本家様 http://cb.csail.mit.edu/cb/cryodrgn/

githubで公開されている https://github.com/zhonge/cryodrgn
ライセンス的には「GNU General Public License v3.0」https://github.com/zhonge/cryodrgn/blob/master/LICENSE.txtのようで商用も大丈夫みたい

下準備

インストール環境はこんな感じ.

[root@rockylinux9 ~]# cat /etc/redhat-release
Rocky Linux release 9.2 (Blue Onyx)
 
[root@rockylinux9 ~]# cat /proc/driver/nvidia/version
NVRM version: NVIDIA UNIX x86_64 Kernel Module  535.54.03  Tue Jun  6 22:20:39 UTC 2023
GCC version:  gcc version 11.3.1 20221121 (Red Hat 11.3.1-4) (GCC)
 
[root@rockylinux9 ~]#

まずcrYOLOのようにpyenv/anaconda環境を用意します
こちらは/apps/pyenvにpyenvの基点を作り、その配下に pythonパッケージ管理anaconda を敷いている
anaconda/minicondaを直接入れて構築するのもありだけど、ここではpyenvを間に入れてます

git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
pyenv install anaconda3-2023.03
pyenv global anaconda3-2023.03
export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-2023.03/bin/:$PATH
conda update conda
 
(既に環境があるなら)
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-2023.03/bin/:$PATH

インストール

pipに登録されているのでそれを利用します
https://pypi.org/project/cryodrgn/
pythonは3.7以上であればいいみたい. っが、python3.11とかにしたら上手く動かない様子

