本家様 [[https://cistem.org/>+https://cistem.org/]]
***インストール [#y61fc450]
本家様に掲示されているファイルを取得する
ここでは&color(magenta){cistem-1.0.0-beta-intel-linux.tar.gz};を取得した
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cd /Appl
[root@c Appl]# gzip -cd ./src/cistem-1.0.0-beta-intel-linux.tar.gz | tar xf -
[root@c Appl]# chown -R root:root ./cistem-1.0.0-beta/
[root@c Appl]# ln -s cistem-1.0.0-beta cistem
}}
***つかう [#uf6dc762]
PATH環境変数に cistem を載せる
#code(nonumber){{
[illya@c ~]$ export PATH=/Appl/cistem:$PATH
}}
&color(red){*};&size(10){.bashrc か .cshrc に設定を加えた方が宜しいかと};
そうして
#code(nonumber){{
[illya@c ~]$ cisTEM
}}
と入力すると起動します
初回はcisTEM向けの project フォルダがないのでまずはそれを作る。
「&color(orangered){Create a new project};」リンクを押下します。
&ref(2018y04m05d_173116333.png,nolink);
「Project Name」を「sample」
「Project Parent Directory」を「/home/illya/cisTEM」とすると
「Resulting project path」が一応自動的に「/home/illya/cisTEM/sample」になってくれるが、
「Project Parent Directory」は事前に用意する必要がある。
&ref(2018y04m05d_173242768.png,nolink);
そのため
#code(nonumber){{
[illya@c ~]$ mkdir cisTEM
}}
としてから、「Finish」ボタンを押下する
するとオープニング画面の下部が下記のうに変更される
&ref(2018y04m05d_173733148.png,nolink);
***queue [#ufcd8e57]
cisTEMで実行されるジョブはローカルのマシンで実行されるが、設定を行うことでPBSpro/Torqueらのジョブ管理サーバで
処理させることも出来る。
画面左下の「Settings」アイコンを押下します。
&ref(2018y04m05d_174659891.png,nolink);
既定で「Run Profiles」には「Default Local」が定義され、
&ref(2018y04m05d_174853866.png,nolink);
その条件は画面左側に記載されている
|BGCOLOR(YELLOW):条件|BGCOLOR(YELLOW):値|
|Total Number of Processes|5|
|Manager Command|/Appl/cistem-1.0.0-beta/$command|
|Gui Address|Automatic|
|Controller Address|Automatic|
|Command|/Appl/cistem-1.0.0-beta/$command|
|No. Copies|5|
|Launch Delay(ms)|10|
実行マシンは4coreなのに5coreを使用するとされるのは ここ[[https://cistem.org/documentation#tab-1-15>+https://cistem.org/documentation#tab-1-15]] を参照下さい。
「manager command」のために一つプラスされているようです。
PBSPro/Torqueでジョブを実行させるには「Add」ボタンを押下して、即座に「Rename」ボタンを押下します。
実行ジョブの名称を「PBSPro queue bio」とかに変更します。
ここでは queue名が「bio」にジョブを流すことにします。このqueueに含まれる計算ノードの一台(8core)を使用するとします。
qsubへのテンプレートファイルを用意します
#code(nonumber){{
[root@c ~]# vi /Appl/cistem/submit.sh
#!/bin/bash
cat - <<EOF | qsub
#!/bin/bash
#PBS -q bio
#PBS -N cisTEM.${1}
#PBS -l nodes=1:ppn=8
/Appl/cistem/${@}
EOF
[root@c ~]# chmod 755 /Appl/cistem/submit.sh
}}
その後、cisTEM画面で作った「PBSPro queue bio」を選択して、
&ref(2018y04m05d_180546061.png,nolink);
画面下部の「Edit」ボタンを押下します
&ref(2018y04m05d_180613397.png,nolink);
現れた設定画面を修正します
&ref(2018y04m05d_181809853.png,nolink);
|BGCOLOR(YELLOW):条件|BGCOLOR(YELLOW):値|
|Command|/Appl/cistem/submit.sh $command|
|No. Copies|8|
|Launch Delay(ms)|10|
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