![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
本家様 https://cryocat.readthedocs.io/latest/
git https://github.com/turonova/cryoCAT
Contextual Analysis Tools for cryoET and subtomogram averaging
(deepL様翻訳：クライオETおよびサブトモグラム平均化のためのコンテキスト解析ツール)
pyenv/anacondaで作ってます
まずconda環境を読み込みます
source /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.10-1/etc/profile.d/conda.shもしまだconda環境を作ってないなら
git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
pyenv install anaconda3-2024.10-1
source /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.10-1/etc/profile.d/conda.shとします.
その上で
conda create -n cryoCAT scipy==1.9.1 numpy==1.23.4 pandas==1.5.3 scikit-image==0.20.0 emfile==0.3.0 mrcfile==1.4.3 matplotlib==3.6.2 seaborn==0.12.1 scikit-learn==1.0.2 lmfit==1.2.2 h5py==3.10.0 -c conda-forge
conda activate cryoCAT
cd /apps
git clone https://github.com/turonova/cryoCAT
cd cryoCAT
pip install -e .「/apps/modulefiles/cryoCAT」
#%Module1.0
set root /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.10-1/envs/cryoCAT
prepend-path PATH $root/binみかんせい
使い方としては「ipython」か「jupyter notebook」「jupyter lab」経由でインターラクティヴな感じで操作でしょうか.