[root@rockylinux9 ~]# conda create --name cryodrgn python=3.8
 
[root@rockylinux9 ~]# source activate cryodrgn
 
(cryodrgn) [root@rockylinux9 ~]# pip install cryodrgn
 
(cryodrgn) [root@rockylinux9 ~]# conda list
# packages in environment at /apps/pyenv/versions/anaconda3-2023.03/envs/cryodrgn:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
_libgcc_mutex             0.1                        main
_openmp_mutex             5.1                       1_gnu
anyio                     3.7.0                    pypi_0    pypi
argon2-cffi               21.3.0                   pypi_0    pypi
argon2-cffi-bindings      21.2.0                   pypi_0    pypi
arrow                     1.2.3                    pypi_0    pypi
astropy                   5.2.2                    pypi_0    pypi
asttokens                 2.2.1                    pypi_0    pypi
async-lru                 2.0.2                    pypi_0    pypi
attrs                     23.1.0                   pypi_0    pypi
babel                     2.12.1                   pypi_0    pypi
backcall                  0.2.0                    pypi_0    pypi
beautifulsoup4            4.12.2                   pypi_0    pypi
bleach                    6.0.0                    pypi_0    pypi
ca-certificates           2023.05.30           h06a4308_0
certifi                   2023.5.7                 pypi_0    pypi
cffi                      1.15.1                   pypi_0    pypi
charset-normalizer        3.1.0                    pypi_0    pypi
cmake                     3.26.4                   pypi_0    pypi
colorlover                0.3.0                    pypi_0    pypi
comm                      0.1.3                    pypi_0    pypi
contourpy                 1.1.0                    pypi_0    pypi
cryodrgn                  2.3.0                    pypi_0    pypi
cufflinks                 0.17.3                   pypi_0    pypi
cycler                    0.11.0                   pypi_0    pypi
debugpy                   1.6.7                    pypi_0    pypi
decorator                 5.1.1                    pypi_0    pypi
defusedxml                0.7.1                    pypi_0    pypi
exceptiongroup            1.1.1                    pypi_0    pypi
executing                 1.2.0                    pypi_0    pypi
fastjsonschema            2.17.1                   pypi_0    pypi
filelock                  3.12.2                   pypi_0    pypi
fonttools                 4.40.0                   pypi_0    pypi
fqdn                      1.5.1                    pypi_0    pypi
healpy                    1.16.2                   pypi_0    pypi
idna                      3.4                      pypi_0    pypi
importlib-metadata        6.7.0                    pypi_0    pypi
importlib-resources       5.12.0                   pypi_0    pypi
ipykernel                 6.23.2                   pypi_0    pypi
ipython                   8.12.2                   pypi_0    pypi
ipython-genutils          0.2.0                    pypi_0    pypi
ipywidgets                7.7.5                    pypi_0    pypi
isoduration               20.11.0                  pypi_0    pypi
jedi                      0.18.2                   pypi_0    pypi
jinja2                    3.1.2                    pypi_0    pypi
joblib                    1.2.0                    pypi_0    pypi
json5                     0.9.14                   pypi_0    pypi
jsonpointer               2.4                      pypi_0    pypi
jsonschema                4.17.3                   pypi_0    pypi
jupyter-client            8.2.0                    pypi_0    pypi
jupyter-core              5.3.1                    pypi_0    pypi
jupyter-events            0.6.3                    pypi_0    pypi
jupyter-lsp               2.2.0                    pypi_0    pypi
jupyter-server            2.6.0                    pypi_0    pypi
jupyter-server-terminals  0.4.4                    pypi_0    pypi
jupyterlab                4.0.2                    pypi_0    pypi
jupyterlab-pygments       0.2.2                    pypi_0    pypi
jupyterlab-server         2.23.0                   pypi_0    pypi
jupyterlab-widgets        1.1.4                    pypi_0    pypi
kiwisolver                1.4.4                    pypi_0    pypi
ld_impl_linux-64          2.38                 h1181459_1
libffi                    3.4.4                h6a678d5_0
libgcc-ng                 11.2.0               h1234567_1
libgomp                   11.2.0               h1234567_1
libstdcxx-ng              11.2.0               h1234567_1
lit                       16.0.6                   pypi_0    pypi
llvmlite                  0.40.1rc1                pypi_0    pypi
markupsafe                2.1.3                    pypi_0    pypi
matplotlib                3.7.1                    pypi_0    pypi
matplotlib-inline         0.1.6                    pypi_0    pypi
mistune                   2.0.5                    pypi_0    pypi
mpmath                    1.3.0                    pypi_0    pypi
nbclassic                 1.0.0                    pypi_0    pypi
nbclient                  0.8.0                    pypi_0    pypi
nbconvert                 7.5.0                    pypi_0    pypi
nbformat                  5.9.0                    pypi_0    pypi
ncurses                   6.4                  h6a678d5_0
nest-asyncio              1.5.6                    pypi_0    pypi
networkx                  3.1                      pypi_0    pypi
notebook                  6.5.4                    pypi_0    pypi
notebook-shim             0.2.3                    pypi_0    pypi
numba                     0.57.0                   pypi_0    pypi
numpy                     1.24.3                   pypi_0    pypi
nvidia-cublas-cu11        11.10.3.66               pypi_0    pypi
nvidia-cuda-cupti-cu11    11.7.101                 pypi_0    pypi
nvidia-cuda-nvrtc-cu11    11.7.99                  pypi_0    pypi
nvidia-cuda-runtime-cu11  11.7.99                  pypi_0    pypi
nvidia-cudnn-cu11         8.5.0.96                 pypi_0    pypi
nvidia-cufft-cu11         10.9.0.58                pypi_0    pypi
nvidia-curand-cu11        10.2.10.91               pypi_0    pypi
nvidia-cusolver-cu11      11.4.0.1                 pypi_0    pypi
nvidia-cusparse-cu11      11.7.4.91                pypi_0    pypi
nvidia-nccl-cu11          2.14.3                   pypi_0    pypi
nvidia-nvtx-cu11          11.7.91                  pypi_0    pypi
openssl                   3.0.8                h7f8727e_0
overrides                 7.3.1                    pypi_0    pypi
packaging                 23.1                     pypi_0    pypi
pandas                    1.5.3                    pypi_0    pypi
pandocfilters             1.5.0                    pypi_0    pypi
parso                     0.8.3                    pypi_0    pypi
pexpect                   4.8.0                    pypi_0    pypi
pickleshare               0.7.5                    pypi_0    pypi
pillow                    9.5.0                    pypi_0    pypi
pip                       23.1.2           py38h06a4308_0
pkgutil-resolve-name      1.3.10                   pypi_0    pypi
platformdirs              3.6.0                    pypi_0    pypi
plotly                    5.15.0                   pypi_0    pypi
prometheus-client         0.17.0                   pypi_0    pypi
prompt-toolkit            3.0.38                   pypi_0    pypi
psutil                    5.9.5                    pypi_0    pypi
ptyprocess                0.7.0                    pypi_0    pypi
pure-eval                 0.2.2                    pypi_0    pypi
pycparser                 2.21                     pypi_0    pypi
pyerfa                    2.0.0.3                  pypi_0    pypi
pygments                  2.15.1                   pypi_0    pypi
pynndescent               0.5.10                   pypi_0    pypi
pyparsing                 3.1.0                    pypi_0    pypi
pyrsistent                0.19.3                   pypi_0    pypi
python                    3.8.16               h955ad1f_4
python-dateutil           2.8.2                    pypi_0    pypi
python-json-logger        2.0.7                    pypi_0    pypi
pytz                      2023.3                   pypi_0    pypi
pyyaml                    6.0                      pypi_0    pypi
pyzmq                     25.1.0                   pypi_0    pypi
readline                  8.2                  h5eee18b_0
requests                  2.31.0                   pypi_0    pypi
rfc3339-validator         0.1.4                    pypi_0    pypi
rfc3986-validator         0.1.1                    pypi_0    pypi
scikit-learn              1.2.2                    pypi_0    pypi
scipy                     1.10.1                   pypi_0    pypi
seaborn                   0.11.2                   pypi_0    pypi
send2trash                1.8.2                    pypi_0    pypi
setuptools                67.8.0           py38h06a4308_0
six                       1.16.0                   pypi_0    pypi
sniffio                   1.3.0                    pypi_0    pypi
soupsieve                 2.4.1                    pypi_0    pypi
sqlite                    3.41.2               h5eee18b_0
stack-data                0.6.2                    pypi_0    pypi
sympy                     1.12                     pypi_0    pypi
tenacity                  8.2.2                    pypi_0    pypi
terminado                 0.17.1                   pypi_0    pypi
threadpoolctl             3.1.0                    pypi_0    pypi
tinycss2                  1.2.1                    pypi_0    pypi
tk                        8.6.12               h1ccaba5_0
tomli                     2.0.1                    pypi_0    pypi
torch                     2.0.1                    pypi_0    pypi
tornado                   6.3.2                    pypi_0    pypi
tqdm                      4.65.0                   pypi_0    pypi
traitlets                 5.9.0                    pypi_0    pypi
triton                    2.0.0                    pypi_0    pypi
typing-extensions         4.6.3                    pypi_0    pypi
umap-learn                0.5.3                    pypi_0    pypi
uri-template              1.2.0                    pypi_0    pypi
urllib3                   2.0.3                    pypi_0    pypi
wcwidth                   0.2.6                    pypi_0    pypi
webcolors                 1.13                     pypi_0    pypi
webencodings              0.5.1                    pypi_0    pypi
websocket-client          1.6.0                    pypi_0    pypi
wheel                     0.38.4           py38h06a4308_0
widgetsnbextension        3.6.4                    pypi_0    pypi
xz                        5.4.2                h5eee18b_0
zipp                      3.15.0                   pypi_0    pypi
zlib                      1.2.13               h5eee18b_0
(cryodrgn) [root@rockylinux9 ~]#
 
