![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
#author("2026-08-23T18:20:29+00:00","default:sysosa","sysosa") #author("2026-08-23T18:22:01+00:00","default:sysosa","sysosa") v0.9.xと同様に 本家様で構築用のスクリプトが用意されています そのスクリプトを実行すると [[https://github.com/pemsley/coot>+https://github.com/pemsley/coot]] からソースコードが取得されコンパイルされバイナリーが用意されます でもスクリプトは rockylinux 向けではなくちょっとした修正が必要みたい ***rockylinux9で coot-1.x をソースから作成してみる [#ja83bc23] っで実際に作ってみる #code(nonumber){{ [root@rockylinux9 ~]# cat /etc/redhat-release Rocky Linux release 9.8 (Blue Onyx) [root@rockylinux9 ~]# dnf groupinstall "Development Tools" [root@rockylinux9 ~]# dnf install epel-release [root@rockylinux9 ~]# dnf config-manager --enable crb [root@rockylinux9 ~]# dnf install cmake texinfo gtk4-devel gfortran libepoxy-devel swig blas-devel lapack-devel re2c libpsl-devel readline-devel libjpeg-devel pslib-devel gobject-introspection-devel python3-gobject-devel \ openssl-devel sqlite-devel gdbm-devel libuuid-devel tk-devel readline-devel zlib-devel bzip2-devel xz-devel libffi-devel perl-FindBin perl-IPC-Cmd gsl-devel [root@rockylinux9 ~]# mkdir script ; cd script [root@rockylinux9 script]# [root@rockylinux9 script]# git clone https://github.com/pemsley/coot }} ここでソースをちょいと調整します. 今後のリリースで解消されるかもですけど #code(nonumber){{ --- a/src/Makefile.am +++ b/src/Makefile.am @@ -1020,7 +1020,7 @@ test_coot_align_LDADD = \ # test_lbg_graph_LDADD = $(MMDB_LIBS) -coot_density_score_by_residue_bin_SOURCES = density-score-by-residue-src.cc +coot_density_score_by_residue_bin_SOURCES = density-score-by-residue-src.cc setup-gui-components.cc coot_density_score_by_residue_bin_LDADD = \ libcootsumo.la \ $(top_builddir)/geometry/libcoot-geometry.la \ }} あと、ソースの中にある build-it-3-3 を一段上にコピーして修正を加えます #code(nonumber){{ [root@rockylinux9 script]# cp coot/build-it-3-3 . [root@rockylinux9 script]# vi ./build-it-3-3 }} 「build-it-3-3」の修正は主にrockylinuxへの対処ですね あと、GEMMIへの配慮くらい #code(diff,nonumber){{ --- coot/build-it-3-3 2026-08-24 01:22:46.035300747 +0900 +++ build-it-3-3 2026-08-23 16:35:28.454535563 +0900 @@ -1053,7 +1053,7 @@ if test -e /etc/os-release ; then # 20240914 strip quote marks also now dist_name=$(grep ^ID= /etc/os-release | sed -e 's/ID=//' -e 's/"//g') - dist_ver=$(grep ^VERSION_ID /etc/os-release | sed -e 's/VERSION_ID=//') + dist_ver=$(grep ^VERSION_ID /etc/os-release | sed -e 's/VERSION_ID=//' -e 's/"//g') else for i in fedora-release redhat-release redhat-release-workstation centos-release sl-release openSUSE-release ; do rpm -q --qf '%{name}' ${i} @@ -2737,6 +2737,7 @@ patch -p0 < ${AUTOBUILD_SOURCES}/readline-5.1.patch fi do_the_sed=no + if [ "$dist_name" = rocky ] ; then do_the_sed=yes ; fi if [ "$dist_name" = arch ] ; then do_the_sed=yes ; fi if [ "$dist_name" = almalinux ] ; then do_the_sed=yes ; fi if [ "$dist_name" = ubuntu ] ; then do_the_sed=yes ; fi @@ -2873,7 +2874,7 @@ fi else # what about rocky here also? - if test "$dist_name" = fedora ; then + if [ "$dist_name" = fedora ] || [ "$dist_name" = rocky ] ; then if [ -e $install_top_dir/include/openssl ] ; then build_openssl=false else @@ -2977,7 +2978,7 @@ # remove --with-pydebug for now because __PyNegativeRefcount problem on trying to load this into Blender # # do we also need to use --with-threads=dir? - if test "$dist_name" = fedora ; then + if [ "$dist_name" = fedora ] || [ "$dist_name" = rocky ] ; then python_install_top_dir=$HOME/building-python python_install_top_dir=$HOME/building-python-tt python_install_top_dir=$install_top_dir @@ -4184,7 +4185,7 @@ if test "$dist_name" = almalinux ; then echo don.t mess with LDFLAGS on almalinux else - if test "$dist_name" = arch ; then + if [ "$dist_name" = arch ] || [ "$dist_name" = rocky ] ; then echo don.t mess with LDFLAGS here on arch else export LDFLAGS="-L$install_top_dir/lib -lintl" @@ -5163,7 +5164,7 @@ # 20220707-PE does this improve thie linking (get pass the problem with g_module_open_full)? # We get checking dynamic linker