![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
#author("2025-05-02T15:52:21+00:00","default:sysosa","sysosa") #author("2025-05-02T16:10:07+00:00","default:sysosa","sysosa") 本家様 [[https://github.com/turonova/cryoTIGER/>+https://github.com/turonova/cryoTIGER/]] Tilt Interpolation Generator for Enhanced Reconstruction in cryo-electron tomography (deepL様翻訳) クライオ電子トモグラフィにおける再構成のための傾斜補間ジェネレータ ***環境 [#mb265b38] #code(nonumber){{ [root@rockylinux9 ~]# cat /etc/redhat-release Rocky Linux release 9.5 (Blue Onyx) [root@rockylinux9 ~]# uname -r 5.14.0-503.21.1.el9_5.x86_64 [root@rockylinux9 ~]# cat /proc/driver/nvidia/version NVRM version: NVIDIA UNIX x86_64 Kernel Module 570.144 Thu Apr 10 20:33:29 UTC 2025 GCC version: gcc version 11.5.0 20240719 (Red Hat 11.5.0-2) (GCC) [root@rockylinux9 ~]# ls /usr/local/cuda ls: cannot access '/usr/local/cuda': No such file or directory <-- cuda-toolkitは入れてません [root@rockylinux9 ~]# }} ***pyenv-anaconda [#icfbed2c] ここではpyenv を敷いて、その上に anacondaやminiforgeらを置いてconda環境を選べるようにしている すでにconda環境があればその環境を読み込んでください #code(nonumber){{ [root@rockylinux9 ~]# source /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.10-1/etc/profile.d/conda.sh }} もしなければ構築してください。 #code(nonumber){{ git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv export PYENV_ROOT=/apps/pyenv export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH pyenv install --list <--これでanaconda,minicondaのバージョンが一覧されます. pyenv install anaconda3-2024.10-1 }} その上で #code(nonumber){{ source /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.10-1/etc/profile.d/conda.sh }} とします ***インストール [#ceb018b0] [[https://github.com/turonova/cryoTIGER/>+https://github.com/turonova/cryoTIGER/]]に書かれているように 「environment.yml」を使います #code(nonumber){{ [root@rockylinux9 ~]# cd /apps/ [root@rockylinux9 apps]# git clone https://github.com/turonova/cryoTIGER/ [root@rockylinux9 apps]# cd cryoTIGER/ [root@rockylinux9 cryoTIGER]# conda env create -f environment.yml [root@rockylinux9 cryoTIGER]# conda activate cryoTIGER (cryoTIGER) [root@rockylinux9 cryoTIGER]# conda list : cudatoolkit 11.2.2 hc23eb0c_13 conda-forge cudnn 8.1.0.77 h90431f1_0 conda-forge : ipykernel 6.29.3 pypi_0 pypi ipython 8.18.1 pypi_0 pypi : jupyter 1.0.0 pypi_0 pypi : jupyterlab 4.1.5 pypi_0 pypi : keras 2.11.0 pypi_0 pypi : python 3.9.18 h0755675_1_cpython conda-forge : tensorflow 2.11.0 pypi_0 pypi : (cryoTIGER) [root@rockylinux9 cryoTIGER]# }} ***Pre-trained Models [#g2e01a3e] モデルファイルを取得して /apps/cryoTIGER に置く. gitで紹介されているdownloadサイトでは複数のモデルがあるが、ここでは「cryoTIGER_model」と「pre-trained_Vimeo-90K_data_model」を取得して配置する #code(nonumber){{ [root@rockylinux9 ~]# ls -l /apps/cryoTIGER/cryoTIGER_model/ total 3144 drwxr-xr-x. 2 root root 6 May 2 15:39 assets -rw-r--r--. 1 root root 208595 Sep 14 2024 keras_metadata.pb -rw-r--r--. 1 root root 3010009 Sep 14 2024 saved_model.pb drwxr-xr-x. 2 root root 66 May 2 15:39 variables [root@rockylinux9 ~]# ls -l /apps/cryoTIGER/pre-trained_Vimeo-90K_data_model/ total 2756 drwxr-xr-x. 2 root root 6 May 2 15:42 assets -rw-r--r--. 1 root root 212168 Jan 12 2022 keras_metadata.pb -rw-r--r--. 1 root root 2606292 Jan 12 2022 saved_model.pb drwxr-xr-x. 2 root root 66 May 2 15:42 variables [root@rockylinux9 ~]# }} ***environment-modules [#ld8314c9] 「/apps/modulefiles/cryoTIGER」 #code(nonumber){{ #%Module1.0 set root /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.10-1/envs/cryoTIGER prepend-path PATH $root/bin }} ***つかう [#bde76c1f] jupyter notebookを使うそうな #code(nonumber){{ [saber@rockylinux9 ~]$ module use /apps/modulefiles/ [saber@rockylinux9 ~]$ module load cryoTIGER [saber@rockylinux9 ~]$ jupyter --version Selected Jupyter core packages... IPython : 8.18.1 ipykernel : 6.29.3 ipywidgets : 8.1.2 jupyter_client : 8.6.1 jupyter_core : 5.7.2 jupyter_server : 2.13.0 jupyterlab : 4.1.5 nbclient : 0.10.0 nbconvert : 7.16.2 nbformat : 5.10.3 notebook : 7.1.2 qtconsole : 5.5.1 traitlets : 5.14.2 [saber@rockylinux9 ~]$ [saber@rockylinux9 ~]$ jupyter notebook --generate-config Writing default config to: /home/saber/.jupyter/jupyter_notebook_config.py [saber@rockylinux9 ~]$ vi /home/saber/.jupyter/jupyter_notebook_config.py # c.ServerApp.ip = 'localhost' ↓ c.ServerApp.ip = '*' [saber@rockylinux9 ~]$ [saber@rockylinux9 ~]$ jupyter notebook : [I 2025-05-03 01:03:02.654 ServerApp] Jupyter Server 2.13.0 is running at: [I 2025-05-03 01:03:02.655 ServerApp] http://localhost:8888/tree?token=4f1c8b90b8de1244aad53cef0784af5283960c8a88efdc3b [I 2025-05-03 01:03:02.655 ServerApp] http://127.0.0.1:8888/tree?token=4f1c8b90b8de1244aad53cef0784af5283960c8a88efdc3b : }} ブラウザを開いて、このホストの「8888」にアクセスします
