本家様 http://cb.csail.mit.edu/cb/cryodrgn/

githubで公開されている https://github.com/zhonge/cryodrgn
ライセンス的には「GNU General Public License v3.0」https://github.com/zhonge/cryodrgn/blob/master/LICENSE.txtのようで商用も大丈夫みたい

物はpythonアプリで構築/組み込みはcrYOLOとかの方法でしょうか

下準備

まずcrYOLOのようにpyenv/anaconda環境を用意します
こちらは/apps/pyenvにpyenvの基点を作り、その配下に pythonパッケージ管理anaconda を敷いている
anaconda/minicondaを直接入れて構築するのもありだけど、ここではpyenvを間に入れてます

rootで作業します. まずpyenvを入れて、次にanacondaを入れます

git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
eval "$(pyenv init - --no-rehash)"
 
pyenv install anaconda3-5.3.1
pyenv global anaconda3-5.3.1
export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-5.3.1/bin/:$PATH
conda update --all
(あるいは)
conda update conda

インストール

GitHubに記載のように実行しますが、「conda activate cryodrgn」は「source activate cryodrgn」としています。
CentOS7ではこれでないとactivateできなかったので

[root@centos7 ~]# conda create --name cryodrgn python=3.7
[root@centos7 ~]# source activate cryodrgn
 
(cryodrgn) [root@centos7 ~]# conda install pytorch cudatoolkit=10.2 -c pytorch
(cryodrgn) [root@centos7 ~]# conda install pandas
 
(cryodrgn) [root@centos7 ~]# conda install seaborn scikit-learn 
(cryodrgn) [root@centos7 ~]# conda install -c conda-forge umap-learn
(cryodrgn) [root@centos7 ~]# conda install -c conda-forge jupyterlab
(cryodrgn) [root@centos7 ~]# pip install ipywidgets
(cryodrgn) [root@centos7 ~]# pip install cufflinks
 
(cryodrgn) [root@centos7 ~]# cd /apps/src/
(cryodrgn) [root@centos7 src]# git clone https://github.com/zhonge/cryodrgn.git
(cryodrgn) [root@centos7 src]# cd cryodrgn
 
(cryodrgn) [root@centos7 cryodrgn]# ls -CF
analysis_scripts/  cryodrgn/  LICENSE.txt  MANIFEST.in  README.md  setup.py*  testing/  utils/  versions.txt
 
(cryodrgn) [root@centos7 cryodrgn]#
(cryodrgn) [root@centos7 cryodrgn]# git branch
* master
(cryodrgn) [root@centos7 cryodrgn]# git tag
0.0.18
0.0.19
0.1.1
0.1.2
0.2.0
0.2.1
0.2.1b
0.3.0
0.3.0b
0.3.1
(cryodrgn) [root@centos7 cryodrgn]#
(cryodrgn) [root@centos7 cryodrgn]# git checkout -b 0.3.1 refs/tags/0.3.1
Switched to a new branch '0.3.1'
 
(cryodrgn) [root@centos7 cryodrgn]# which python
/apps/pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/envs/cryodrgn/bin/python
 
(cryodrgn) [root@centos7 cryodrgn]# python setup.py install

最後の「python setup.py install」で「/apps/pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/envs/cryodrgn/bin」にプログラムがインストールされます

EnvironmentModules

ここでは各種プログラムの実行にはEnvironmentModulesを用いてコマンドによる実行環境を用意してる
以前なら .bashrcや.cshrcを手動で書き換えてプログラムの実行環境を作っていたが、
プログラムごとに実行環境が必要になったのでEnvironmentModulesで切り替えれる形にしている

アプリごとにpythonのこのバージョン、あのバージョンとかがあってもはや統一的な実行環境が用意できないので

既定でanacondaを敷けばいいのも知れないが、OS由来の環境も保ちたいので

下記を「/etc/modulefiles/cryoDRGN」として保存します

#%Module -*- tcl -*-
set               root              /apps/pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/envs/cryodrgn
prepend-path      PATH              $root/bin

実行方法

まずはEnvironmentModulesで cryoDRGN の実行環境をロードします

[saber@centos7  ~]$ module load cryoDRGN

そしてコマンドを実行します

[saber@centos7  ~]$ cryodrgn -h
usage: cryodrgn [-h] [--version]
                {downsample,parse_pose_csparc,parse_pose_star,parse_ctf_csparc,parse_ctf_star,train_nn,(略
                ...
 
CryoDRGN neural network reconstruction
 
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  --version             show program's version number and exit
 
Choose a command:
  {downsample,parse_pose_csparc,parse_pose_star,parse_ctf_csparc,parse_ctf_star,train_nn,backproject_v(略
 
[saber@centos7  ~]$

*単に「cryodrgn」と実行するとエラーメッセージが表示されます

使い方についてはgithubに詳しく載っているのでそちらを参照してください

jupyterlabが入っているので、notebookも使えそうですね


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Last-modified: 2021-03-13 (土) 00:18:13 (35d)