#author("2020-01-12T06:26:39+00:00","default:sysosa","sysosa")
#author("2020-01-12T06:28:18+00:00","default:sysosa","sysosa")
本家様 [[https://grigoriefflab.umassmed.edu/ctf_estimation_ctffind_ctftilt>+https://grigoriefflab.umassmed.edu/ctf_estimation_ctffind_ctftilt]]
&size(10){サイト変更があったみたい};


&color(lightseagreen){''CentOS8''};で使ってみる

提供されているバイナリーバージョンの「ctffind-4.1.13-linux64.tar.gz」を展開して実行してみると
#code(nonumber){{
Segmentation fault (core dumped)
}}
で動かいないみたい。
っで、ソースコードを入手して、コンパイルしてみる。
&color(red){*};CentOS7では動きました


***ソース展開、コンパイル [#ma15efed]
本家様からソースコードをダウンロードして展開、コンパイル
#code(nonumber){{
[root@c src]# gzip -cd ctffind-4.1.13.tar.gz | tar xf -
[root@c src]# cd ctffind-4.1.13
[root@c ctffind-4.1.13]# ./configure --prefix=/apps/ctffind-4.1.13
 :
 :
checking wxWidgets version... ./configure: line 15586: wx-config: command not found
not found
configure: error: "wxWidgets version > 3.0.0 required."
[root@c ctffind-4.1.13]#
}}
と言われる。
っで追加のパッケージを入れます。調べたところepelのwxBase3-develに「wx-config」があって、同時にwxGTK3-develも入れる

#code(nonumber){{
[root@c ~]# yum --enablerepo=epel install wxBase3-devel wxGTK3-devel

(ほかにも)
[root@c ~]# yum install libjpeg-turbo-devel
}}

っで、ここでconfigureは通るのだが、makeすると
#code(nonumber){{
[root@c ctffind-4.1.13]# ./configure --prefix=/apps/ctffind-4.1.13
[root@c ctffind-4.1.13]# make
 :
 :
In file included from src/programs/ctffind/ctffind.cpp:1:
src/programs/ctffind/../../core/core_headers.h:98:10: fatal error: pdb.h: No such file or directory
 #include "pdb.h"
          ^~~~~~~
compilation terminated.
make: *** [Makefile:621: src/programs/ctffind/ctffind-ctffind.o] Error 1
}}
で止まる。
っで調べたら、pdb.hなるものはctffindのソースには入ってなく、「core_headers.h」の中で修正が必要のようでした。
参照先[[https://grigoriefflab.umassmed.edu/forum/software/ctffind_ctftilt/error_compiling_version_4113_linux_missing_pdbh_waterh_files>+https://grigoriefflab.umassmed.edu/forum/software/ctffind_ctftilt/error_compiling_version_4113_linux_missing_pdbh_waterh_files]]
修正内容はこんな感じ
#code(diff,nonumber){{
--- src/core/core_headers.h.orig        2019-01-02 12:07:53.000000000 -0500
+++ src/core/core_headers.h     2019-12-05 07:39:39.626724560 -0500
@@ -95,8 +95,6 @@
 #include "myapp.h"
 #include "rle3d.h"
 #include "local_resolution_estimator.h"
-#include "pdb.h"
-#include "water.h"


 #ifdef MKL
}}

っで、コンパイルをすすめます。


ここでまで来ればコンパイルできる。
#code(nonumber){{
[root@c ctffind-4.1.13]# make

[root@c ctffind-4.1.13]# make install
}}

***使う [#iab7e9fe]
大抵は relion からコールされて使うのが常なのであんまりそのままでは使わない。
けど、こんな感じでインターラクティヴに使うものです。
(ヒアドキュメントみたいな実行方法もあるけど)

#code(nonumber){{
[root@c ~]# /apps/ctffind-4.1.13/bin/ctffind


        **   Welcome to Ctffind   **

            Version : 4.1.13
           Compiled : Dec  5 2019
               Mode : Interactive

Input image file name [input.mrc]                  :

}}

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