![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
#author("2021-11-25T11:01:54+00:00","default:sysosa","sysosa") #author("2021-12-22T14:24:01+00:00","default:sysosa","sysosa") 本家様 [[https://github.com/tribell4310/reliosparc>+https://github.com/tribell4310/reliosparc]] 「reliosparc - interfacing between cryoSPARC and Relion」とある. Python3.5以降の対応なので CentOS7 の標準は 2.7.5 なので無理. 一方「python3」として提供されているのは「3.6.8」で行ける. cudaの絡みとかもないのでOS提供の python3 を使う形で reliosparc をインストールしてみる. &size(10){pyenv/anacondaで環境を分けてもいいが、ツールのようなのでOS提供python3に入れる事とした}; ***下準備 [#jeed9074] OS提供のpython3を入れる #code(nonumber){{ [root@centos7 ~]# yum install epel-release [root@centos7 ~]# yum install python3 python36-numpy dos2unix [root@centos8 ~]# yum --enablerepo=powertools install python3-numpy dos2unix python3-matplotlib [root@centos8 ~]# dnf --enablerepo=powertools install python3-numpy dos2unix python3-matplotlib }} ***インストール [#p74c44cc] #code(nonumber){{ [root@centos7 ~]# cd /apps [root@centos7 apps]# git clone https://github.com/tribell4310/reliosparc }} ちょいと修正 #code(nonumber){{ [root@centos7 ~]# cd /apps/reliosparc [root@centos7 reliosparc]# file cs_to_stars.py cs_to_stars.py: Python script, ASCII text executable, with CRLF line terminators (dosファイル形式なので) [root@centos7 reliosparc]# dos2unix cs_to_stars.py dos2unix: converting file cs_to_stars.py to Unix format ... [root@centos7 reliosparc]# file cs_to_stars.py cs_to_stars.py: Python script, ASCII text executable (unix形式へ変換) [root@centos7 reliosparc]# (行頭を修正) [root@centos7 reliosparc]# head -n 3 cs_to_stars.py (初めの３行を表示) """ Tristan Bell [root@centos7 reliosparc]# sed -i '1s/^/#!\/usr\/bin\/python3\n/' cs_to_stars.py [root@centos7 reliosparc]# head -n 3 cs_to_stars.py #!/usr/bin/python3 """ [root@centos7 reliosparc]# chmod +x cs_to_stars.py }} と使用するpython3を指定しました. &size(10){「python3 /apps/reliosparc/cs_to_stars.py」で実行してもいいのでしょうけど. }; ***EnvironmentModules [#a37c53ea] 「/etc/modulefiles/reliosparc 」 #code(nonumber){{ #%Module1.0 set-alias cs_to_stars.py /apps/reliosparc/cs_to_stars.py }} ***使い方 [#w3728778] #code(nonumber){{ module load reliosparc cs_to_stars.py }} ***メモ [#x505d559] 本家様には 「The cs_to_stars.py script can take a cryosparc *.cs file, extract the particle coordinates, and format them into star files for easy import into relion. Please note that this script only transfers particle coordinates. If you would rather extract a particle stack in cryosparc and process it further in relion, the csparc2star script in David Asarnow's PyEM repository works well.」 と書かれています。 その csparc2star は [[PyEM]] にあります.
