![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
#author("2020-04-05T10:34:08+00:00","default:sysosa","sysosa") #author("2020-04-05T10:37:10+00:00","default:sysosa","sysosa") Intel Compilers runtime ライブラリ インテルコンパイラを購入して、ソースからビルドしていざ実行する際、ビルドしたマシンなら 問題ないでしょうが、他のPCにコピーして実行する際、 「ライブラリがないよ」 って怒られる。まぁ当然なお話. そんなときに使うサイトがここ Intel Compilers runtime ライブラリ 配布サイト [[https://software.intel.com/en-us/articles/intel-compilers-redistributable-libraries-by-version>+https://software.intel.com/en-us/articles/intel-compilers-redistributable-libraries-by-version]] このruntime ライブラリを導入すれば icc でコンパイルされたバイナリーを実行することができます 導入方法ですが、ここでは簡単にyumで入れてみたいと思います #code(nonumber){{ [root@c ~]# yum install nextgen-yum4.noarch [root@c ~]# yum-config-manager --add-repo https://yum.repos.intel.com/2019/setup/intel-psxe-runtime-2019.repo [root@c ~]# rpm --import https://yum.repos.intel.com/2019/setup/RPM-GPG-KEY-intel-psxe-runtime-2019 [root@c ~]# cat /etc/yum.repos.d/intel-psxe-runtime-2019.repo #確認 [intel-psxe-runtime-2019] name=Intel(R) Parallel Studio XE 2019 runtime baseurl=https://yum.repos.intel.com/2019 enabled=1 gpgcheck=1 gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-intel-psxe-runtime-2019 }} 次にインストールするruntimeはicc向けifort向けとか沢山あって #code(nonumber){{ [root@c ~]# yum list |grep intel-psxe-runtime-2019 intel-comp-common-runtime.noarch 2019.6-324 intel-psxe-runtime-2019 intel-comp-runtime-32bit.i486 2019.6-324 intel-psxe-runtime-2019 intel-comp-runtime-64bit.x86_64 2019.6-324 intel-psxe-runtime-2019 intel-daal-common-runtime.noarch 2019.6-324 intel-psxe-runtime-2019 intel-daal-runtime-32bit.i486 2019.6-324 intel-psxe-runtime-2019 intel-daal-runtime-64bit.x86_64 2019.6-324 intel-psxe-runtime-2019 intel-icc-common-runtime.noarch 2019.6-324 intel-psxe-runtime-2019 intel-icc-runtime-32bit.i486 2019.6-324 intel-psxe-runtime-2019 intel-icc-runtime-64bit.x86_64 2019.6-324 intel-psxe-runtime-2019 intel-ifort-common-runtime.noarch 2019.6-324 intel-psxe-runtime-2019 intel-ifort-runtime-32bit.i486 2019.6-324 intel-psxe-runtime-2019 intel-ifort-runtime-64bit.x86_64 2019.6-324 intel-psxe-runtime-2019 intel-ipp-common-runtime.noarch 2019.6-324 intel-psxe-runtime-2019 intel-ipp-runtime-32bit.i486 2019.6-324 intel-psxe-runtime-2019 intel-ipp-runtime-64bit.x86_64 2019.6-324 intel-psxe-runtime-2019 intel-mkl-common-runtime.noarch 2019.6-324 intel-psxe-runtime-2019 intel-mkl-runtime-32bit.i486 2019.6-324 intel-psxe-runtime-2019 intel-mkl-runtime-64bit.x86_64 2019.6-324 intel-psxe-runtime-2019 intel-mpi-runtime-64bit.x86_64 2019.6-324 intel-psxe-runtime-2019 intel-openmp-runtime-32bit.i486 2019.6-324 intel-psxe-runtime-2019 intel-openmp-runtime-64bit.x86_64 2019.6-324 intel-psxe-runtime-2019 intel-psxe-common-runtime.noarch 2019.6-324 intel-psxe-runtime-2019 intel-psxe-runtime.i486 2019.6-324 intel-psxe-runtime-2019 intel-psxe-runtime.x86_64 2019.6-324 intel-psxe-runtime-2019 intel-tbb-common-runtime.noarch 2019.6-324 intel-psxe-runtime-2019 intel-tbb-libs-runtime-32bit.i486 2019.6-324 intel-psxe-runtime-2019 intel-tbb-libs-runtime-64bit.x86_64 2019.6-324 intel-psxe-runtime-2019 intel-tbb-runtime-32bit.i486 2019.6-324 intel-psxe-runtime-2019 intel-tbb-runtime-64bit.x86_64 2019.6-324 intel-psxe-runtime-2019 }} と多種に及ぶ。 