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#author("2025-09-25T14:15:54+00:00","default:sysosa","sysosa")
本家様 [[https://github.com/CellArchLab/slabify-et>+https://github.com/CellArchLab/slabify-et]]

A CLI tool to segment the lamella slab in cryo-ET volumes

conda環境で構築するようで、ここではpyenv-anaconda/miniforge3でconda環境を敷いている.
っで
#code(nonumber){{
git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
pyenv install miniforge3-25.3.1-0
source /apps/pyenv/versions/miniforge3-25.3.1-0/etc/profile.d/conda.sh
conda update conda
 
(既に環境があるなら)
 
source /apps/pyenv/versions/miniforge3-25.3.1-0/etc/profile.d/conda.sh
}}
その上で slabify-et を構築します

#code(nonumber){{
conda create -n slabify python=3.12
conda activate slabify

cd /apps/src
git clone https://github.com/CellArchLab/slabify-et.git

cd slabify-et
pip install .
}}

Environment-modules
「/apps/modulefiles/slabify」
#code(nonumber){{
#%Module
module load IMOD

set          root /apps/pyenv/versions/miniforge3-25.3.1-0/envs/slabify
prepend-path PATH $root/bin
}}