本家様 [[https://www.phenix-online.org/>+https://www.phenix-online.org/]]

&size(10){[[MacOSX版>xray/Phenix/MacOSX]]};
&size(10){[[xray/Phenix/cryoFIT]]};

***ダウンロード [#z47fcd22]
アプリケーションを入手するためにはユーザ登録が必要で、[[http://www.phenix-online.org/phenix_request/index.cgi>+http://www.phenix-online.org/phenix_request/index.cgi]]からその登録を行う
登録が完了すると登録したメールアドレスにログインユーザ名とパスワードが送られる。

それを使って、ダウンロードページ[[https://www.phenix-online.org/download/>+https://www.phenix-online.org/download/]]の
&color(orangered){Download};リンクボタンを押下して認証を進めます。

ダウンロード可能なファイルはLinux, macOS, windows毎に用意されている。

-32-bit Linux (Intel/AMD)
Kernel 2.6 (32-bit; CentOS 5) [ download command-line installer ]
-64-bit Linux (Intel/AMD)
Kernel 2.6 (64-bit; CentOS 5) [ download command-line installer ]
Kernel 2.6 (64-bit; CentOS 6) [ download command-line installer ]
-Macintosh
OS X 10.7+ (64-bit Intel) [ download point-and-click installer ]
OS X 10.7+ (64-bit Intel) [ download command-line installer ]
-Windows (partially supported)
32-bit (Windows XP or newer) [download point-and-click installer (recommended)]
64-bit (Windows 7 or newer) [download point-and-click installer (recommended)]
64-bit (Windows 7 or newer) [download command-line installer]
32-bit (Windows XP or newer) [download command-line installer]

ここでは「&color(magenta){Kernel 2.6 (64-bit; CentOS 6)};」を取得した

***インストール [#ked4eef3]
取得したファイルをまずは展開して、--prefixでインストール先を指定する
#code(nonumber){{
[root@c ~]# yum install xorg-x11-font-utils
[root@c ~]# cd /Appl/Linux/src
[root@c src]# tar xf ./phenix-installer-1.13-2998-intel-linux-2.6-x86_64-centos6.tar.gz
[root@c src]# cd phenix-installer-1.13-2998-intel-linux-2.6-x86_64-centos6
[root@c phenix-installer-1.13-2998-intel-linux-2.6-x86_64-centos6]#
[root@c phenix-installer-1.13-2998-intel-linux-2.6-x86_64-centos6]# ./install --help
 :
Usage: install [options]
Options:
  --prefix=<path>        Determines PHENIX installation path, which
                         will be <path > /phenix-[version]
 :
[root@c phenix-installer-1.13-2998-intel-linux-2.6-x86_64-centos6]# ./install --prefix=/Appl
}}
これで/Applを起点に展開される
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cd /Appl/phenix-1.13-2998
[root@c phenix-1.13-2998]# ls -l
total 168
drwxr-xr-x  9 root root   4096 Feb  8 11:08 base
drwxr-xr-x 47 root root   4096 Feb  8 11:08 build
-rw-r--r--  1 root root 107760 Feb  8 11:09 CHANGES
drwxr-xr-x  9 root root   4096 Feb  8 11:09 doc
-rw-r--r--  1 root root  10172 Feb  8 11:09 LICENSE
drwxr-xr-x 38 root root   4096 Feb  8 11:08 modules
-rw-r--r--  1 root root    119 Feb  8 11:08 phenix_env.csh
-rw-r--r--  1 root root    111 Feb  8 11:08 phenix_env.sh
-rw-r--r--  1 root root   9568 Feb  8 11:09 README
-rw-r--r--  1 root root   8876 Feb  8 11:09 SOURCES
[root@c phenix-1.13-2998]#
}}

実行するには、各ユーザでbashユーザなら
#code(nonumber){{
source /Appl/phenix-1.13-2998/phenix_env.sh
}}
csh/tcshユーザなら
#code(nonumber){{
source /Appl/phenix-1.13-2998/phenix_env.csh
}}
を実行して環境整備後に使用します。

ただ、pythonのバージョンが変わってしまうので
#code(nonumber){{
bash:
alias phenix='(source /Appl/phenix/phenix_env.sh && /Appl/phenix/build/bin/phenix)'

csh:
alias phenix '(source /Appl/phenix/phenix_env.csh;/Appl/phenix/build/bin/phenix)'
}}
とかの方がいいのかもしれない。


***メモ [#td4b6a2f]
Phenixからcootボタンを押して起動させる場合、PATH環境変数にcootが必要みたい。
alias coot='/Appl/coot/bin/coot'
と横着したら起動できなくなった.....

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