![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
#author("2024-06-01T05:25:46+00:00","default:sysosa","sysosa") #author("2024-07-29T01:35:47+00:00;2024-06-01T05:25:46+00:00","default:sysosa","sysosa") 本家様 [[http://cb.csail.mit.edu/cb/cryodrgn/>+http://cb.csail.mit.edu/cb/cryodrgn/]] githubで公開されている [[https://github.com/zhonge/cryodrgn>+https://github.com/zhonge/cryodrgn]] ライセンス的には「GNU General Public License v3.0」[[https://github.com/zhonge/cryodrgn/blob/master/LICENSE.txt>+https://github.com/zhonge/cryodrgn/blob/master/LICENSE.txt]]のようで商用も大丈夫みたい ***下準備 [#ya432e27] インストール環境はこんな感じ. #code(nonumber){{ [root@rockylinux9 ~]# cat /etc/redhat-release Rocky Linux release 9.4 (Blue Onyx) [root@rockylinux9 ~]# cat /proc/driver/nvidia/version NVRM version: NVIDIA UNIX x86_64 Kernel Module 535.179 Fri Apr 26 21:43:18 UTC 2024 GCC version: gcc version 11.4.1 20231218 (Red Hat 11.4.1-3) (GCC) [root@rockylinux9 ~]# }} まず[[crYOLO]]のようにpyenv/anaconda環境を用意します &size(10){こちらは/apps/pyenvにpyenvの基点を作り、その配下に pythonパッケージ管理anaconda を敷いている}; &size(10){anaconda/minicondaを直接入れて構築するのもありだけど、ここではpyenvを間に入れてます}; #code(nonumber){{ git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv export PYENV_ROOT=/apps/pyenv export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH pyenv install anaconda3-2024.02-1 pyenv global anaconda3-2024.02-1 source /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.02-1/etc/profile.d/conda.sh conda update conda (既に環境があるなら) source /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.02-1/etc/profile.d/conda.sh }} ***インストール [#x830ac82] pipに登録されているのでそれを利用します [[https://pypi.org/project/cryodrgn/>+https://pypi.org/project/cryodrgn/]] に記載のように使用するpythonは「Python <3.11, >=3.9」であるため、python 3.9を使います #code(nonumber){{ [root@rockylinux9 ~]# conda create --name cryodrgn python=3.9 [root@rockylinux9 ~]# conda activate cryodrgn (cryodrgn) [root@rockylinux9 ~]# pip install cryodrgn (cryodrgn) [root@rockylinux9 ~]# conda list : matplotlib 3.6.3 pypi_0 pypi matplotlib-inline 0.1.7 pypi_0 pypi : torch 2.3.0 pypi_0 pypi : (cryodrgn) [root@rockylinux9 ~]# python >>> import torch >>> print(torch.cuda.is_available()) True >>> quit(); (cryodrgn) [root@rockylinux9 ~]# pip install matplotlib==3.6.2 <-- 3.6.3のままだと「Failed to extract font properties」が発生 (cryodrgn) [root@rockylinux9 ~]# conda deactivate [root@rockylinux9 ~]# }} &size(10){matplotlibが3.6.3のままであると「&color(red){(INFO) (font_manager.py) (01-Jun-24 13:37:53) Failed to extract font properties from /usr/share/fonts/google-noto-emoji/NotoColorEmoji.ttf: In FT2Font: Can not load face (unknown file format; error code 0x2)};」とか生じる. なので 3.6.2へ落とした}; ***EnvironmentModules [#waf1f183] 下記を「/apps/modulefiles/cryoDRGN」として保存します #code(nonumber){{ #%Module -*- tcl -*- set root /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.02-1/envs/cryodrgn prepend-path PATH $root/bin }} ***実行方法 [#s6c5741a] まずはEnvironmentModulesで cryoDRGN の実行環境をロードします #code(nonumber){{ [saber@rockylinux9 ~]$ module use /apps/modulefiles/ [saber@rockylinux9 ~]$ module load cryoDRGN }} そしてコマンドを実行します #code(nonumber){{ [saber@rockylinux9 ~]$ cryodrgn -h usage: cryodrgn [-h] [--version] {downsample,preprocess,parse_pose_csparc,parse_pose_star,parse_ctf_csparc,parse_ctf_star,train_nn,backproject_voxel,train_vae,eval_vol,eval_images,analyze,analyze_landscape,analyze_landscape_full,pc_traversal,graph_traversal,view_config,abinit_homo,abinit_het} ... CryoDRGN neural network reconstruction optional arguments: -h, --help show this help message and exit --version show program's version number and exit Choose a command: {downsample,preprocess,parse_pose_csparc,parse_pose_star,parse_ctf_csparc,parse_ctf_star,train_nn,backproject_voxel,train_vae,eval_vol,eval_images,analyze,analyze_landscape,analyze_landscape_full,pc_traversal,graph_traversal,view_config,abinit_homo,abinit_het} [saber@rockylinux9 ~]$ cryodrgn --version cryoDRGN 3.3.2 [saber@rockylinux9 ~]$ }} &color(red){*};&size(10){単に「cryodrgn」と実行するとエラーメッセージが表示されます}; 使い方についてはgithubに詳しく載っているのでそちらを参照してください ***メモ [#d531bd1c] テスト #code(nonumber){{ [illya@rockylinux9 ~]$ module use /apps/modulefiles/ [illya@rockylinux9 ~]$ module load cryoDRGN [illya@rockylinux9 ~]$ git clone https://github.com/ml-struct-bio/cryodrgn [illya@rockylinux9 ~]$ cd cryodrgn/testing/ [illya@rockylinux9 ~]$ cd cryodrgn [illya@rockylinux9 cryodrgn]$ git checkout refs/tags/3.3.2 [illya@rockylinux9 cryodrgn]$ cd testing/ [illya@rockylinux9 testing]$ [illya@rockylinux9 testing]$ ./quicktest.sh : (INFO) (train_vae.py) (01-Jun-24 14:02:53) Use cuda True : (INFO) (train_vae.py) (01-Jun-24 14:03:08) Finished in 0:00:14.527320 (0:00:00.726366 per epoch) [illya@rockylinux9 testing]$ }}
