cryoSPARCに付随するデータベースのバックアップ
https://guide.cryosparc.com/setup-configuration-and-management/management-and-monitoring/cryosparcm#cryosparcm-backup

cryoSPARCが稼働したままで行います

単純に「cryosparcm backup」でデータベースのバックアップは取れます。
保存場所は cryosparc_master/config.sh の $CRYOSPARC_DB_PATH に backup フォルダを作成してそこに置かれます。

[illya@s ~]$ cryosparcm backup
 
Backing up to /home/illya/cryoSPARC/cryosparc_database/backup/cryosparc_backup_2022_10_04_11h54.archive
 
CryoSPARC is running.
Starting the database in case it's not already running.
database: ERROR (already started)
 
Executing mongodump.
 :
[illya@s ~]$

あるいは、特定の場所、特定の名称にしたいなら、「--dir」と「--file」を指定します

[illya@s ~]$ cryosparcm backup --dir=/home/illya/cryoSPARC/backup --file=`date +%Y%m%d-%H%M%S`
 
Backing up to /home/illya/cryoSPARC/backup/20221004-115153
 
CryoSPARC is running.
Starting the database in case it's not already running.
database: ERROR (already started)
 
Executing mongodump.
 :
 :
[illya@s ~]$

できたファイルはというと、「data」なのでmongoDBオリジナルフォーマット?でしょうか

[illya@s ~]$ file /home/illya/cryoSPARC/backup/20221004-115153
/home/illya/cryoSPARC/backup/20221004-115153: data
 
[illya@s ~]$

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Last-modified: 2022-10-04 (火) 12:02:58 (55d)