とちゅう

YouTubeに掲載されているhttps://www.youtube.com/watch?v=hhB8qUBBnJQを見てどうしても使ってみたいと思った。
この動画からバージョンは「Coot 0.9-pre EL (revision count 9099)」とある。
っで、今現在(1912)cootのソースコード展開場所https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/personal/pemsley/coot/source/pre-releases/0.9-pre/では

Index of /personal/pemsley/coot/source/pre-releases/0.9-pre
Name	Last modified	Size	Description
Parent Directory	 	-	 
coot-0.9-pre-revision-9631.tar.gz	2019-11-10 18:24	19M	 
coot-0.9-pre-revision-9633.tar.gz	2019-11-10 20:12	19M	 
coot-0.9-pre-revision-9635.tar.gz	2019-11-10 20:29	19M	 
coot-0.9-pre-revision-9637.tar.gz	2019-11-10 20:55	19M	 
coot-0.9-pre-revision-9639.tar.gz	2019-11-26 19:10	19M	 
coot-0.9-pre-revision-9658.tar.gz	2019-11-26 19:15	19M	

が提供されている

とりあえず慣れているCentOS 7 にてバイナリーを作ってみることにした

autobuilding

自動でcoot構築してくれるスクリプトがあるようで、まずそのスクリプトでコンパイルしてみます。
まず取得

[root@c7 ~]# wget https://raw.githubusercontent.com/pemsley/coot/master/build-it

そしてそれを実行します

[root@c7 ~]# bash ./build-it

これで実行者のホームディレクトリに「~/autobuild」を掘って各種関連アプリをダウンロードして
コンパイルしてくれます。

っが、取得した「build-it」のままでは、preの最新版「coot-0.8.9.3-pre-revision-8011.tar.gz」を対象としてします。
これはbuild-itの1462行目から始まるcootソースコード取得先が coot-0.8.9.xがあるところで、その最新版を取得したため。

pre_release_server_dir=http://www.ysbl.york.ac.uk/~emsley/software/pre-release/
pre_release_server_dir=http://lmb.bioch.ox.ac.uk/coot/software/source/pre-releases/
pre_release_server_dir=http://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/groups/murshudov/coot/source/pre-releases/
pre_release_server_dir=http://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/personal/pemsley/coot/source/pre-releases

ソースから手作業で作成

これによると「mmdb2」と「clipper」は要する必要があるようで、

[root@c7 ~]# yum install ssm-devel mmdb2-devel clipper-devel gtkglext-devel freeglut-devel boost-devel

インストール方法は、「INSTALL」に記載されている

ここでは「coot-0.9-pre-revision-9658.tar.gz」を取得しました

[root@c7 ~]# cd /apps/src
[root@c7 src]# gzip -cd coot-0.9-pre-revision-9658.tar.gz | tar xf - && cd coot-0.9-pre
[root@c7 coot-0.9-pre]# CXX='g++ -std=c++1y' ./configure
[root@c7 coot-0.9-pre]# make

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Last-modified: 2019-12-17 (火) 06:40:57 (33d)