ここではintel mpiでコンパイルしたrelionを動かしたいので「&color(magenta){intel-mpi-runtime-64bit};」を入れます。 パッケージには複数の「版」が存在していて「&color(magenta){intel-mpi-runtime-64bit};」では #code(nonumber){{ [root@c ~]# yum --showduplicates list intel-mpi-runtime-64bit : Available Packages intel-mpi-runtime-64bit.x86_64 2019.0-117 intel-psxe-runtime-2019 intel-mpi-runtime-64bit.x86_64 2019.1-144 intel-psxe-runtime-2019 intel-mpi-runtime-64bit.x86_64 2019.2-187 intel-psxe-runtime-2019 intel-mpi-runtime-64bit.x86_64 2019.3-199 intel-psxe-runtime-2019 intel-mpi-runtime-64bit.x86_64 2019.4-243 intel-psxe-runtime-2019 intel-mpi-runtime-64bit.x86_64 2019.5-281 intel-psxe-runtime-2019 intel-mpi-runtime-64bit.x86_64 2019.6-324 intel-psxe-runtime-2019 [root@c ~]# }} となります。何もしなければ最新の「&color(orangered){2019.6-324};」版がインストールされますが、使用したコンパイラが「&color(orange){''2019.4-243''};」なので「 &color(magenta){intel-mpi-runtime-64bit-2019.4-243};」を選択します。 関連ライブラリも合わせて下記のようにインストールを行います #code(nonumber){{ yum install intel-mpi-runtime-64bit-2019.4-243 \ intel-mkl-runtime-64bit-2019.4-243 intel-mkl-common-runtime-2019.4-243 \ intel-comp-runtime-64bit-2019.4-243 intel-comp-common-runtime-2019.4-243 yum install intel-mpi-runtime-64bit-2019.4-243 }} &color(red){*};&size(10){「intel-mpi-runtime-64bit」はもう一度インストールしないと入らなかった. 原因は不明}; ***内容 [#odbe8dae] パッケージをインストールすると下記のように展開される。 #code(nonumber){{ [root@c ~]# ls -l /opt/intel/ total 0 lrwxrwxrwx 1 root root 17 Mar 29 20:20 psxe_runtime -> psxe_runtime_2019 lrwxrwxrwx 1 root root 23 Mar 29 20:20 psxe_runtime_2019 -> psxe_runtime_2019.4.243 drwxr-xr-x 5 root root 57 Mar 29 20:20 psxe_runtime_2019.4.243 [root@c ~]# }} ***つかう [#v46e110d] 単純に #code(nonumber){{ source /opt/intel/psxe_runtime/linux/mpi/intel64/bin/mpivars.sh intel64 }} で環境変数らは定義される。 &color(red){*};「/opt/intel/psxe_runtime/linux/bin/psxevars.sh」は正しく機能しなかった [[EnvironmentModules]]で制御するなら下記のようなmoduleファイルを用意する #code(nonumber){{ #%Module1.0 # set icc /opt/intel/psxe_runtime_2019.4.243/linux set tbb $icc/tbb/lib/intel64/gcc4.7 set mpi $icc/mpi/intel64/libfabric/lib:$icc/mpi/intel64/lib/release:$icc/mpi/intel64/lib set mkl $icc/mkl/lib/intel64 set cmp $icc/compiler/lib/intel64_lin setenv I_MPI_ROOT $icc/mpi setenv FI_PROVIDER tcp setenv FI_PROVIDER_PATH $icc/mpi/intel64/libfabric/lib/prov prepend-path MANPATH $icc/mpi/man prepend-path LIBRARY_PATH $icc/mpi/intel64/libfabric/lib prepend-path LD_LIBRARY_PATH $mpi:$mkl:$cmp:$tbb prepend-path PATH $icc/mpi/intel64/libfabric/bin:$icc/mpi/intel64/bin prepend-path CLASSPATH $icc/mpi/intel64/lib/mpi.jar }} relionのqsub.shは下記のようにします。 #code(nonumber){{ #!/bin/bash #PBS -q XXXqueueXXX #PBS -l nodes=XXXnodesXXX:ppn=XXXcoresXXX #PBS -N XXXnameXXX # # mpirun opt=" -r rsh " # cd $PBS_O_WORKDIR : (略) : }} mpirunのオプションがopenmpiの 「--mca plm_rsh_agent rsh」の代替に「-r rsh」 が必要になります。既定はsshです。 ***memo [#z668c0c7] 各計算ノードの/etc/hostsに自分のipアドレスの記載が必要みたい. 「FI_PROVIDER=tcp」も必須みたい. [-print-rank-map] [-perhost n] 複数のノードを使って計算する際、n個分はじめのノードで実行され、次にノードもn個分、、、と[-n]の値まで振る [-ppn n] 上記[-perhost n]と同じ。[-ppn 1]なら1個始めのノードにおいて、次は次のノードに置かれる [mpirun -ppn 8 -n 32 ./a.out]なら一台連続したプロセスを8個作って、次のノードに移ってまた8個作って、、合計４台まで振る