(cryodrgn) [root@rockylinux9 ~]# conda deactivate
[root@rockylinux9 ~]#

EnvironmentModules

下記を「/apps/modulefiles/cryoDRGN」として保存します

#%Module -*- tcl -*-
set          root /apps/pyenv/versions/anaconda3-2023.03/envs/cryodrgn
prepend-path PATH $root/bin

実行方法

まずはEnvironmentModulesで cryoDRGN の実行環境をロードします

[saber@rockylinux9 ~]$ module use /apps/modulefiles/
[saber@rockylinux9 ~]$ module load cryoDRGN

そしてコマンドを実行します

[saber@rockylinux9 ~]$ cryodrgn -h
usage: cryodrgn [-h] [--version]
                {downsample,preprocess,parse_pose_csparc,parse_pose_star,parse_ctf_csparc,parse_ctf_star,train_nn,backproject_voxel,train_vae,eval_vol,eval_images,analyze,analyze_landscape,analyze_landscape_full,pc_traversal,graph_traversal,view_config,abinit_homo,abinit_het}
                ...
 
CryoDRGN neural network reconstruction
 
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  --version             show program's version number and exit
 
Choose a command:
  {downsample,preprocess,parse_pose_csparc,parse_pose_star,parse_ctf_csparc,parse_ctf_star,train_nn,backproject_voxel,train_vae,eval_vol,eval_images,analyze,analyze_landscape,analyze_landscape_full,pc_traversal,graph_traversal,view_config,abinit_homo,abinit_het}
[saber@rockylinux9 ~]$ cryodrgn --version
cryoDRGN 2.3.0
[saber@rockylinux9 ~]$

*単に「cryodrgn」と実行するとエラーメッセージが表示されます

使い方についてはgithubに詳しく載っているのでそちらを参照してください

メモ

GPUのチェック

[saber@rockylinux9 ~]$ module use /apps/modulefiles/
[saber@rockylinux9 ~]$ module load cryoDRGN
[saber@rockylinux9 ~]$ which python
/apps/pyenv/versions/anaconda3-2023.03/envs/cryodrgn/bin/python
 
[saber@rockylinux9 ~]$ python -V
Python 3.11.3
 
[saber@rockylinux9 ~]$ python
Python 3.11.3 (main, May 15 2023, 15:45:52) [GCC 11.2.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import torch
>>> torch.cuda.is_available()
True
>>> quit()
[saber@rockylinux9 ~]$
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Last-modified: 2023-06-19 (月) 21:05:38