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cryoSPARCに付随するデータベースのバックアップ
https://guide.cryosparc.com/setup-configuration-and-management/management-and-monitoring/cryosparcm#cryosparcm-backup
cryoSPARCが稼働したままで行います
単純に「cryosparcm backup」でデータベースのバックアップは取れます。
保存場所は cryosparc_master/config.sh の $CRYOSPARC_DB_PATH に backup フォルダを作成してそこに置かれます。
[cs@cryosparc ~]$ cryosparcm backup
Backing up to /home/cs/database/backup/cryosparc_backup_2022_10_04_11h54.archive
CryoSPARC is running.
Starting the database in case it's not already running.
database: ERROR (already started)
Executing mongodump.
:
[cs@cryosparc ~]$あるいは、特定の場所、特定の名称にしたいなら、「--dir」と「--file」を指定します
[cs@cryosparc ~]$ cryosparcm backup --dir=/home/cs --file=`date +%Y%m%d-%H%M%S`
Backing up to /home/cs/20221004-115153
CryoSPARC is running.
Starting the database in case it's not already running.
database: ERROR (already started)
Executing mongodump.
:
:
[cs@cryosparc ~]$バックアップしたデータベースを元に戻すには
まずはcryoSPARCを停止させます
[cs@cryosparc ~]$ cryosparcm stop
その後に
cryosparc_master/config の CRYOSPARC_DB_PATH 値を別の値にするか
export CRYOSPARC_DB_PATH="/home/cs/database"
↓
export CRYOSPARC_DB_PATH="/home/cs/database_2nd"
あるいは既設のデータベースフォルダをre-nemaします
[cs@cryosparc ~]$ mv /home/cs/database /home/cs/database.obsolate
そうした上で作ったバックアップファイルを流し込みます
[cs@cryosparc ~]$ cryosparcm restore --file=/home/cs/database.obsolate/backup/cryosparc_backup_2022_10_04_11h54.archive
ファイルの指定先はフルパスで行います
v3.3.1のcryoSPARCがあって、これを最新の v5.0.6 へ上げることになった。
っで、直接 v5.0.6 へは上がらないようで、複数階段を上る必要がある. mongodbのversionの切り替わるタイミングを見ながらで.
| cryoSPARC version | mongodbのversion | 備考 |
| v2系〜v3.3.x | MongoDB 3.4系 | |
| v3.4.0 | MongoDB 3.6 | v4.0へ更新した後でも、必要に応じて v3.4.0 へダウングレードできるようにするために作られた特殊版 |
| v4.0〜v4.7 | 3.6.23 | |
| v5.0.x | 4.0.28 |
v3.3.1 --> v3.4.0
cryosparcm update --version=v3.4.0
v3.4.0 --> v4.7.1
cryosparcm update --version=v4.7.1
v4.7.1 --> v5.0.6
cryosparcm update --version=v5.0.6
