masterとworkerを一台のマシンで組む場合

cryoSPARCに記載のようにライセンスキーを取得します。
そしてプログラムの入手します。

ここでは「~cryosparc/src/」にプログラムファイルを置いていることを前提します。

下準備

アカウント作成

[root@c ~]# useradd -d /home/cryosparc -m -g em cryosparc

ssdで計算する場所を作成

[root@c ~]# mkdir /scratch/cryosparc_cache
[root@c ~]# chown cryosparc:em /scratch/cryosparc_cache
[root@c ~]# chmod 777 /scratch/cryosparc_cache

インストール

[root@c ~]# su - cryosparc
 
[cryosparc@c ~]$ pwd
/home/cryosparc
 
[cryosparc@c ~]$ mkdir -p software/cryosparc
 
 
[cryosparc@c ~]$ cd software/cryosparc
[cryosparc@c cryosparc]$ gzip -cd ~/src/cryosparc2_master.tar.gz | tar xf -
[cryosparc@c cryosparc]$ gzip -cd ~/src/cryosparc2_worker.tar.gz | tar xf -
 
[cryosparc@c cryosparc]$ ls -CF
cryosparc2_master/  cryosparc2_worker/
 
[cryosparc@c cryosparc]$ cd cryosparc2_master
 
[cryosparc@c cryosparc2_master]$ ls -CF
bin/                    cryosparc2_compute/  deps_bundle_hashes/      supervisord.conf
check_install_deps.sh*  cryosparc2_webapp/   install.sh*              version
cryosparc2_command/     deps_bundle/         setup_client_ipython.py
 
[cryosparc@n01 cryosparc2_master]$ pwd
/home/cryosparc/software/cryosparc/cryosparc2_master
 
[cryosparc@c cryosparc2_master]$ ./install.sh  --standalone \
                                               --license xxxxxxxx-xxxx-xxxx-xxxx-xxxxxxxxxxxx \
                                               --worker_path /home/cryosparc/software/cryosparc/cryosparc2_worker \
                                               --cudapath /usr/local/cuda-10.1 \
                                               --ssdpath /scratch/cryosparc_cache \
                                               --initial_email <user_email> \
                                               --initial_password <user_password> \
                                               --initial_name <user_name>

上記 install.sh を実行すると下記のような確認画面が表示されます

************ CRYOSPARC SYSTEM: MASTER INSTALLER **************
 
 Installation Settings:
   License ID              : xxxxxxxx-xxxx-xxxx-xxxx-xxxxxxxxxxxx
   Root Directory          : /home/cryosparc/software/cryosparc/cryosparc2_master
   Master Hostname         : c.sybyl.local
   Database Directory      : /home/cryosparc/software/cryosparc/cryosparc2_database
   Base HTTP Port Number   : 39000
   Developer Install       : false
   Operating System        : Linux
   Insecure Install        : false
   Standalone Install      : true
   Worker Root Directory   : /home/cryosparc/software/cryosparc/cryosparc2_worker
   Initial User Email      : xxxxxxxx@xxxxxxxxxxx.jp
   Initial User Password   : xxxxxxxx
   Initial User Name       : xxxxxxxx
   CUDA Path               : /usr/local/cuda-10.1
   SSD                     : true
   SSD Path                : /scratch/cryosparc_cache
   Version                 : v2.11.0
 
******************************************************************
 
The cryoSPARC System master installation will host a database,
web application, and command layer for cryoSPARC, but will not
perform processing jobs.
 
Please read and confirm the above settings. The cryoSPARC database
will be stored at the database directory which is relative to the
root directory, unless provided as an absolute path.
You can change the database directory now by passing the --dbapth
parameter to this installer, or later via the command line.
 
Are the above settings correct?
1) Yes
2) No
#?

入力値に問題がなければ[1]を入力します。

最後に

 CryoSPARC System master has now been installed.
 Add bin directory to your ~/.bashrc ?
1) Yes
2) No
#?

と問われるが、[1]を入力します

めも

ログ関係は「/home/cryosparc/software/cryosparc/cryosparc2_master/run」に置かれる。
command_vis.logが異常にログがたまる。どうやら port 39005 で稼働している(?)サービスに繋がらないのが
原因みたい。そのサービスはapiを名乗り、

[cryosparc@c ~]$ cryosparcm status
----------------------------------------------------------------------------
CryoSPARC System master node installed at
/home/cryosparc/software/cryosparc/cryosparc2_master
Current cryoSPARC version: v2.11.0
----------------------------------------------------------------------------
 
cryosparcm process status:
 
app                              STOPPED   Not started
app_dev                          STOPPED   Not started
command_core                     RUNNING   pid 216914, uptime 0:17:58
command_proxy                    RUNNING   pid 216983, uptime 0:17:48
command_rtp                      STOPPED   Not started
command_vis                      RUNNING   pid 220762, uptime 0:00:03
database                         RUNNING   pid 216837, uptime 0:18:02
watchdog_dev                     STOPPED   Not started
webapp                           RUNNING   pid 216987, uptime 0:17:47
webapp_dev                       STOPPED   Not started
 :
 :

とあるように、「app」がそれなのかな?と思っている。この「app」ってLive?かな?
そのためか、常にcryoSPARCのプロセスが走りっぱなしであり困惑中。


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Last-modified: 2019-10-07 (月) 16:03:49 (14d)