本家様 https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/personal/pemsley/coot/

昔のページxray/coot

CentOS 8にcootのバイナリー版を入れてもそのままでは動かない(1912現在)。
coot-0.8.9.2-pre-revision-7766-binary-Linux-x86_64-rhel-6-python-gtk2.tar.gz
coot-0.8.9.1-binary-Linux-x86_64-rhel-6-python-gtk2.tar.gz

error while loading shared libraries: libgnomecanvas-2.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory

とかエラーが生じる。この「libgnomecanvas-2.so.0」はlibgnomecanvas-2.30.3-8.el7.x86_64.rpmパッケージとしてCentOS7にはあったのだが、CentOS8には今のところない。

Fedoraから拝借

仕方ないのでFedraOSから拝借してみる。
*Red Hat Enterprise Linux 8.0はFedora 28をベース

必要なパッケージは下記の3つ

libgnomecanvas-2.30.3-16.fc29.x86_64.rpm
libglade2-2.6.4-19.fc29.x8
libart_lgpl-2.3.21-20.fc29.x86_64.rpm

これらはFedora29向けのパッケージなので該当するSRPMからrpmbuildで再構築してみる。
*一応、yum localinstallでこれらのRPMをCentOS8にインストールはできたけど、微妙なのでrebuildしている

該当するSRPMをpkgs.orgらから入手します。
基本的に「rpmbuild --rebuild --clean <SRPM>」で作れるのだが、順序とか必要なCentOS8追加パッケージがあります。
CentOS8追加パッケージ

yum install mesa-libGLU gtk2-devel libxml2-devel python2 compat-openssl10

あと当然「yum groupinstall "Development Tools"」は必須

っで、まず
libart_lgpl-2.3.21-20.fc29.src.rpm

libglade2-2.6.4-19.fc29.src.rpm
を調理します。

rpmbuild --rebuild --clean libart_lgpl-2.3.21-20.fc29.src.rpm
 
rpmbuild --rebuild --clean libglade2-2.6.4-19.fc29.src.rpm

CentOS8は基本python3なのですが、「libglade2-2.6.4-19.fc29.src.rpm」のrebuiildにpython2が必要です

完成後「rpmbuild/RPMS/x86_64/」にある

libart_lgpl-2.3.21-20.el8.x86_64.rpm
libart_lgpl-devel-2.3.21-20.el8.x86_64.rpm
libglade2-2.6.4-19.el8.x86_64.rpm
libglade2-devel-2.6.4-19.el8.x86_64.rpm

を「yum localinstall」でインストール後に libgnomecanvas を作ります。
作り方は

rpmbuild --rebuild --clean libgnomecanvas-2.30.3-16.fc29.src.rpm

出来上がった「rpmbuild/RPMS/x86_64/」にある

libgnomecanvas-2.30.3-16.el8.x86_64.rpm

を「yum localinstall」でインストールします。

coot起動

単に
/apps/coot-Linux-x86_64-rhel-6-pre-release-gtk2-python/bin/coot
と指定しすれば動くが、
EnvironmentModulesを使うなら

[root@c ~]# vi /etc/modulefiles/coot
#%Module1.0
#
set-alias coot /apps/coot-Linux-x86_64-rhel-6-pre-release-gtk2-python/bin/coot

で宜しいかと。

メモ

「coot-0.8.9.1-binary-Linux-x86_64-rhel-6-python-gtk2.tar.gz」なら「libpng12」パッケージが必要


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Last-modified: 2019-12-09 (月) 03:07:13 (42d)