新版なら「caa-record」に平文で登録できる -R5(2023).1.1 謹賀新年 -R4(2022).12.26 slurmを更新してみた. gpuノードは「persistence mode」の有効化が必須みたい. あとmpirunに渡すhostfileを調査中.
