[root@rockylinux9 ~]# cat /etc/redhat-release
Rocky Linux release 9.7 (Blue Onyx)
[root@rockylinux9 ~]# uname -r
5.14.0-611.5.1.el9_7.x86_64
[root@rockylinux9 ~]# cat /proc/driver/nvidia/version
NVRM version: NVIDIA UNIX Open Kernel Module for x86_64 580.126.09 Release Build (dvs-builder@U22-I3-AM02-24-3) Wed Jan 7 22:51:36 UTC 2026
GCC version: gcc version 11.5.0 20240719 (Red Hat 11.5.0-11) (GCC)
[root@rockylinux9 ~]# nvidia-smi -L
GPU 0: NVIDIA RTX A2000 (UUID: GPU-23cc3ee7-31d3-a068-2f61-5aa00052d084)
[root@rockylinux9 ~]# dnf groupinstall "Development Tools"
[root@rockylinux9 ~]# dnf install epel-release
[root@rockylinux9 ~]# dnf config-manager --enable crb
[root@rockylinux9 ~]# dnf install --enablerepo=devel cmake texinfo gtk4-devel gfortran libepoxy-devel swig blas-devel lapack-devel re2c libpsl-devel readline-devel libjpeg-devel psl gobject-introspection-devel python3-gobject-devel
[root@rockylinux9 ~]# mkdir script ; cd script
[root@rockylinux9 script]#
[root@rockylinux9 script]# wget https://raw.githubusercontent.com/pemsley/coot/main/build-it-3-3
[root@rockylinux9 script]# grep ^script_version build-it-3-3
script_version=6.25
[root@rockylinux9 script]#
(greg-tests向け)
[root@rockylinux9 script]# ( mkdir ~/data && cd ~/data && wget http://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/Personal/pemsley/coot/data/greg-data.tar.gz && tar xf greg-data.tar.gz && rm -f greg-data.tar.gz )
[root@rockylinux9 script]# vi ./build-it-3-3「build-it-3-3」の中で修正を行います.
変更項目
dist_ver, coot_versionが提示できるようにしてみた
python3.14ではNumPy1.26.4でエラーになるので3.11へ。
pygobjectが3.52.3ではgirepository-2.0を要求するがrockylinux9に未対応で1.72系まで。なので3.46.0へ
greg-testsができるように
|
これでコンパイルします.
[root@rockylinux9 script]# run_tests=true AUTOBUILD_INSTALLED=/apps/coot bash ./build-it-3-3
:
(ケーキと紅茶)
:
[root@rockylinux9 script]#コンパイルが完了すると/appsに「coot」と「coot-Linux-x86_64-rocky-9.6-gtk4」が現れる
[root@rockylinux9 ~]# ls -l /apps/
total 0
drwxr-xr-x. 9 root root 96 Feb 16 04:08 coot
drwxr-xr-x. 7 root root 68 Feb 16 04:10 coot-Linux-x86_64-rocky-9.7-gtk4
[root@rockylinux9 ~]#「/apps/coot」はbuild時に用意されてモノで、必要なファイルらを移した「/apps/coot-Linux-x86_64-rocky-9.7-gtk4」を使うものかと思うのだが、
必要なファイルが適切に移っていない模様.
取り敢えずは「/apps/cooot」を使ってみる
っでEnvironment-modulesは「/apps/modulefiles/coot」を下記のようにします.
#%Module1.0
set root /apps/coot
prepend-path PATH $root/bin
prepend-path LD_LIBRARY_PATH $root/libこれをloadして「coot」と実行すると

そして本体の画面が表示され、そのヘルプは下記になります
cootのソースコードをgitで取ってきて最新版なので「1.1.x-pre」になっているのかも.

リモートでX11越しに使うのは微妙でしょうか。コンソールで使った方が早いですね.
root@ubuntu24:~# apt install build-essential git cmake m4 libtool swig flex bison gfortran autoconf automake libssl-dev libblas-dev \
liblapack-dev libncurses5-dev libjpeg-dev libgtk-4-dev libpsl-dev pkg-config gobject-introspection python-gi-dev libgirepository-1.0-dev
root@ubuntu24:~#
root@ubuntu24:~# mkdir script
root@ubuntu24:~# cd script/
root@ubuntu24:~/script#
root@ubuntu24:~/script# wget https://raw.githubusercontent.com/pemsley/coot/main/build-it-3-3
root@ubuntu24:~/script# grep ^script_version build-it-3-3
script_version=6.25
root@ubuntu24:~/script#ubuntu側はスクリプトの修正なしで大丈夫のようです
っで構築
root@ubuntu24:~/script# AUTOBUILD_INSTALLED=/apps/coot bash ./build-it-3-3
root@ubuntu24:~/script# cd /apps/
root@ubuntu24:/apps# ls -l
drwxr-xr-x 8 root root 4096 Feb 16 18:54 coot
drwxr-xr-x 7 root root 4096 Feb 16 18:55 coot-Linux-x86_64-ubuntu-24.04.4-gtk4
root@ubuntu24:/apps#インストール先を「/apps/coot」として作成しますが、その後に「/apps/coot」から必要な分をコピーした「/apps/coot-Linux-x86_64-ubuntu-24.04.4-gtk4」が用意されます.
なので「/apps/coot」を削除してもいいかなと思うのだが、どうも必要なファイルが全部「/apps/coot-Linux-x86_64-ubuntu-24.04.4-gtk4」に移っていない模様
いずれ修正されるかもしれないけどね。
なのでenvironment-modulesは、
「/apps/modulefiles/coot」
#%Module1.0
#set root /apps/coot-Linux-x86_64-ubuntu-24.04.4-gtk4
set root /apps/coot
prepend-path PATH $root/bin
prepend-path LD_LIBRARY_PATH $root/libとします。