characteristics... awk: symbol lookup error: /home/pemsley/autobuild/Linux-emsley-vm-fedora-2.lmb.internal-gtk4/lib/libreadline.so.8: undefined symbol: UP # on fedora if LD_LIBRARY_PATH is set -if [ "$dist_name" = fedora ] ; then +if [ "$dist_name" = fedora ] || [ "$dist_name" = rocky ] ; then : else if [ "$dist_name" = arch ] ; then @@ -5184,8 +5185,9 @@ echo bash ../coot/configure $coot_prefix \ --with-fftw-prefix=$install_top_dir \ - COOT_BUILD_INFO_STRING="$coot_build_info_string" \ SHELL=/bin/bash \ + GEMMI_CXXFLAGS="-I/apps/coot-1.3.3/include" \ + GEMMI_LIBS="-L/apps/coot-1.3.3/lib64 -lgemmi_cpp" \ PYTHON=python3 \ --with-boost=$install_top_dir \ --with-boost-libdir=$install_top_dir/lib \ @@ -5200,8 +5202,9 @@ bash ../coot/configure $coot_prefix \ --with-fftw-prefix=$install_top_dir \ SHELL=/bin/bash \ + GEMMI_CXXFLAGS="-I/apps/coot-1.3.3/include" \ + GEMMI_LIBS="-L/apps/coot-1.3.3/lib64 -lgemmi_cpp" \ PYTHON=python3 \ - COOT_BUILD_INFO_STRING="$coot_build_info_string" \ --with-boost=$install_top_dir \ --with-boost-libdir=$install_top_dir/lib \ --with-rdkit-prefix=$install_top_dir \ @@ -5391,8 +5394,8 @@ tar xzf $holding_tar_file echo cding into `basename $slim_dir` from `pwd` cd `basename $slim_dir` - echo ln -s ../../$coot_dir_name/greg-tests . - ln -s ../../$coot_dir_name/greg-tests . + echo mkdir greg-tests + mkdir greg-tests echo second coot test... echo running second test... >&2 test_coot bin/coot > $LOGS/test-2.log 2>&1 }} これでコンパイルします. #code(nonumber){{ [root@rockylinux9 script]# AUTOBUILD_INSTALLED=/apps/coot-1.3.3 bash ./build-it-3-3 : (ケーキと紅茶) : [root@rockylinux9 script]# }} コンパイルが完了すると/appsに「coot-1.3.3」と「coot-Linux-x86_64-rocky-9.8-gtk4」が現れる #code(nonumber){{ [root@rockylinux9 ~]# ls -l /apps/ : drwxr-xr-x. 12 root root 4096 Aug 24 02:43 coot-1.3.3 drwxr-xr-x. 7 root root 68 Aug 24 02:45 coot-Linux-x86_64-rocky-9.8-gtk4 : [root@rockylinux9 ~]# }} 「/apps/coot-1.3.3」は関連各種パッケージのmake install先. なのでこれを持って行けば起動できる場所. だけで余計なのモノがあるのでそれを除いたのが「/apps/coot-Linux-x86_64-rocky-9.8-gtk4」なのだが、 結構「/apps/coot-1.3.3」への依存が多いのであんまり使えない. なので嵩むけど「/apps/coot-1.3.3」のみ使うのがいいかな Environment-modulesは「/apps/modulefiles/coot/1.3.3」を下記のようにします. #code(nonumber){{ #%Module1.0 set root /apps/coot-1.3.3 prepend-path PATH $root/bin prepend-path LD_LIBRARY_PATH $root/lib:$root/lib64 }} これをloadして「coot」と実行すると &ref(2026y08m24d_031304517.png,nolink,70%); そして本体の画面が表示され、そのヘルプは下記になります &ref(2026y08m24d_031909455.png,nolink,80%); &ref(2026y08m24d_032135135.png,nolink,80%); リモートでX11越しに使うのは微妙でしょうか。コンソールで使った方が描画は早いですね. ***ubuntu24.04で [#qd9e6318] #code(nonumber){{ root@ubuntu24:~# apt install build-essential git cmake m4 libtool swig flex bison gfortran autoconf automake libssl-dev libblas-dev \ liblapack-dev libncurses5-dev libjpeg-dev libgtk-4-dev libpsl-dev pkg-config gobject-introspection python-gi-dev libgirepository-1.0-dev root@ubuntu24:~# root@ubuntu24:~# mkdir script root@ubuntu24:~# cd script/ root@ubuntu24:~/script# root@ubuntu24:~/script# wget https://raw.githubusercontent.com/pemsley/coot/main/build-it-3-3 root@ubuntu24:~/script# grep ^script_version build-it-3-3 script_version=6.25 root@ubuntu24:~/script# }} ubuntu側はスクリプトの修正なしで大丈夫のようです っで構築 #code(nonumber){{ root@ubuntu24:~/script# AUTOBUILD_INSTALLED=/apps/coot bash ./build-it-3-3 root@ubuntu24:~/script# cd /apps/ root@ubuntu24:/apps# ls -l drwxr-xr-x 8 root root 4096 Feb 16 18:54 coot drwxr-xr-x 7 root root 4096 Feb 16 18:55 coot-Linux-x86_64-ubuntu-24.04.4-gtk4 root@ubuntu24:/apps# }} インストール先を「/apps/coot」として作成しますが、その後に「/apps/coot」から必要な分をコピーした「/apps/coot-Linux-x86_64-ubuntu-24.04.4-gtk4」が用意されます. なので「/apps/coot」を削除してもいいかなと思うのだが、どうも必要なファイルが全部「/apps/coot-Linux-x86_64-ubuntu-24.04.4-gtk4」に移っていない模様 いずれ修正されるかもしれないけどね。 なのでenvironment-modulesは、 「/apps/modulefiles/coot」 #code(nonumber){{ #%Module1.0 #set root /apps/coot-Linux-x86_64-ubuntu-24.04.4-gtk4 set root /apps/coot prepend-path PATH $root/bin prepend-path LD_LIBRARY_PATH $root/lib }} とします。
