![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
#author("2020-01-12T06:26:39+00:00","default:sysosa","sysosa") #author("2020-01-12T06:28:18+00:00","default:sysosa","sysosa") 本家様 [[https://grigoriefflab.umassmed.edu/ctf_estimation_ctffind_ctftilt>+https://grigoriefflab.umassmed.edu/ctf_estimation_ctffind_ctftilt]] &size(10){サイト変更があったみたい}; &color(lightseagreen){''CentOS8''};で使ってみる 提供されているバイナリーバージョンの「ctffind-4.1.13-linux64.tar.gz」を展開して実行してみると #code(nonumber){{ Segmentation fault (core dumped) }} で動かいないみたい。 っで、ソースコードを入手して、コンパイルしてみる。 &color(red){*};CentOS7では動きました ***ソース展開、コンパイル [#ma15efed] 本家様からソースコードをダウンロードして展開、コンパイル #code(nonumber){{ [root@c src]# gzip -cd ctffind-4.1.13.tar.gz | tar xf - [root@c src]# cd ctffind-4.1.13 [root@c ctffind-4.1.13]# ./configure --prefix=/apps/ctffind-4.1.13 : : checking wxWidgets version... ./configure: line 15586: wx-config: command not found not found configure: error: "wxWidgets version > 3.0.0 required." [root@c ctffind-4.1.13]# }} と言われる。 っで追加のパッケージを入れます。調べたところepelのwxBase3-develに「wx-config」があって、同時にwxGTK3-develも入れる #code(nonumber){{ [root@c ~]# yum --enablerepo=epel install wxBase3-devel wxGTK3-devel (ほかにも) [root@c ~]# yum install libjpeg-turbo-devel }} っで、ここでconfigureは通るのだが、makeすると #code(nonumber){{ [root@c ctffind-4.1.13]# ./configure --prefix=/apps/ctffind-4.1.13 [root@c ctffind-4.1.13]# make : : In file included from src/programs/ctffind/ctffind.cpp:1: src/programs/ctffind/../../core/core_headers.h:98:10: fatal error: pdb.h: No such file or directory #include "pdb.h" ^~~~~~~ compilation terminated. make: *** [Makefile:621: src/programs/ctffind/ctffind-ctffind.o] Error 1 }} で止まる。 っで調べたら、pdb.hなるものはctffindのソースには入ってなく、「core_headers.h」の中で修正が必要のようでした。 参照先[[https://grigoriefflab.umassmed.edu/forum/software/ctffind_ctftilt/error_compiling_version_4113_linux_missing_pdbh_waterh_files>+https://grigoriefflab.umassmed.edu/forum/software/ctffind_ctftilt/error_compiling_version_4113_linux_missing_pdbh_waterh_files]] 修正内容はこんな感じ #code(diff,nonumber){{ --- src/core/core_headers.h.orig 2019-01-02 12:07:53.000000000 -0500 +++ src/core/core_headers.h 2019-12-05 07:39:39.626724560 -0500 @@ -95,8 +95,6 @@ #include "myapp.h" #include "rle3d.h" #include "local_resolution_estimator.h" -#include "pdb.h" -#include "water.h" #ifdef MKL }} っで、コンパイルをすすめます。 ここでまで来ればコンパイルできる。 #code(nonumber){{ [root@c ctffind-4.1.13]# make [root@c ctffind-4.1.13]# make install }} ***使う [#iab7e9fe] 大抵は relion からコールされて使うのが常なのであんまりそのままでは使わない。 けど、こんな感じでインターラクティヴに使うものです。 (ヒアドキュメントみたいな実行方法もあるけど) #code(nonumber){{ [root@c ~]# /apps/ctffind-4.1.13/bin/ctffind ** Welcome to Ctffind ** Version : 4.1.13 Compiled : Dec 5 2019 Mode : Interactive Input image file name [input.mrc] : }}
